از جمله نکات منفی سازمان منافقین از منظر عراقی ها، مشارکت این گروه در سرکوب شیعیان و کردهای این کشور در زمان حاکمیت صدام است. در جریان جنگ خلیج فارس، کردهای عراق با استفاده از ضعف حکومت مرکزی فرصت را غنیمت شمرده و کنترل مناطق کردنشین را به دست گرفتند. رجوی به خواست مستقیم ارتش عراق جهت حفظ حکومت صدام و با بهانه حمله نیروهای جمهوری اسلامی به پایگاه های آنها، نیروهای خود را به سمت مناطق کردنشین حرکت داد و اقدام به سرکوب اکراد عراقی نمود تا لشگریان صدام از جنوب برسند. در جریان حملات هوایی متحدین به مناطق نظامی و استراتژیک عراق، پناهگاه های فرقه رجوی ـ با نوعی توافق ـ از آسیب در امان ماند. به عنوان مثال، در قرارگاه "اشرف" و منطقه "نوژول" دو پرچم بزرگ منافقین همراه با عکس مسعود رجوی و مریم عضدانلو نصب شده بود که برای هواپیما ها به خوبی قابل رویت بود. صدام که با شکست مواجه شده بود کلیه نیرو های باقیمانده خود را نیز به مرز کویت برد که در نتیجه آن مناطق شمالی از نیرو های بعثی تخلیه شد. در این شرایط فرصت مناسبی فراهم شده بود تا گروه های کرد عراقی به این مناطق یورش برند و دوباره در شهر های کرد نشین ساکن شوند. کرد ها کم کم به سمت جنوب سرازیر شده و از دو سو به شهر بغداد نزدیک شدند. در این زمان، بخش اصلی ارتش رجوی در منطقه ی "کفری" (قرار گاه حنیف) مستقر بود. این منطقه بر سر راه کرکوک به بغداد بود و نیرو های رجوی ، این منطقه را تماماً در کنترل داشتند و نیرو های کرد برای دست یافتن به شهر بغداد می باید از این منطقه عبور می کردند.
در این شرایط منافقین دو راه بیشتر نداشتند، یا اینکه به دفاع از صدام با کرد ها وارد جنگ شوند و دیگر اینکه اجازه دهند تا کرد ها به طرف بغداد حرکت کنند، که رجوی گزینه اول را انتخاب کرد. این دخالت فرقه منافقین در امور داخلی عراق به "کردکشی"معروف شده است، از سوی رجوی "عملیات مروارید" نامیده شد که از 20 اسفند 1369 تا 13 فروردین 1370 به طول انجامید. جمله ای که در این عملیات بسیار معروف شد و حتی در گزارش وزارت امور خارجه آمریکا نیز به آن اشاره شده است، پیام مریم عضدانلو است که به صورت رسمی اعلام کرد که:
«کرد ها را زیر چرخ تانک ها بکشید و گلوله ها را برای پاسداران[آیت الله] خمینی حفظ کنید!».
خیلی از نیرو های منافقین که در این درگیری شرکت داشتند و خود شاهد کشتن کرد ها از سوی ارتش آزادیبخش! بودند،"مساله دار" شدند و بعد ها از سازمان کنار کشیدند و همین جداشدگان بودند که از کشتار فجیع زنان و کودکان کرد توسط فرقه منافقین به رهبری مسعود رجوی گزارش هایی منتشر ساختند. این اقدام منافقین برای صدام که در شرایط سخت نظامی قرار گرفته بود بسیار حیاتی به شمار می رفت، به طوری که بعد از عملیات مروارید(کرد کشی) به لحاظ لجستیکی و ادوات نظامی به شدت منافقین را تقویت کرد تا جایی که صدام حسین طی نطقی که از رادیو عراق پخش شد درباره این گروهک تروریستی گفت:
«مجاهدین خلق محافظان مرزهای ایران و عراق ، و همانند ارتش عراق اند؛ از آنها حرف شنوی داشته باشید».
اقدام رجوی در همکاری با ارتش عراق در کشتار کردها چندین نتیجه در بر داشت.1- با عملیات مروارید پای استقرار منافقین در عراق سفت شد.2- رژیم عراق ماندن خود در حاکمیت را تا حدودی به آنها مدیون است.3- فرقه رجوی برای اولین بار یک هم پیمان استراتژیک و منطقه ای(عراق) یافت.
اما با سقوط قریب الوقوع صدام در سال 2003، منافقین که فکر نمی کردند حکومت دیکتاتوری صدام حسین به این زودی ها بنیان کن شود، در یک چنبره استیصال لاعلاج گرفتار آمده و دائماً در نفی این جنایت به سند سازی روی آورند تا بتوانند اذهان عمومی را مغشوش کرده و کرد کشی را به صدام نسبت بدهند. در یکی از اسناد معتبر به دست آمده از نوار ویدئویی ملاقات مسعود رجوی با سپهبد صابرالدوری رئیس سازمان مخابرات وقت عراق در سال 1991 میلادی ، ژنرال صابرالدوری سلام گرم صدام، به رجوی را به مناسبت کشتار کردهای عراقی می رساند.
اما با وجود اسناد معتبر در این زمینه و به ویژه نوار ویدئویی دیدار رجوی و مقامات امنیتی عراق انکار این واقعیت بسیار سخت است، به ویژه اینکه جلال طالبانی رهبر اتحادیه میهنی کردستان عراق و رئیس جمهور فعلی عراق نیز در پاسخ به خبرنگاران به این مسئله اشاره کرد. وی درباره این موضوع گفت:
«....مجاهدین [خلق] در نبرد کرکوک به نیروهای صدام پیوستند»
اما این اقدام فرقه منافقین پس از سقوط صدام برای آنها بسیار گران تمان شد. مواضع دولتمردان جدید عراق در برابر منافقین بسیار تند بود. رهبران جدید عراق اکثرا از بین کسانی بودند که در زمان صدام در زندان و تبعید به سر می بردند و برخی از آنها از جمله کردها و شیعیان مستقیماً در معرض تهاجم آنها در دفاع از صدام قرار گرفته بودند.
احمد چلپی عضو سابق شورای حکومت انتقالی عراق درباره سازمان مجاهدین اظهار داشت که
شورای حکومت انتقالی عراق به طور اجماع به رسمیت شمردن سازمان تروریستی منافقین را غیر قانونی اعلام کرد و تصمیم گرفت اموال و دارایی های آنها را مصادره و آنها را از این کشور اخراج کند. وی حتی به این نکته اشاره کرد که گروه منافقین و سرکردگان آن باید به دادگاه ویژه تحویل داده شوند، زیرا آنها در زمان حکومت صدام با وی برای سرکوب" انتفاضه شعبانیه" سال 1991 میلادی در جنوب عراق همکاری کرده و مرتکب جرم و جنایت ضد بشری زیادی در حق این مردم شدند.
هوشیار زیباری وزیر امور خارجه عراق با تاکید بر اینکه عراق دیگر مخفیگاه گروه های مسلح مخالف نخواهد بود اعلام کرد که ما به سازمان منافقین اجازه برپایی هیچ اردوگاهی را نخواهیم داد و هرگز در کنارشان نخواهیم ایستاد، ما به آنان اجازه می دهیم عراق را ترک کنند، زیرا که در آن پذیرفته نیستند و حضورشان قابل تحمل نیست. عبدالعزیز حکیم که ریاست بزرگترین ائتلاف را در عراق بر عهده دارد با اشاره به اینکه صدام عراق را تبدیل به چراگاه تروریست ها کرده بود، با مخاطب قرار دادن سازمان مجاهدین خلق اظهار داشت که این گروه رفتار بسیار بدی نسبت به مردم عراق داشته است و بسیاری از گور های دسته جمعی که در عراق کشف شده است توسط مجاهدین خلق به وجود آمده است. از سویی دیگر کابینه نوری المالکی که نسبت به حضور اعضای این گروه تروریستی در عراق بدبین شده است هر گونه معامله بااین گروهک در عراق را ممنوع اعلام کرد و از ارتش آمریکا خواست تا حفاظت از اعضای این سازمان را متوقف کند. دلیل این اقدام دولت جدید عراق دخالت فرقه رجوی در امور داخلی عراق و حمایت از فعالیت های ضد دولتی در این کشور عنوان شد. نکته ای که در این اقدام دولت نوری المالکی قابل توجه است این است که دولت عراق اعلام کرده است که هر گروهی که این فرمان دولت را نقض کند طبق قانون مبارزه با تروریسم تحت پیگرد قرار خواهد گرفت. بنابراین دولت عراق این فرقه را یک گروه تروریستی قلمداد کرده است و دولت و پارلمان عراق با تصویب مصوبه ای تصمیم به اخراج فوری نیروهای این سازمان از خاک عراق گرفته است، تا جایی که شیخ جلال الدین الصغیر رئیس فراکسیون ائتلاف یکپارچه عراق اعلام کرد که دولت عراق به این گروهک شش ماه فرصت داده است که خاک عراق را ترک کنند، در غیر این صورت دولت این کشور اقدام به اخراج آنها خواهد کرد. پس از تحویل کنترل مقر منافقین در عراق به دولت عراق رویاهایی این گروه تروریستی تماما شکسته شد، دولت عراق با تعیین یک ضرب العجل شش ماهه خواهان خروج این گروه تروریستی از خاک عراق شد. در شرایط فعلی سرکردگان این گروهک تروریستی که دارای گذشته ای بسیار ننگین هستند تلاش دارند تا با شانتاژ و مظلوم نمایی دولت عراق را متقاعد به حفاظت از آنها در خاک خود کند، اما غافل از اینکه عراقی ها خود از شاکیان این گروه تروریستی به خاطر جنایاتشان در این کشور هستند.
