پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران جنایات سازمان منافقین صرفا محدود به اقدامات تروریستی داخل کشور نبوده و رهبران مزدور این سازمان حتی در مقطعی تلاش کردند تا با همکاری با همسایگان ایران به اهداف خود دست یابند. در حقیقت می توان ادعا نمود که نگرش ماکیاولیستی همواره چراغ راهنمای رهبران سازمان جهت دستیابی به اهداف پلید خود بوده است.
عوامل گوناگونی در روند آغاز جنگ و تداوم آن نقش آفرینی کردند که یکی از آنها تحرکات گروهک منافقین بوده است. به عبارتی، سازمان منافقین یکی از تأثیرگذارترین تشکیلات سیاسی در رابطه با خیانت در جنگ تحمیلی بود. در واقع، مواضع مشترک و همسو این سازمان و رژیم بعثی صدام حسین علیه جمهوری اسلامی ایران باعث شد تا پیوند وثیقی بین دو طرف ایجاد شود و به کمک یکدیگر تلاش کنند تا جمهوری تازه تاسیس ایران را در نطفه ناکام گذارند.
نقش سازمان تروریستی منافقین در جنگ از ابعاد مختلف قابل تامل است. زمانی که سازمان تروریستی مجاهدین با صدور اعلامیه ای در سال 1360 رسما سیاست مقابله و سرنگونی جمهوری اسلامی ایران را اتخاذ نمود، مبارزه مسلحانه را در دستور کار خود قرار داد. در همین راستا، اولین اقدام سازمان انجام حملات تروریستی در داخل خاک ایران و سپس همکاری با رژیم صدام حسین بود.
این سازمان در جریان جنگ ایران و عراق، با حمایت حکومت صدام، در عراق مستقر شد و در دوران جنگ تحمیلی، ضمن همکاری تنگاتنگ با استخبارات عراق، مأموریت‌های اطلاعاتی و عملیاتی متعددی را برای عراق در خاک ایران به انجام رساند. در سال 1365 همکاری صدام با رهبران سازمان منجر به تشکیل «ارتش آزادی بخش ملی» در خاک عراق شد. صدام حسین در دیدار با رجوی تشکیل این ارتش را به وی تبریک گفته و آن را ارتشی نامید که «برای صلح مبارزه می‌کند»! در همین راستا، صدام از همه امکانات برای تقویت سازمان منافقین استفاده نمود.
پس از تاسیس این ارتش بود که عملیات های سازمان از شکل عملیات‌های چریکی منظم به لشکرکشی به پایگاه‌های مرزی ایران و انجام عملیات ها در سطوح متوسط نظیر عملیات «آفتاب»، در آستانه حمله گسترده عراق برای بازپس‌گیری فاو در منطقه فکّه، و عملیات «چلچراغ»، جهت تصرف شهر مهران، آغاز شد. ارتش کوچک سازمان مجاهدین در دل ارتش عراق وظیفه مشارکت در برخی عملیات‌های ایذایی و صدمه زدن به واحدهای کوچک پراکنده نظامی ایران در مناطق مرزی را برعهده داشت. نیروهای سازمان با پوشیدن لباس شبیه رزمندگان ایرانی و سخن گفتن به زبان فارسی می‌توانستند عملیات فریب را در موارد زیادی اجرا کنند و تخلیه اطلاعاتی سریع اسرا را انجام دهند، و به یگان ویژه‌ای با توانایی‌ها و کارکردهای اختصاصی در ارتش عراق، تبدیل شوند.
تصرف شهر مهران در روز 28 خرداد 1367 باعث ایجاد توهمی در اذهان رهبران مزدور سازمان شد و بر همین اساس بود که شعار «امروز مهران، فردا تهران» بر سر زبان ها افتاد و سازمان انجام عملیات «فروغ جاویدان» را با هماهنگی صدام طراحی نمود. در حقیقت، پس از اعلام رسمی موافقت ایران با قطعنامه 598 در 27 تیر 1367، رهبران بعثی و همچنین سازمان آن را نشانه استیصال ایران برشمرده و به همین جهت به زعم خود به فکر تصرف تهران برآمدند. اما تیر آخر منافقین هم با انجام «عملیات مرصاد» به سنگ خورد و پرونده آنها برای همیشه بسته شد. بطور کلی می توان بیان داشت که سازمان تروریستی مجاهدین نقش مهمی در آغاز و تداوم جنگ تحمیلی عراق علیه جمهوری اسلامی ایفاء نمودند. شاید بتوان ادعا نمود اگر خیانت های این سازمان در قبال کشور نبود، شاید روند جنگ به گونه ای دیگر پیش می رفت و ایران خسارات مادی و معنوی کمتری را متحمل می شد.
