شهید محمد علی رجایی دو هفته پیش از شهادت در یک پیام تلویزیونی، تحلیل مشروحی از سوابق و عملکرد منافقین ارائه نمود. وی که خود پیش از انقلاب به دلیل همکاری با رهبران اولیه منافقین سالها زندان و شکنجه‌های سخت را متحمل شده بود، چنین گفت:
«سازمان مجاهدین در زندان حرفشان این بود که درست است که ما شعار مبارزه با امپریالیسم می‌دهیم، درست است که با رژیم {شاه} می‌جنگیم، درست است که با ساواک باید جنگید، ولی قبل از هرچیز با مسلمانانی که امام {خمینی} را به عنوان رهبر این انقلاب قبول دارند، باید با آنها جنگید. باید از روی جنازه آنها رد شد و به آن مبارزه بعدی رسید. این تفکر آنها بود و ما {در زندان} به روشنی می‌دیدیم که با مارکسیست‌ها متحد می‌شوند و بر علیه ما می‌جنگیدند... {پس از پیروزی انقلاب} سازمان از هر فرصتی استفاده می‌کرد که دست کم 3 چیز را برای خودش آماده بکند. یکی از آنها، اسلحه بود، به محض اینکه مردم ما در انقلاب پیروز شدند، اینها به انواع وسایل متوسل می‌شدند برای جمع‌آوری اسلحه... برای روزی که در نظر داشتند، بعد از جمع‌آوری اسلحه، {دوم اینکه} شروع کردند به جمع‌آوری امکانات مالی و تدارکاتی، از بردن ماشین‌ها {ی دولتی} گرفته تا بردن پول‌های نقد و اسناد و تصرف اماکن. که مدت‌ها طول کشید تا مردم توانستند این اماکن را که آنها به زور گرفته بودند از آنها پس بگیرند. به موازات این دو کار، چیزی که برای همه ما تعجب آور باشد، {سوم اینکه} اینها شروع کردند به شناسایی شخصیت‌هایی که ممکن است در آینده این انقلاب نقش داشته باشند. اخیراً یکی از خانه‌های تیمی که به دست شما مردم لو رفته و تصرف شده، در آنجا اسنادی را دیدیم که حتی کسانی را که در مدرسه رفاه {محل استقرار امام پس از 12 بهمن 57} مشغول خدمت بودند، شناسایی کرده‌اند و برای هر کدام یک کارت {مشخصات} درست کردند. پس، از آن موقع، اینها به فکر بودند که هرچه زودتر یک نبردی را با نیروهای مؤمن واقعی شروع کنند، و بنابراین آنچه که آن موقع {در زندان} می‌گفتند، آرزوی عبور از جنازه ما در رسیدن به مبارزه بعدی، را تحقق بخشند... سازمان مجاهدین با عملکردی که در این دو سال و نیم دارند خط خودشان را نشان دادند.... {ای سازمان} آیا در این دو سال و نیم، شد که یک آمریکایی را بکشی؟ و بگویید که ما ضد آمریکایی هستیم؟ آیا در عرض این دو سال و نیم، شد که یک ساواکی را بکشی؟ آیا شد که سرمایه‌دار صهیونیست استثمارگر را بکشی و بیایی بگویی که انقلابی هستی؟ اما «بهشتی» را کشتی، این موضع‌گیری تو است. و تو {ای سازمان} بدان که منفور هستی و مردم، قلبشان، تمام رگ‌هایشان به بهشتی‌ها پیوند دارد ولی تو کوری و نمی‌بینی.»
شهید رجایی در بخش دیگری از سخنان خود خطاب به اعضا و هوادارا سازمان اظهارداشت:
«واقعاً برای من که تا حدودی چند سال با {محمد} حنیف {نژاد}، با رضا {رضایی} و احمد {رضایی} بودم، ... هر وقت تصور می‌کنم که شما به عنوان عضو سازمان مجاهدین می‌بینید که مسعودتان نخست وزیر بنی‌صدر شده و از اینجا به فرانسه فرار کرده، آنجا جبهه متحد ضد انقلاب را دارد سازمان می‌دهد، چگونه خوابتان می‌برد؟، واقعاً تعجب می‌کنم... روی این مسئله فکر کنید که آیا شما می‌توانید در تاریخ جواب این حرکت را بدهید؟ شما می‌توانید بگویید که کشتن {آیه‌الله} خامنه‌ای برای شما، لازم‌تر از کشتن یک آمریکایی یا یک ساواکی یا یک اسرائیلی بوده است؟»
اعتراف رجوی
چنانکه در تبیین نقش سازمان در انفجار هفتم تیر اشاره شد، مسعود رجوی در یکی از دیدارهای محرمانه خود با مقامات اطلاعاتی و امنیتی رژیم بعث عراق به مسئولیت مستقیم سازمان در آن عملیات و نیز انفجار هشتم شهریور اذعان کرده است. رجوی در دیدار با ژنرال حبوش رئیس سازمان امنیت صدام، در سال 1378، هنگامی که به برخی تبلیغات موجود در رسانه‌های غربی آن زمان علیه سازمان اشاره می‌کند، سابقه روابط نزدیک خود با غربی‌ها و از جمله اطلاع مقامات ارشد آمریکا و فرانسه از دو عملیات مذکور را یادآوری می‌کند. متن سخنان رجوی چنین است:
«همانگونه که اطلاع دارید من در سال‌های 1981 تا 1986 در پاریس بودم. در آن سالها دشمنی به این گونه با ما نبود و به ما تروریست نمی‌گفتند. هرچند که کاخ سفید و کاخ الیزه می‌دانستند، با کاخ الیزه هم ارتباط داشتیم، می‌دانستند که چه کسی حزب جمهوری را در ایران منفجر کرد و چه کسی و چرا عملیات علیه رئیس‌جمهوری و علیه رئیس الوزرای ایران انجام داد. آنها می‌دانستند و خوب هم می‌دانستند ولی صفت تروریست هم به ما نزدند.»
که فیلم این ملاقات و سایر دیدارهای مقامات اطلاعات امنیتی عراق با رجوی به طور مخفیانه ضبط شده بود که پس از سقوط رژیم صدام و دسترسی مردم به آرشیو‌های مراکز اطلاعاتی، قسمت‌هایی از آنها به خارج منتقل شد که در قالب یک کتاب توسط گروهی از جداشدگان سازمان در لندن انتشار یافت. سی‌دی تصویری این ملاقات و سایر ملاقات‌های مندرج در کتاب نیز به ضمیمه آن انتشار یافته و در دسترس عموم قرار گرفته است و سند منحصر به فرد و غیرقابل انکاری از بسیاری روابط پشت پرده تروریستی سازمان محسوب میشود.
در بیانیه رسمی وزارت خارجه آمریکا درباره سازمان که در سال 1373 صادر شد، رسما به مسئولیت سازمان در انفجار هشتم شهریور تصریح شده است:
«طبق گزارشات، در تاریخ 30 اوت، 8 شهریور مجاهدین در جلسه شورای امنیت ملی رژیم {ایران} بمب‌گذاری نمودند که منجر به کشته شدن رئیس‌جمهور جدید، {محمد} علی رجایی و نخست‌وزیر جدید وی، محمد‌جواد باهنر گردید... مجاهدین صورت مجزا و منفرد مسئولیت برخی اقدامات تروریستی را که فکر می‌کردند نتیجه آنها باعث تقویت وجهه آنها می‌شد برعهده گرفتند... به رغم عدم پذیرش رسمی مسئولیت انفجار‌های 7 تیر و 8 شهریور ولی یادآوری این مسئله مهم است که مجاهدین _ به خصوص در اوایل دهه 1980 {= دهه شصت شمسی} هم تمایل و هم توان انجام مقاصد خشونت‌بار خویش را داشتند.»
حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی یک روز بعد از تشییع جنازه میلیونی شهدای 8 شهریور در مورد رفتار متناقض سازمان در قبال پذیرش مسئولیت انفجار و تکذیب اطلاعیه دفتر لندن سازمان توسط دفتر پاریس چنین گفت:
«قضیه دیروز {+ 9 شهریور 60} مسئله را خیلی روشن کرد. دیروز صبح، خوب شما می‌دانید ما ساعت 7 صبح اعلام کردیم که رئیس‌جمهور وقت و نخست‌وزیر شهید شده‌اند، هیچ تبلیغ و پر و پا گاندایی هم برای کشاندن مردم به خیابان‌ها نداشتیم، و خیلی‌ها به ما اعتراض می‌کردند که خوب یک فرصتی به مردم می‌دادید {برای اطلاع‌رسانی و تجمع} ... ما سه ساعت وقت داشتیم ... شما دیدید که چه جور مردم آمدند ... رادیو لندن هم که همیشه حقایق را تحریف می‌کند مجبور میشود خیلی که دست کم بگیرد، بگوید که بیش از یک میلیون نفر جمعیت {شرکت کردند.} ... دیروز هیچ کس نگفت، امام هم نگفته بودند، تبلیغ هم نشده بود، ائمه جماعت هم نگفته بودند، رادیو هم نگفت مردم بیایید. مردم خودشان بودند. این، مردمند، و این، جامعه است. دشمن هرچه کور باشد این را می‌فهمد و می‌بیند. ضد انقلاب {+ سازمان} به خاطر همین وضعی که می‌بیند جرات اعلام رسمی عملیات خودش را هم نمی‌کند. یک چنین عملیاتی اگر ... کمی ارزش مردمی داشت، برای ثبت در تاریخ هزار بار بزرگ می‌کردند و مسئولیتش را می‌پذیرفتند.
در لندن، شاخه مجاهدین خلق اعلام می‌کند که ما بودیم. رجوی فراری در پاریس می‌گوید ما نبودیم. یعنی وضع چنین است که باز {مجبورند} منافقانه حتی با این کارشان هم برخورد کنند. اعلام مسئولیتش را می‌پذیرفتند.»
حضرت امام خمینی هم زمان با تشییع شهدای انفجار نخست‌وزیری، در صبح نهم شهریور 60 طی سخنانی در مورد اشتباه محاسبه طراحان عملیات تروریستی فرمودند:
«اینها یک اشتباه دارند و آن اینکه شناخت از اسلام و شناخت از ایمان و شناخت از ملت اسلامی ما ندارند. آنها گمان می‌کند که با ترور شخصیت‌ها، می‌توانند با این ملت مقابله کنند، و ندیدند و کور بودند که ببینند که در هر موقعی که ما شهید دادیم، ملت ما منسجم‌تر شد ... ملتی که برای اسلام قیام کرده است ... این ملت را با ترور نمی‌شود عقب راند ... آقای رجایی و آقای باهنر هر دو شهیدی که با هم در جبهه‌های نبرد با قدرت‌های فاسد، هم جنگ و هم‌رزم بودند ... من در عین حال که شهادت این دو بزرگوار برای من بسیار مشکل است، در عین حال می‌دانم که آنها به رفیق اعلی متصل شده‌اند ... آنها رسیدند به مطلوب خودشان و از این جهت، به آنها و به خانواده‌های آنها و ملت اسلامی تبریک عرض می‌کنم که چنین شهدایی تقدیم می‌کنند ... آن کوردلانی که گمان کرده‌اند که جمهوری اسلامی با نبود چند نفر از بین خواهد رفت و سقوط خواهد کرد، آنها افکارشان، افکار اسلامی نیست... افکار مادی {است} و برای دنیا کار می‌کنند... ملت ما آرام است، دلش مطمئن است به اینکه وقتی که این شهدا نباشند به جای آنها، داوطلبانی برای شهادت حاضر در صحنه هستند... باز در صف‌های دنبال آنها، افراد داریم و اشخاص متعهد داریم و اشخاص مومن متعهد به اسلام داریم، و ملت را داریم، ملتی که هیچ گونه عقب‌نشینی در این مسائل نخواهد کرد و به این ترتیب، جمهوری اسلامی آسیبی نخواهد دید.»
شهید محمد‌علی رجایی مدتی قبل از شهادت از آرزوی خویش چنین سخن گفته بود:
«دشمنان کوردل انقلاب اسلامی باید بدانند که شهادت در راه خدا آرزوی ماست زیرا که ما را هراس از مرگ نیست. چرا که اطمینان داریم بدون ما نیز پرچم خونین اسلام و انقلاب را دست‌های پرتوان میلیون‌ها مردم محروم و مستضعف میهن اسلامی، سربلندتر و برافراشته‌تر از پیش به اهتزاز در خواهد آورد.»
و شهید حجت الاسلام دکتر محمد‌جواد باهنر درباره خط شهادت و نقش آمریکا در حوادث تروریستی توسط سازمان، این گونه بیان کرده بود:
«ملت ما بیش از هر زمان از خط شهادت برای منکوب کردن دشمن و در هم ریختن توطئه‌ها، نیرو گرفته است ... ما سرنخ این توطئه‌ها {ی تروریستی} را امپریالیسم آمریکا می دانیم.»
