در سال 1327 هجري قمري، در خانواده اي روحاني در يزد متولد شد. پدر او آقا ميرزا ابوطالب صدوقي از روحانيون معروف يزد بود و امامت مسجد روضه محمديه را بر عهده داشت و يكي از مراجع برتر دوران خود به شمار مي رفت. محمد در سن هفت سالگي پدر، و در سن نه سالگي مادر خويش را از دست داد.
وي تحصيلات حوزوي را تا حدود لمعه و قوانين در مدرسه عبدالرحيم خان يزد به پايان رساند و در سال 1348 قمري، جهت ادامه تحصيلات عازم اصفهان شد و سال بعد براي ادامه تحصيل به قم عزيمت، و حدود 21 سال جهت كسب علوم و معارف اسلامي و استفاده از محضر اساتيد بزرگ در آن شهر اقامت گزيد. در آغاز چند سالي از محضر آية الله شيخ عبدالكريم حائري كسب فيض نمود.
بعد از ارتحال آية الله حائري (ره) ، در سال 1355 قمري با توجه به اين كه مرجع آن زمان آية الله سيد ابوالحسن اصفهاني در نجف اقامت داشتند و سرپرستي حوزه بلاتكليف مانده بود، بنا به پيشنهاد امام خميني (ره) و عده اي از مدرسين حوزه، از حضرت آية الله بروجردي كه در آن زمان در بيمارستان فيروز آبادي بستري بودند و محل سكونتشان بروجرد بود، دعوت به عمل آوردند تا به قم بروند و سرپرستي حوزه علميه قم و طلاب را در آن شرايط خاص به عهده گيرند و براي اين امر آية الله شيخ محمد صدوقي به همراه چند تن ديگر مأمور شده و موفق به جلب نظر حضرت آية الله بروجردي گشتند و آن بزرگوار رحل اقامت در قم افكندند.
آية الله صدوقي نقش عمده اي در سازماندهي حوزه بر عهده گرفت و ضمن تدريس علوم ديني، خود نيز از محضر بزرگاني چون آيات عظام سيد محمد تقي خوانساري، حجت، صدر و بروجردي استفاده نمود . صدوقي در سال 1330 شمسي به يزد مراجعت كرد و بنا به پيشنهاد روحانيون سرشناس يزد ، در آن شهر ماند.
و به تدريس مشتاقان پرداخت و با ايجاد تغييراتي ، مدارس ديني را نوسازي نمود.
آية الله صدوقي پس از چند سال اقامت در يزد، عازم قم شد، و در آنجا با امام (ره) كه از مدرسين بزرگ حوزه بودند، بيش از پيش آشنا گرديد. آية الله صدوقي، هفته اي چند جلسه به خدمت ايشان مي رسيدند.
با شروع نهضت امام(ره) درسال 1341 و ادامه آن، آية الله صدوقي نيز با نهضت ايشان همراه و همگام شد و نقش بزرگي را در سازماندهي روحانيون و روشنگري مردم يزد ايفا كرد و از آن تاريخ در تمام فراز و نشيب هاي حركت انقلاب اسلامي از ياران امام(ره) بود و از مروّجان افكار متعالي رهبر كبير انقلاب اسلامي به شمار مي آمد .
پس از تبعيد امام (ره) به تركيه و سپس به نجف اشرف، ارتباط مرحوم صدوقي با امام از طريق مراسلات برقرار بود و تا آخرين حد توان خويش، امام (ره) را در مبارزه با رژيم همراهي مي كرد.
صدوقي پيام هاي امام (ره) را كه توسط تلفن به او مي رسيد، به اطلاع علماي مشهد، تبريز، شيراز و ديگر شهرها مي رساند.
ایشان در مبارزه با شاه، يكي از محورهاي مبارزه به حساب مي آمد . او اعلاميه هايي درمحكوم نمودن جنايات رژيم از جمله فاجعه سينما ركس آبادان صادر كرد ، بعد از پيروزي انقلاب نيز در مورد مسائل مهم انقلاب همواره مورد مشورت پيشتازان روحانيت مبارز بود.
شهيد آية الله صدوقي در تاريخ 31 مرداد 1358 به عنوان امام جمعه منصوب شد و هنگامي كه حادثه تاسف بار زلزله كرمان به سال 1360 روي داد از طرف امام خميني (ره) مسئول رسيدگي به زلزله زدگان آن استان شد و زحمات زیادي را در اين راه متحمل گشت.
گروهک منافقین در راستای هدف پلید از بین بردن نخبگان نظام ترور آیة الله صدوقی را در دستور کار قرار دادند. آنها چندین بار او را مورد سوء قصد قرار دادند. بار اول شخصی که خود را در لباس طلبه گی در آورده بود قصد ترور ایشان را داشت که مأموران او را با اسلحه و مواد منفجره دستگیر کردند. مرتبه دوم موتور سواری در تهران به آقا حمله کرد که با محافظان شهید صدوقی درگیر شد و با تیراندازی پاسداران از مهلکه گریخت. مرتبه سوم در تهران به اتومبیلش یورش بردند و ناکام ماند.
از چندین هفته قبل از شهادت ایشان جوانی در حدود 25 ساله با لباس بسیجیان در مسجد پیدا شده بود و زاهدانه به مسجد رفت و آمد می نمود این برخورد او باعث می شد کسی به او مشکوک نشود. روز دهم ماه مبارک رمضان سال 1360 با روز جمعه همزمان شد. آیة الله صدوقی غسل جمعه نمود و به طرف مسجد ملااسماعیل حرکت کرد. خطبه های نماز جمعه را خواند و سپس به نماز ایستاد چون نماز تمام شد یکی از پاسداران آقا کفشهای آقا را جلو پایش جفت کرد و قبل از اینکه آقا پایش را در کفش کند یکباره همه چیز عوض شد. جوان منافق از پشت سر به ایشان هجوم آورد و گردن آقا را گرفت و سخت به عقب کشید. ناله ای از ایشان برخاست و ناگاه صدای انفجار مهیبی در فضای مسجد پیچید! شور و غوغا هم مسجد را فرا گرفت، ایشان از پشت به زمین افتاد، پهلو و کمرش دریده و متلاشی شده و بدینسان پیر خسته دل 75 ساله جام وصال نوشید.
شهید صدوقی در طول مدت زندگی خود علاوه بر مبارزات گسترده علیه رژیم پهلوی و همکاری با رهبرکبیر انقلاب اسلامی حضرت امام خمینی ره در به ثمررساندن انقلاب اسلامی، خدمات اجتماعی و علمی بسیاری به جامعه اسلامی ارایه کرد که از میان آنها می توان به تاسیس و تعمیرنوزده مدرسه علوم اسلامی اشاره کرد .
نام ایشان به عنوان سومین شهید محراب در تاریخ انقلاب اسلامی به ثبت رسیده است .
شهید آیت الله صدوقی از یاران با وفای حضرت امام خمینی (ره) بود و تمام عمر پربرکت خود را صرف خدمت به مردم و انقلاب اسلامی کرد و همواره پشتیبان مستمندان و یاور مظلومان بود که از ویژگیهای شخصیتی آن بزرگوار،سازش ناپذیری در صحنه مبارزه با طاغوت، اتخاذ تصمیم صریح و قاطع در مقابل دشمنان، جهت گیری به نفع محرومان و حمایت از نیروهای خط امام بود.
اگرچه در این عمل و سایر جنایات تروریستی که توسط منافقین کوردل انجام شده است، تعدادی از بهترین بندگان صالح خداوند که خدمتگزاری دلسوز برای مردم و انقلاب بودند، به درجه رفیع شهادت نایل آمدند، اما با شهادت این بزرگواران نه تنها آسیبی به انقلاب اسلامی نرسید، بلکه مردم همیشه در صحنه، با انسجام هر چه بیشتر در کنار مسوولان خدمتگزار جمهوری اسلامی ایران پشتیبان اهداف مقدس نظام اسلامی شدند.
حضرت امام در مورد ایشان میفرمایند:( قرباني شدن و قرباني دادن در راه انقلاب و پيروزي آن اجتناب ناپذيراست به ويژه انقلابي كه براي خداست... قرباني براي يك انقلاب بزرگ ، نشانه يك پيروزي و نزديك شدن به هدف است.
... چه كسي اولي به شهادت است در زماني كه كفر بني اميه اسلام را تهديد مي كرد، از فرزند معصوم پيامبراسلام(ره) و فرزندان و اصحاب او چه كسي اولي به شهادت است ، در عصري كه استكبار جهاني و فرزندان خلف آن درداخل و خارج، اسلام عزيز را تهديد مي كنند، از امثال شهيد بزرگوار ما، فقيه متعهد و فداكار اسلام، شهيد صدوقي عزيز- رضوان الله عليه- شهيد بزرگي كه در تمام صحنه هاي انقلاب حضور داشت و يار و مددكار گرفتاران و مستمندان بود... اين مدعيان خدمت به خلق و قيام براي خلق كه در بيغوله ها خزيده و در حال انقلاب به چپاول اسلحه و مهمات بيت المال خلق فعاليت شبانه روزي نمودند،اينك كه خداوند تعالي چهره كريه شان را آشكار كرد و دستشان را ازمال و جان خلق الله كوتاه نمود، چنين خدمتگزاراني را از اين خلق مي گيرند... اين جانب دوستي عزيز كه بيش از 30 سال با او آشنا و روحيات عظيمش را ازنزديك درك كردم از دست دادم و اسلام خدمتگزاري متعهد و ايران فقيهي فداكار و استان يزد سرپرستي دانشمند را از دست داد [ اما ] در ازاء آن به هدف نهايي ، كه آمال اين شهيدان است نزديك شد.)
منافقین با ترور این شهید بزرگوارکه همواره جوانان را تشویق به شرکت در جنگ تحمیلی و مقابله با تجاوز دشمن فرا میخواندند در سن 75 سالگی به شهادت رساندند.
