پس از قیام مردمی خرداد ۴۲ بخشی از مخالفان رژیم پهلوی راهبرد مبارزه مسلحانه را به جای فعالیتهای سیاسی در پیش گرفتند. یکی از این گروهها «سازمان مجاهدین خلق ایران» است که در شهریور ۱۳۴۴ توسط محمد حنیفنژاد، سعید محسن و علیاصغر بدیعزادگان تأسیس شد. سه دانشجوی سابق دانشگاه تهران که پیش از این از هواداران جبهه ملی و نهضت آزادی بودند، با مشاهده نارساییهای نظری و عملی این دو گروه، سازمان مجاهدین خلق را برای براندازی رژیم بنیان نهادند.
بنیانگذاران گروهک منافقین در ابتدا وارد مرحله عملیاتی نشده، به دنبال تدوین مبانی فکری و آموزشی عقیدتی به کادرهای خود بودند. بااینحال، اطلاعات آنها از آموزههای اسلامی عمیق نبود و از اندیشههای چپگرایانه بهره بردند. نتیجه هم آمیزهای از ایدههای مارکسیستی با پوستهای از اسلام انقلابی و البته رگههایی از ملیگرایی بود.
آنها در قالب کمیتههای شهری زمینه را برای تدارک مبارزه مسلحانه آماده کردند. از سوی دیگر با برقراری ارتباط با سازمان آزادیبخش فلسطین، نسبت به اعزام اعضای سازمان به اردوگاههای نظامی الفتح برای کسب آموزشهای نظامی اقدام شد که این روند تا سال ۱۳۵۷ ادامه داشت.
در تابستان سال ۵۰ تلاش برای قطع شبکه انتقال برق سراسری بهمنظور اختلال در برگزاری جشنهای ۲۵۰۰ ساله بخشی از عملیات گروهک منافقین بود که خبرساز شد. عملیات ایذایی این سازمان علیه رژیم در سالهای ۵۱ تا ۵۴ اوج گرفت. در اردیبهشت ۵۱ و یک هفته پس از اعدام نخستین گروه از منافقین، به یک پاسگاه پلیس در تهران حمله کردند. همچنین به مناسبت بازدید رئیسجمهور آمریکا از ایران، چند بمب در دفاتر اداری و اقتصادی آمریکاییها در ایران منفجر کردند.
با اعدام بنیانگذاران و زندانی شدن کادرهای اولیه، بهتدریج اعضایی با گرایش مارکسیستی به ردههای بالای سازمان نفوذ کردند. با اعلام «بیانیه تغییر مواضع ایدئولوژیک» در سال ۱۳۵۴ سازمان مجاهدین خلق رسماً مارکسیست شد و بین اعضای سازمان اختلافات عمدهای پدید آمد. اکثریت مجاهدین به مارکسیسم رو آوردند و اقلیتی از آنها تحت عنوان مجاهدین مسلمان به اصول مذهبی پافشاری کردند و راه جدایی در پیش گرفتند. این جریان به انشعاب سال ۵۴ معروف شد.
مجاهدین مارکسیست برخی از اعضای برجسته سازمان که بر اصول اسلامی پافشاری داشتند را به خشنترین شکل ممکن حذف کرده و به حاشیه راندند؛ مجید شریف واقفی را کشتند و مرتضی صمدیهلباف را زخمی کرده و به دام پلیس انداختند.
ساواک نیز با سرکوب تعداد زیادی از نیروهای مارکسیست و مذهبی وابسته به سازمان سبب شد تا عملاً از اواسط سال ۱۳۵۵ فعالیتهای منافقین متوقف شود.
گروهک منافقین مفاهیم اسلامی را با اصول مبارزه مسلحانه ترکیب کردند که نتیجه آن قرائت متفاوتی از اسلام انقلابی بود. امام خمینی(ره) حتی پیش از قضیه انشعاب، با وجود اصرار برخی مبارزان مذهبی و شاگردانشان هرگز فعالیتهای آنان را تأیید نکردند. در سالهای بعد هم شخصیتها و گروههای مذهبی از آنها فاصله گرفتند. با اعلام رسمی مارکسیست شدن، این ارتباط بهطور کامل قطع شد.
در پاییز سال ۵۷ و با آغاز آزادی زندانیان سیاسی بسیاری از چهرههای شاخص این سازمان بار دیگر برای برقراری ارتباط با بدنه هواداران خود به تکاپو افتادند. آنها که شاهد خیزش مردم با تکیه بر آموزههای دینی و به رهبری مرجعی همچون امام خمینی بودند، با فراموش کردن رگههای التقاطی خود بار دیگر جنبههای مذهبی مبارزه را برجسته کردند و بهنوعی در پی سهمخواهی از انقلاب اسلامی بودند. رهبران این طیف از سازمان همچون مسعود رجوی و موسی خیابانی، از رهبر انقلاب توقع داشتند که از ظرفیت هواداران و نیروهای سازمان استفاده شود. رهبر انقلاب با آگاهی از انحراف آنان، اجازه ندادند تا انقلاب اسلامی به نام آنها یا هر گروه سیاسی دیگر گره بخورد.
این سهمخواهی و خروج از زیر چتر رهبری امام(ره) در سالهای بعد به انحراف کلی این سازمان و تبدیل آن به گروهک تروریستی منافقین انجامید.