نیمه شهریورماه سالروز تأسیس سازمان تروریستی منافقین در سال 1344 است، سازمانی که به اذعان بسیاری از فعالان و مبارزان دوران پهلوی هرچند با هدف ترویج مبارزه علیه ظلم و ستم حکومت تشکیل‌شده بود، اما دیری نپایید که سازمان چنان دچار انحراف شد که نه‌تنها رسماً مارکسیست شد، بلکه اعضایی را که همچنان مسلمانان بودند را تصفیه کرد. اما چرا سازمان چنین مسیری را طی کرد؟ آیا امکان جلوگیری از انحرافات سازمان وجود داشت؟ برخی مانند لطف‌الله میثمی به دلیل تعلقاتی که به رهبران اولیه سازمان مانند حنیف نژاد دارند، می‌گویند بله اگر حنیف زنده بود، نمی‌گذاشت سازمان به دست افراد ناصالحی مانند تقی شهرام و مسعود رجوی بیفتد. اما برخی دیگر مانند رسول جعفریان معتقدند که سازمان از همان اول به دلیل استفاده از منابع غیر اسلامی، کج بنیان گذاشته‌شده بود از این‌رو مارکسیست شدن آن‌ها در سال 1354 دور از انتظار نبود. بااین‌حال به نظر می‌رسد راهی که سازمان طی کرد تا به بن‌بست انحراف برسد، روایت‌های پیچیده‌تری دارد و نمی‌شود با یک خط که آن‌ها از اول التقاطی بودند، ازاین‌رو منحرف شدند، دلایل این انحراف را توضیح داد. اما در این میان در پاسخ به افرادی که تأکید می‌کنند، زنده‌بودن رهبران اولیه جلوی انحراف سازمان را می‌گرفت، باید یادآوری کرد که سازمان چه در زمان رهبریت شهرام، رجوی و چه حالا به رهبریت مریم رجوی دچار انحرافات گسترده بوده است.این مسئله نشان می‌دهد که مشکل سازمان منافقین فراتر از لیدر آن‌هاست هرچند رهبران در کیفیت و کمیت انحرافات نقش اساسی دارند.
بررسی ریشه‌های انحراف سازمان منافقین ما را به این سؤالها می‌رساند.« چه کسی حق تفسیر متون مقدس را دارد و می‌تواند آن را به‌وسیله مبارزه تبدیل کند؟»، «ابزارهای مبارزه را چگونه باید فراگیر کرد؟». رهبران اولیه سازمان برای پاسخ به پرسش اول به افرادی مانند یوسف شعار، مفسر قرآن مراجعه کردند. او معتقد بود که هر فردی می‌تواند به قرآن مراجعه کرده و نیازهایش را به‌صورت مستقیم از آن برداشت کند. این مفسر معتقد بود که قرآن کتاب عامی است و فهم آن توسط اشخاص امکان‌پذیر است. اعضای اولیه سازمان منافقین که برخی از آن‌ها مانند حنیف نژاد شاگرد شعار بودند با تغییر در این پاسخ آنچه خود می‌خواستند را مستخرج کردند. سازمان منافقین به این نتیجه رسید که نباید تفسیر متون مقدس فقط توسط افرادی که دروس حوزوی خوانده‌اند، انجام شود. اما سازمان به‌جای اینکه به افراد حق تفسیر متون مقدس را بدهد، خود را به جای فقه خوانده‌ها نشانده و مدعی شد که سازمان بر اساس نیازهای تشکیلاتی و برنامه‌های مبارزاتی به سراغ متون دینی رفته و تفسیرهای مورد نیاز را ارائه می‌کند. در این میان اعضای سازمان نیز موظف هستند که این تفاسیر را به‌عنوان تنها تفاسیر درست بدون چون‌وچرا قبول کنند. سازمان به بهانه رفع انحصار تفسیر دین، خودش را به‌جای روحانیت نشاند و از اعضا نیز خواست که تفاسیری را که ارائه می‌دهد، بدون چون‌وچرا قبول کنند. در واقع منافقین تفسیر متون مقدس را در انحصار سازمانی قراردادند که الفبای این تفاسیر را نمی‌دانست، بدیهی است که انحصار چنین تفسیری نتیجه‌ای جزو تبدیل این سازمان به بت نداشت. بتی که حالا متون مقدس را بهانه‌ای برای مقابله با هرگونه مخالفت با خود و طرد منتقدانش کرده بود.
اما انحراف بعدی سازمان از پاسخ به «ابزارهای مبارزه را چگونه باید فراگیر کرد؟» شروع شد. اعضای سازمان که تحت تأثیر متونی مانند «راه طی شده بودند»، به این نتیجه رسیدند که راه علمی که غرب و اسلام می‌روند، سرانجام به یک نقطه می‌رسد. در این میان آن‌ها مارکسیست را به‌عنوان علم و نه ایدئولوژی برگزیده و گفتند حالا که راه اسلام و این علم یکی است، ما نیز می‌توانیم از مارکسیست برای ترویج مبارزه مسلحانه بهره ببریم و این‌گونه شد که افکار التقاطی به سازمان ورود پیدا کرد. با این‌حال سازمان به این حد از التقاط بسنده نکرد و سعی کرد تا نمادها و مفاهیم غیرمذهبی را با استفاده از مفاهیم دینی، رنگ و لعاب مقدس دهد. این مسئله سبب تولید متون مختلفی شد که به‌ظاهر پر از حدیث و آیات قرآن بودند، اما در لایه زیرین جز بازتولید نظریات مارکسیستی چیز دیگر نداشتند. در این میان سازمان پا را فراتر از این حد گذاشت و بعد از مدتی در عمل به‌گونه‌ای رفتار کرد که فقط خودش حق تدوین الگو و شیوه مبارزاتی را دارد ازاین‌رو هر فرد و گروهی که غیر از الگوی سازمان روش دیگری برای مبارزه انتخاب کند، دچار انحراف شده است.
براین اساس نوع نگاه سازمان منافقین به برداشت از متون دینی و تدوین شیوه مبارزاتی و به‌خصوص قائل شدن حق انحصار مطلق برای پاسخ به دو پرسش «چه کسی حق تفسیر متون مقدس را دارد و می‌تواند آن را به‌وسیله مبارزه تبدیل کند؟»، «ابزارهای مبارزه را چگونه باید فراگیر کرد؟» سبب شد تا در عمل بعد از چندی سازمان نه وسیله‌ای برای مبارزه بلکه خود به هدف تبدیل شود. این تبدیل‌شدن به هدف در عمل سبب شد تا سازمان به‌جایی برسد که خود را تنها ملاک حق و باطل معرفی کرده و از سوی دیگری اجازه تصفیه منتقدان خود را صادر کند. براین اساس به نظر می‌رسد، اگر بخواهیم دلیل انحراف سازمان منافقین را بررسی کنیم، این بررسی نیازمند تبیین چگونگی پاسخ این سازمان به دو پرسش اشاره‌شده هست.
