شهید لاجوردی در دوره زندان بسیار فعال و مقاوم بود به نحوی که رژیم پهلوی او را از زندان قصر به زندان قزل حصار در کرج تبعید کرد. در زندان قزل حصار بود که در سال 51، شهید لاجوردی با برخی از عناصر سازمان منافقین (مجاهدین خلق) روبرو می شود. آنها و لاجوردی در آغاز با هم گرم می گیرند ولی شامه تیز و نفاق شناس و التقاط فهم لاجوردی، رگه های نفاق و التقاط را در آنها می یابد، و با درایت «شناخت منافقین» را از آنها به دست می آورد و با اطلاعاتی که از مارکسیسم داشت آن را «مارکسیسم دستکاری شده با نام اسلام» می یابد.
لاجوردی خود تعریف می کرد: در قزل حصار وقتی چند نفر از منافقین را آوردند خوشحال شدم که به جمع مسلمانان زندانی عده ای که مجاهد مسلح هستند اضافه شده اند که در ساختن درون زندان به کار خواهد آمد. روزی که در سودان کودتای کمونیستی علیه جعفر نمیری شد و پس از ساعاتی، شکست خورد متوجه شدم که اینان از کودتای کمونیستی بسیار خوشحال شده و همراه کمونیست های قزل حصار جشن گرفتند و در شکست آنها بسیار متاثر شده عزادار شدند. از آنها پرسیدم چرا از شکست یک حکومت کمونیستی کودتایی، ناراحت شده اید. (در آن روزگار نمیری چهره غربی نداشت و همکار عبدالناصر بود) آنها گفتند که این حکومت خلق است و حکومت دموکراتیک خلقی مورد تایید ماست، و مارکسیسم علم مبارزه است! و با امپریالیسم که همان کفر است می جنگد! من از اینجا متوجه التقاط آنها شدم. ولی به مخالفت برنخاستم. گفتم آرام جلو بروم، که هم بدانم چه افکاری دارند و هم اینکه اگر بشود آنها را متوجه حقایق اسلام و کفر کمونیستی بکنم. پس از مدتی افکار آنها و جزوات «شناخت» و «تکامل» و «راه انبیاء» برای من کاملاً شناخته شد و بحث را که ملایم شروع کردم متوجه شدم که آنها عناد دارند نه اینکه اطلاع و آگاهی نداشته باشند. »
لاجوردی از این تاریخ مقابل منافقین قرار گرفت و این افتخار را یافت که اولین کسی بود که پس از امام خمینی(ره) متوجه التقاط و انحراف منافقین شد. منافقین نیز در مقابل آگاهی یافتن لاجوردی سعی کردند وی را منزوی کنند و نگذارند زندانیان مسلمان با او صحبت کنند و بیدار شوند. لاجوردی این مطلب را بدون انتساب به سازمان در بازجویی های پس از دستگیری در 7/11/53 به عنوان اینکه دخالت در سیاست نمی‌‌کرده می نویسد و می گوید: « هیچگاه در کمونهایی که در آنجا بود نرفتم. من در حال نیمه بایکوت به سر می بردم.»
در زندان قزل حصار لاجوردی موافق منافقین نبود اما با آنها برخورد رویارویی هم نداشت. تا اینکه ایشان را در تاریخ آبان 52 به زندان مشهد تبعید کردند. وی در زندان مشهد به عمق نفاق و فاجعه منافقین پی برد و متوجه شد که سازمان در واقع جوانان ساده را از اسلام به مارکسیسم می کشاند. و البته با هر کس به زبان خودش و موافق روحیاتش صحبت می کند. مثلاً با مذهبی ها به شدت خود را مذهبی جلوه می دهد با مردم عادی خود را دارای اسلام مترقی و به اصطلاح علمی، نشان می دهد و با افرادی که اعتقاد کافی به اسلام ندارند خود را مسلمان دارای افکار مارکسیسم معرفی می کند و آنها را به مارکسیسم معتقد می سازد. و مقصود از این چندگانگی، در دست داشتن قدرت سازمانی، و قدرت در زندان و به دست آوردن قدرت حکومتی برای سلطه خودشان است.
