در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی و اوج مبارزات مردمی علیه رژیم پهلوی، به خصوص در روزهای پایانی عمر رژیم، سازمان مجاهدین خلق نیز مشغول جمع آوری سلاح و ادوات جنگی از پادگان ها و مراکز نظامی بودند.
از روزهای اول پیروزی انقلاب اسلامی، سازمان مجاهدین خلق نیز بنای مقابله با نظام تازه تأسیس را گذاشت. اصلی ترین عاملی که اعضای سازمان را به ورطه مقابله با جمهوری اسلامی کشاند، جدای از تفکر التقاطی سازمان، خوی قدرت طلبی رهبران سازمان بود. به عبارتی دیگر نقش نداشتن سازمان در ارکان نظام جدید و سپهر سیاسی کشور، اعضای سازمان را به عقده گشایی و مقابله با انقلاب اسلامی وا داشت.
30 خرداد سال 60 سازمان به طور رسمی علیه انقلاب اسلامی اعلان جنگ کرده و از همان روز نیز دست به کشتار مردم زدند.
تحلیل رهبران سازمان این بود که با حذف شخصیت ها و چهره های مهم و تأثیر گذار جمهوری اسلامی، انقلاب اسلامی به نابودی کشیده شده و در انتها نیز سازمان قدرت را به دست می گیرد. حادثه هفتم تیر سال 60 نیز اولین قدم جدی سازمان در راستای همین تحلیل بود.
تقریباً دو ماه پس از به شهادت رساندن شهید بهشتی و سایر اعضای حزب جمهوری اسلامی که از مسئولین نظام هم بودند، سازمان منافقین با بمب گذاری در دفتر نخست وزیری، شهید رجایی و باهنر که پست ریاست جمهوری و نخست وزیری را در اختیار داشتند، و دیگر اعضای تشکیل دهنده شورای امنیت ملی، دومین قدم جدی علیه انقلاب اسلامی را نیز برداشت.
از طرفی حادثه هشت شهریور سال 60، جمهوری اسلامی را در مقابله با سازمان منافقین مصمم تر کرد. شاید تا قبل از حادثه هشت شهریور، نیروهای انقلابی، سازمان منافقین را به طور جدی رصد نمی کردند، اما پس از به شهادت رسیدن شهید رجایی و شهید باهنر و جریحه دار شدن احساسات مردم، این عزم جدی در نیروهای انقلابی شکل گرفت که در مبارزه با جریان التقاط و ترور کم ترین مماشات را هم نداشته باشند. که ثمره این جدیت در مبارزه، به 19 بهمن سال 61 ختم شد که نیروهای انقلاب اسلامی توانستند با به هلاکت رساندن موسی خیابانی و رده های بالایی سازمان، ضربه جبران ناپذیری به منافقین بزنند.
عده ای مدعی این هستند که سازمان منافقین در ابتدا قصد رویارویی با جمهوری اسلامی را نداشته است و این جمهوری اسلامی بوده است که سازمان را مجبور به تقابل مسلحانه کرده است. درحالی که اگر سیر عملکرد سازمان از روز های ابتدایی انقلاب اسلامی بررسی شود، خواهیم دید که سازمان از همان روزهای آغازین در صدد تقابل بوده است. از جمع آوری و انبار سلاح گرفته، تا غائله هایی مثل 14 اسفند 59 و در نهایت شورش های 30 خرداد.
