طبق اسناد و مدارکی که در جریان کودتای نوژه به دست آمده، تماس‌هایی میان کودتاگران و موسی خیابانی صورت گرفته بود. ضمن پیشنهادی که رهبران کودتا به سازمان مجاهدین خلق داده بودند، موافقت شده بود که سازمان منافقین در مقابل پستی که به مسعود رجوی واگذار می‌شود، به نفع کودتاگران از موضع‌گیری علیه کودتا خود را کنار بکشد.
به گزارش پایگاه خبری‌تحلیلی هابیلیان (خانوادۀ شهدای ترور کشور) و به‌نقل از مرکز اسناد انقلاب اسلامی، بازخوانی ابعاد دیگری از کودتای نقاب در سال 1359، نقش قابل‌تامل سازمان مجاهدین خلق (منافقین) در این کودتا را برملا می‌کند. در بخشی از کتاب "دست خدا بر نقاب" که توسط موسسه فرهنگی هنری مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده درباره نقش مرموز سازمان منافقین در کودتای نقاب آمده است: همکاری گروهک‌های معاند در منطقه کردستان، بخشی از ارتباط با مخالفین از سوی سران کودتا بود؛ اما جریان مهم‌تر و طیف تأثیرگذاری که می‌توانست اهداف کودتا را در آینده بعد از پیروزی تهدید کند، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) بود؛ زیرا چهره عوام‌فریبانه رهبران سازمان در نقاب مذهبی و گرایش‌های فکری این سازمان به رئیس‌جمهور وقت (بنی‌صدر) برای سران کودتا هاله‌ای از تردید را در رویارویی با این سازمان به وجود آورده بود. کودتاگران نگران بودند که مبادا ارتباط با این سازمان برای آن‌ها مشکل‌ساز و نگران‌کننده باشد؛ بنابراین با احتیاط و وسواس خاصی به رهبران این سازمان نزدیک شدند و با آنان به تعامل پرداختند.
این موضوع که چرا کودتاگران در مقایسه با به کارگیری عوامل حزب دموکرات و کومله و بخش قابل توجه نیروهای نظامی آن‌ها بر روی نیروهای سازمان مجاهدین خلق سرمایه‌گذاری می‌کردند، شاید بیشتر به این دلیل بود که بیشتر افراد این سازمان در تهران متمرکز بودند و پیروزی کودتا نیز در گروی تصرف شهر تهران بود. همین امتیاز تأثیر زیادی در برقراری رابطه از سوی سران کودتا با رهبران این سازمان داشت.
وجهه مذهبی و ریاکارانه این سازمان و ادعای تبعیت از رهبر انقلاب و نقاب طرفداری از خلق و به کاربردن لفظ «مجاهد» در اطلاعیه‌ها، آرم‌ها و نشانه‌های این سازمان به عنوان نماد مبارزه با ظلم و ستم، همگی مؤید به اصطلاح استکبارستیزی آن‌ها بود و این ویژگی‌ها در احزاب دموکرات و کومله وجود نداشت. همچنین منطقه عملیاتی و استراتژیک فعالیت‌های سیاسی و نظامی این احزاب در کردستان بود، در صورتی که عمده فعالیت و اهداف سیاسی و نظامی کودتاگران در شهر تهران خلاصه می‌شد. همین موضوع سران سیاسی کودتا را وامی‌داشت که بیشترین ارتباط و همفکری را با رهبران سازمان مجاهدین خلق برقرار کنند و برای جذب نیروهای این سازمان برای برنامه‌های بعد از پیروزی (کودتا) حداکثر بهره‌برداری و استفاده را انجام دهند.
سروان ناصر رکنی از نیروهای دستگیر شده در جریان کودتا در بخشی از اعترافات خود می‌نویسد: «صحبت بر سر این بود که نقش مجاهدین خلق در روز کودتا چه خواهد بود؟ آیا آن‌ها عليه ما و یا به نفع ما اسلحه به دست خواهند گرفت؟ به چه ترتیب خواهد بود؟ توضیحی که آقای قادسی به تیمسار مهدیون و محققی می‌داد، این بود که ما در حال مذاکره با هر دو گروه هستیم، هم مجاهدین خلق و هم فدائیان خلق. او می‌گفت که ما با فداییان خلق زیاد تعاملی نداریم که با آن‌ها به شکلی وارد صحبت بشویم و امتیاز بدهیم که بعدا برای خودمان تولید دردسر نکند. ولی با مجاهدین خلق مشکلی نداریم؛ با آن‌ها صحبت کرده‌ایم و به نتیجه رسیده‌ایم که در آن روز آن‌ها به نفع ما وارد کار نشوند. ما احتیاجی نداریم که آن‌ها به نفع ما وارد عمل شوند. همین قدر کفایت می‌کند که احتمالا اگر فتوا و دستوری صادر شد، این‌ها اسلحه به دست نگیرند و بر علیه ما وارد کار نشوند و کار ما را سنگین‌تر نکنند. همین برای ما کفایت می‌کند. (قادسی) گفت: ما این قول را از مجاهدین خلق گرفته‌ایم که آن روز (روز کودتا) بی‌طرف بمانند. در عوض اینکه آن روز بی‌طرف بمانند، قول دادیم تا آن‌ها آزادی فعالیت سیاسی داشته باشند و هر نوع فعالیت سیاسی که بخواهند در نهایت آزادی انجام دهند.»
بر این اساس سرکردگان سازمان منافقین هم با یک طراحی پیچیده کوشیدند تا ضمن شرکت در کودتا و تقویت کودتاگران برنامه مناسبی را نیز برای مواجه با خطر عدم موفقیت کودتا تدارک ببیند. براساس همین تحلیل و نتیجه‌گیری، سران سازمان مجاهدین خلق به این امید بودند که با پیوستن به کودتاگران موقعیتی برای خود به دست آورند. با اطلاعاتی که از سوی عوامل نفوذی خود در تشکیلات کودتا به دست آورده بودند به ارزیابی عملکرد آن با معیارهای سازمانی خود پرداختند و ضمن همسویی با کودتاگران شرایطی ایجاد کردند که سران کودتا بر روی سرمایه‌های انسانی این سازمان حسابی جدا باز کنند و تعامل دوسویه‌ای میان سازمان و سران کودتا فراهم شود.
سازمان منافقین با سرعت و شتاب زیادی تعدادی از عوامل و طرفداران خود را که در بخش‌های نظامی کشور حضور داشتند و جذب سازمان شده بودند با ابلاغ مأموریت، در دو محور کاری و سازمانی به فعالیت می‌فرستد:
١- نفوذ پنهان و مخفیانه در تشکیلات کودتا و ارزیابی از نیروها و امکانات کودتاگران و سنجش و ارزیابی از موفقیت و یا عدم موفقیت کودتا.
۲- استفاده و شناسایی‌های سازمان از نیروهای ناراضی در ارکان و بخش‌های مختلف ارتش و جذب افراد ناراضی و تشکیل تیم‌های عمل‌کننده از پرسنل و درجه‌داران معاند در ارتش که به کودتاگران معرفی می‌شدند. از کسانی که در جذب نیروهای ناراضی در ارتش از سوی سازمان این مأموریت را برعهده داشتند، استوار ایرج بهی و گروهبان یکم حمیدرضا ترک‌پور و چند تن دیگر از نیروهای معاند تیپ نوهد، مأمورین سازمان مجاهدین خلق در تقویت نیروهای عمل‌کننده در کودتا بودند.
سیروس لطیفی از اعضای بلندپایه سازمان مجاهدین خلق، که بعد از دستگیری جزء توبه‌کنندگان در آمد، برخورد سازمان منافقین با کودتای نقاب را اینگونه روایت می‌کند: «این کودتا یک کودتای آمریکایی و نسبتا سرتاسری بود و قرار بود از چند جهت شروع شود. مرکز اصلی آن پایگاه هوایی نوژه همدان بود. این کودتا که عامل اصلی آن آمریکا بود، قرار بود به وسیله ضدانقلاب انجام گیرد. هسته مرکزی آن نیز در ارتش تشکیل شده بود و سازمان قبل از کودتا از آن مطلع شده بود. اینکه از چه طریقی اطلاع پیدا کرده بود، نمی‌دانم؛ ولی احتمالا به وسیله هواداران و نفوذی‌هایی که در ارتش داشت، مطلع شده بود. شاید هم با افرادی از کودتاگران ارتباط داشتند... سازمان در جریان کودتای نوژه به تمام نیروهای خود آماده‌باش داده بود تا در سطوح بالا، افرادی در هسته‌هایی در سطح تهران و یا در خانه‌ها یا مکان‌های مختلف 24 ساعته آماده باشند تا به محض وقوع کودتا وارد عمل شوند. در واقع سازمان می‌خواست تا از این کودتا استفاده کند و در جهت گرفتن مراکز و حتی در انتها در صورت امکان در جهت گرفتن قدرت از دست کودتاگران عمل کند. البته کودتاخنثی شد و مسئله‌ای نیز ایجاد نشد.»
سیروس لطیفی همچنین در افشای خط تحلیلی سازمان مجاهدین خلق درباره کودتای نقاب تأیید می‌کند که سازمان دو ماه مانده به حمله نظامی ارتش بعثی عراق، با شعارهای فراوان و مردم‌فریب خود، خواستار انحلال ارتش به بهانه حضور افسران شاهنشاهی در ارتش شده بود.
علاوه بر این، طبق اسناد و مدارکی که در جریان کودتای نقاب به دست آمد، تماس‌هایی میان کودتاگران و موسی خیابانی صورت گرفته بود. ضمن پیشنهادی که رهبران کودتا به سازمان مجاهدین خلق داده بودند، موافقت شده بود که سازمان مجاهدین در مقابل پستی که به مسعود رجوی واگذار می‌شود، به نفع کودتاگران از موضع‌گیری علیه کودتا خود را کنار بکشد.
البته نکته اساسی در این همکاری و ارتباط متقابل، اجرای اصل اختفا و مخفی‌کاری و عدم ارتباط آشکار میان نیروهای سازمان با کودتاگران به عنوان یک برنامه راهبردی همواره مورد نظر بود. با تکیه بر همین تعهد نانوشته میان تشکیلات سازمان و سران کودتا، عضوگیری افراد از درون سازمان شروع شد و مسئولیت‌های افراد و اختیارات آن‌ها برای شرکت در کودتا به آن‌ها ابلاغ شد.
یک عضو جداشده از گروهک تروریستی منافقین، از مشارکت حداکثری اعضای فریب‌خورده این فرقه برای اجرای کودتای نقاب به منظور براندازی نظام نوپای جمهوری اسلامی، گفت: در اجرای این کودتای براندازی علاوه بر سازمان مجاهدین خلق (منافقین)، سازمان‌ها و گروه‌هایی مانند پان‌ایرانیست‌ها، جبهه ملی، سازمان چریک‌های فدایی خلق نیز اعلام آمادگی یا موافقت خود را برای مشارکت و پشتیبانی اجرای این کودتا اعلام کرده بودند.»
البته سازمان منافقین بعد از کشف و خنثی‌سازی کودتای نقاب هیچ‌گاه کوشش نکرد تا ماجرای این توطئه را برای تشکیلاتش بازنمایی کند. این در حالی بود که اعضای رده بالای سازمان مجاهدین خلق از تیر تا مهر 59 فعالیت‌های پنهان اطلاعاتی با گروه‌های مخالف فعال را به عنوان یک وجهه اصلی از اقدام‌های تشکیلاتی در سازمان قرار می‌دادند.
