هرچند که امام در جریان مبارزات مسلحانه سکوت کرده بودند، اما در جمع‌بندیِ اظهارات ایشان می‌توان به این نتیجه رسید که مبارزات مسلحانه را نمی‌پسندیدند و آن را تأیید هم نمی‌کردند.
به گزارش هابیلیان به نقل از مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ یکی از مواضع مهم امام خمینی در سال‌های پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، دیدگاه ایشان درباره مبارزه مسلحانه بود. در آن سال‌ها از جمله مهمترین گروه‌هایی که مشی چریکی را پیشه کرده بود، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) بود. البته قبل از تغییر ایدئولوژی سازمان از اسلام به مارکسیست، عموما نگاه مثبتی به این گروه وجود داشت و حتی جریان مذهبی نیز از آنان حمایت می‌کرد. اما در آن موقع نیز نگاه امام به این گروه، توام با احتیاط بود.
هاشمی رفسنجانی در سال 1354 به طور مخفیانه به عراق سفر کرد تا با امام(ره) دیدار تازه کند. او در مدت حضور کوتاه خود در نجف، با امام خمینی درباره مسائل گوناگون صحبت کرده و نظر ایشان را جویا شد. یکی از این مسائل، موضوع «مبارزه مسلحانه» و فعالیت‌های گروهک تروریستی « مجاهدین خلق» بود. هاشمی با اشاره به این سفر می‌گوید:
امام، مبارزه مسلحانه را نمی‌پسندید
هرچند که امام در جریان مبارزات مسلحانه سکوت کرده بودند، اما در جمع‌بندیِ اظهارات ایشان می‌توان به این نتیجه رسید که مبارزات مسلحانه را نمی‌پسندیدند و آن را تأیید هم نمی‌کردند.
در سال 41، در اعلامیه‌ای، این جمله از ایشان شایان تأمل است: «من از انقلاب سیاه و انقلاب از پایین نگرانم...» خوب، انقلاب از پایین که امام از آن نگرانی داشتند یعنی چه؟ امام در گفته‌های‌شان اظهار می‌کردند: «من به آن‌ها گفتم دست به این کار نزنید. اولا... اسلامی نیست و ثانیآ فایده‌ای ندارد...»
موضع امام در ماجرای سیاهکل
در جریان سیاهکل [عملیات چریک‌های فدائی خلق در جنگل‌های گیلان]، امام در نامه‌ای به انجمن اسلامی ـ که آن‌ها پخش نکردند، اما تصویر آن موجود است ـ نوشته‌اند: «از حرکت‌های استعماری در کشورهای اسلامی نظیر حادثه سیاهکل و جریان ترکیه فریب نخورید.» می‌دانیم که هم‌زمان با جریان سیاهکل، یک حرکت چپی دانشجویی در ترکیه اعتصاباتی به راه انداخته بود. ما در این خصوص هیچ وقت بحث نکردیم، چنین فرصتی پیش نیامد. اما می‌دانم که در یکی دو مورد، رفتند از امام اجازه بگیرند، امام با انجام کارهای تروریستی موافقت نکردند.
پاسخ امام به افسری که قصد ترور شاه را داشت
همان سال‌های اول، افسری توسط یکی از طلبه‌های قم آمد خدمت امام و اجازه خواست که شاه را ترور کند. او می‌خواست بمبی به خود ببندد و در دیداری که با شاه داشت آن را منفجر کند، امام اجازه ندادند. در این مورد ممکن است به این دلیل باشد که امام به‌آن شخص اعتماد نداشتند، اما در جریان ترور منصور هم که افراد مورد اعتماد چنین اجازه‌ای خواسته‌اند، نتوانسته‌اند موافقت امام را جلب کنند و رسماً اجازه بگیرند. با آن که درآن مورد، صحبت از مبارزه مسلحانـه سیستماتیک هم نبود، بحث از یک مورد ترور بود.
موضع امام خمینی در مواجهه با فرقه مجاهدین خلق
مجاهدین (منافقین) هم که کشف شدند، همان روزهای اول که گیر افتادند، هواپیما را بردند به عراق. آقای طالقانی نامه‌ای به امام نوشته بودند که در شروع آن این آیه نوشته شده بود: «انهم فتیة آمنوا بربهم وزدناهم هدی» با تأکید بر جنبه‌های مثبت آن‌ها و به منظور گرفتن تأییدی از امام و امام تأییدی نکردند.
من خودم وقتی سال‌های اول این‌ها ضربه خوردند، در نامه‌ای از امام خواسته بودم که تأییدشان کنند و تأکید داشتم که این‌ها بچه‌های خوبی هستند. اما امام تأییدی نفرمودند. دیگران هم چنین اقداماتی کرده بودند که شاید در نجات‌شان از اعدام مؤثر باشد.
دیدار هاشمی با امام در نجف و گفتگو درباره منافقین
ولی سال 54 که رفتم نجف خدمت ایشان، گفتم: «تا به حال ما اصرار داشتیم شما به شکلی این‌ها را تأیید کنید ولی شما موافقت نفرمودید و تصورمان این بود که اگر خدمت شما بیاییم، در مورد جلب موافقت شما و گرفتن تأیید تلاش می‌کنیم. بعد از انحراف و ارتداد جمعی از آن‌ها حالا می‌فهمیم ـ با آن که شما از این‌ها دور بودید و ما در کشور بودیم ـ حرکت شما صحیح بوده است. ما سه چهار سالی به این‌ها کمک کردیم، حالا می‌بینیم سر از کفر در می‌آورند. این روزها ممکن است تلاش‌های جدیدی برای تأیید گرفتن از شما بشود. تقاضای ما این است که شما همان راه خودتان را ادامه بدهید...»
در مورد آنچه ایشان در این اواخر می‌گفتند که اگر رژیم دست از خشونت برندارد، ممکن است در شیوه مبارزه تجدیدنظر شود، و یا در پاسخ حکومت نظامیِ بختیار در اعلامیه‌ای گفتند: «من تاکنون دستور جهاد نداده‌ام ولی اگر این‌ها سرجای‌شان ننشینند و به کشتار مردم بی‌گناه ادامه دهند، ممکن است تصمیم دیگری بگیرم...» این‌گونه مطالب به معنیِ مبارزه مسلحانه به مفهوم اصطلاحی آن نیست. این دیگر جنگ است، مثل همان حرکتی که در بیست و دوم بهمن 57 انجام شد.
