ديدار امام‌خميني (ره) با مسعود رجوي و موسي خياباني و ديگر سران گروهک منافقین در شرايطي صورت گرفت كه پيش از اين ائتلاف روحانيت مبارز و موتلفه اسلامي حتي با حضور نماينده‌اي از خانواده کشته‌شدگان منافقین در مراسم استقبال از امام مخالفت كرده بودند و اكنون نيز با ديدار رهبر انقلاب با آنان مخالف بودند و اين مخالفت نه از ناحيه روحانيت سنتي كه از سوي روحانيت انقلابي (و به صورت شاخص آيت‌الله منتظري) صورت مي‌گرفت.
با وجود اين امام با رجوي و خياباني و ديگر سران این گروهک ديدار كردند و تنها خبري كه از اين ديدار به نقل از امام مخابره شد اين بود كه: «اسلام بيش از هر چيزي به آزادي عنايت دارد و در اسلام خلاف آزادي نيست الا در چيزهايي كه مخالف با عفت عمومي است.» اما آيا ديدار مهم و تاريخي امام و منافقین محدود به همين بود؟ از مجموعه گزارش‌هايي كه خود اعضاي منافقین از آن جلسه ارائه كرده‌اند برمي‌آيد كه امام اتفاقا به مهمترين معضلات منافقین اشاره كرده و البته براي خروج از آنها راه‌حل ارائه كرده‌اند.
امام اول از همه به مسئله تغيير ايدئولوژي سازمان مجاهدين خلق در سال ۱۳۵۴ اشاره مي‌كند و در حقيقت به رخ سازمان مي‌كشد اما بلافاصله مي‌افزايد: «به من گفته بودند اينها اين‌طور هستند، اين تيپ هستند و من گفتم كه اگر اشتباهي شده و اگر مسئله‌اي به وجود آمده مربوط به گذشته است. به هر جهت شما جوانيد، الان انقلاب شده و مردم ما متحول شده‌اند. شما هم مي‌توانيد اشكالاتتان را برطرف كنيد.» امام در ادامه با توجه به سوابق چپ‌گرايانه سازمان و نيز خطري كه از ناحيه ماركسيست‌هاي غيرمذهبي جمهوري اسلامي را تهديد مي‌كرد به منافقین توصيه مي‌كنند كه به تبليغ عليه ماركسيسم بپردازند و به خصوص در كارخانه‌ها كارگران را از چپ‌گرا شدن دور كنند: موسي خياباني در گزارشي از آن ديدار مي‌نويسد: «(امام) در لفافه خواست تا مبارزه عليه ماركسيست‌ها را بردوش ما بگذارد.» در واقع پيشنهاد امام روشن بود: فراموشي گذشته، عبور سازمان از ماركسيسم و تلاش براي جايگزيني آن با يك جريان اسلام‌گرا و در عين حال عدالت‌خواه. اين در حالي است كه امام‌خميني پيش از پيروزي انقلاب اسلامي اولين و تا مدت‌ها، تنها فردي بود كه ماهيت ايدئولوژيك منافقین را شناخته بود. و از اين رو نمي‌توان ادعا كرد كه رهبر انقلاب بدون توجه به ماهيت منافقین با آنها ديدار كرده و پيشنهاد اصلاح و حتي همكاري داده است.
