تا کنون در باره قرار دادن نام گروه تروريستي منافقين در ليست گروه‌هاي تروريستي از سوي آمريکا، اظهارات متفاوتي ابراز شده است که بعضاً ناقض يا همپوشاننده يکديگر است؛ اما کمتر به انگيزه‌هاي واقعي اين اقدام آمريکا اشاره شده است.
يکي از مشهورترين ديدگاه‌ها در اين باره نظريه منافقين است که با پروپاگاندا، آمريکا را متهم نمود که به دليل تقويت دولت اصلاحات در ايران و چراغ سبزنشان دادن به آن‌ها، نام آنان را در ليست گروه‌هاي تروريستي قرار داده است. اين ديدگاه البته به نظريه اصلاح‌طلبان در اين باره بسيار نزديک است که معتقدند نوع تعامل آن‌ها با جهان باعث شد که آن‌ها در ليست گروه‌هاي تروريستي جاي گيرند و اين را يکي از افتخارات خود مي‌دانند!
ديدگاه‌هاي ديگر عمدتاً حول يافتن انگيزه‌هاي سياسي آمريکا براي اين اقدام، در عين تقابل رسمي اين کشور با ايران، مي‌گردد؛ اما دولتمردان آمريکا در آن زمان، اين اقدام را متناسب با ماهيت اين گروه ارزيابي کرده و رفتار خود را منطقي تعريف مي‌کردند. اين در حالي بود که منافقين سال‌ها با انواع اقدامات تروريستي، خون بي‌گناهان بسياري را برزمين ريختند؛ اما آمريکا هيچ واکنشي در باره آن نشان نداد. اين ادعاي آمريکا آنچنان بي‌گاه و نامتناسب بود که حتي سرکرده منافقين نيز از آن حيرت کرده و خطاب به ژنرال طاهر جليل حبوش رئيس استخبارات عراق مي‌گويد: «اطلاع داريد من در سال هاي 1981 تا 1986 در پاريس بودم، در آن سال‌ها دشمني به اينگونه با ما نبود و به ما تروريست نمي‌گفتند . هر چند که کاخ سفيد و کاخ اليزه مي‌دانستند چه کسي حزب جمهوري را در ايران منفجر کرد و چه کسي و چرا عمليات عليه رئيس جمهوري و عليه رئيس الوزراي (ايران) انجام داد ، آن‌ها مي‌دانستند و خوب هم مي‌دانستند، ولي صفت تروريست هم به ما نزدند.»
اما واقعيت قرار دادن نام اين گروه درليست گروه هاي تروريستي که ضمناً آمريکا بدش نمي آمد به همان دعاوي منافقين
در باره چراغ سبزنشان دادن به اصلاح طلبان داخلي تعبير شود و بسياري از تحليل گران آمريکا هم فضايي براي باور اين رويکرد ايجاد مي کردند، اين بود که آمريکا در زمان کلينتون در باره عراق به اين نتيجه رسيد که صدام بايد سرنگون شود و با تشديد فشارهاي بين المللي، زمينه را براي حمله جمهوري خواهان بعد از خود فراهم آورد. يکي از فشارها، اتهاماتي بود که به وسيله آن فضاي رواني شديد عليه صدام در سطح افکار عمومي جهان ايجاد کردند، از جمله داشتن سلاح هاي کشتار جمعي و حمايت رژيم صدام از گروه هاي تروريستي!
آمريکايي ها ابتدا تلاش کردند تا منافقين را از عراق دور سازند و به وسيله آنان اين فضا را عليه صدام تشديد نمايند، اما در اين مسير ناموفق بودند. رجوي، سرکرده منافقين پس از عقب‌نشيني عراق از کويت در همين باره به ژنرال صابر بعثي اينگونه توضيح مي‌دهد:
«ما با خيلي از اعضاي کنگره آمريکا از قديم ارتباط داشته‌ايم و زماني بود که سياست توسعه‌طلبانه رژيم را توسط آنان محکوم مي‌کرديم . از فرداي حمله به کويت تا پايان آشوب‌هاي داخلي بر ما سخت گرفتند . حرفشان اين بود که چرا شما در عراق هستيد... پاسخ ما هم واضح و روشن بود که سرنوشت ما از عراق مي‌گذرد.
مي‌خواستند از ما ولو يک کلمه عليه شما در بياورند. از طريق ترکيه هم به ما رساندند که چرا عراق را ترک نمي‌کنيد و چه مي‌خواهيد اينجا ، به برادران ما در ترکيه گفته بودند که چرا براي کارهاي معمول و عادي مثل ويزا و پاسپورت مراجعه مي‌کنيد. ما انتظار داريم که بگوييد رهبرتان وقتي به ترکيه مي‌آيد، نيازهايش چيست .
صابر: اين مسئله در چه تاريخي بود؟
رجوي: بعد از مسئله کويت، و در سال گذشته، وقتي که راديوهاي ما تعطيل شد و بعد از اينکه قرارداد 1996 را پذيرفتند، فشار طاقت‌فرسايي بر ما بود؛ مخصوصاً از طرف احزاب سوسياليست که به ما مي‌گفتند در مقر عراق ديگر آينده‌اي نداريد... گزارش‌هاي بسياري منتشر مي‌کردند که برخي‌هايش را به سرويس اطلاعاتي شما داده‌ايم. شايع شده بود که خود من مي‌خواهم بيايم آلمان، و چندين هزار نفر از مجاهدين نيز از عراق رفته‌اند. وقتي که قبل از جنگ وزارت خارجه آمريکا مي‌خواست تست کند که ما مي‌خواهيم چه کار کنيم، موضع گرفت و منتظر بود که ببيند ما چه کار مي‌کنيم و ما مطلقاً سکوت کرديم. از بابت همه کارهايي که در اروپا و آمريکا مي‌کرديم، براي ما خيلي اشکال درست مي‌کردند که سرويس شما آن را مي‌داند ، قطع ويزا کردند و مانع نقل و انتقال پول کادرها و هواداران مي‌شدند که براي فعاليت بدان نياز داشتند. هدف، جداسازي ما از شما بود که طبعاً با شکست روبرو شدند. نمي‌دانستند که ما تصميم‌مان را گرفته‌ايم و تا آخرش باقي خواهيم ماند.
وقتي قضاياي آشوب تمام شد، بالاترين فشار را بر ما وارد کردند به‌خصوص در فرانسه که شايد خفه بشويم. ولي اين‌ها فايده‌اي نکرد. ما متقابلاً تهاجم‌مان را شروع کرديم. الان رسيده‌ايم به سطح مسئولين عالي‌رتبه در وزارت خارجه آمريکا، مثل «مورفي» که مي‌شناسيد و اينجا آمد و همچنين «سيسکو» و آدم‌هايي در اين سطح. هفته گذشته، روز پنجشنبه آخرين ملاقات بين نماينده ما و «مورفي» صورت گرفت.»
البته اين ملاقات‌ها و مذاکرات راه به مقصدي که آمريکا داشت نبرد و آمريکا در يک فرصت به وجود آمده نام اين گروه را در ليست گروه‌هاي تروريستي خود قرار داد. کار به آنجا رسيد که همين مجاهدين خلق که جناب مورفي براي بيرون کشيدن آنان از عراق مذاکره مي‌کرد، به يکي از دلائل حمله به عراق تبديل شدند!
در سال 2003 و قبل از حمله آمريکا به عراق، وب‌سايت رسمي کاخ سفيد، سندي را منتشر نمود که دلايل حمايت صدام حسين از تروريسم را يک‌به‌يک نام برده بود. در اين سند تصريح مي‌شود که:
«عراق از گروه‌هاي تروريستي از جمله سازمان مجاهدين خلق که خشونت تروريستي عليه ايران اعمال کرده و مسئول قتل پرسنل نظامي و شهروندان آمريکايي در دهه 1970 ميلادي مي‌باشد، حمايت مي‌کند.»
کالين پاول، وزيرامورخارجه آمريکا نيز در 20مارس2003(29اسفند1381) ميلادي، در شوراي امنيت سازمان ملل اين ادعا را تکرار کرد.
