تلاش برای براندازی جمهوری اسلامی ایران و به دست گرفتن تمامی قدرت، بزرگترین هدفی است که گروهک تروریستی منافقین از ابتدای انقلاب اسلامی به دنبال تحقق آن بوده است. هرچند این گروهک تا پیش از خرداد 1360 تلاش میکرد این هدف را بهصورت چراغ خاموش دنبال کند بااینحال با ورود به فاز مسلحانه درصدد برآمد تا رسیدن به این هدف را سرعت بیشتری بدهد.
گروهک منافقین بهمنظور براندازی حکومت اسلامی از همان ابتدای انقلاب سعی کرد تا بانفوذ اعضایش به درون نهادهای مهم، ضمن کسب اطلاعات از آنها برای انحراف تصمیمگیریها و همچنین اقدامات خرابکارانه استفاده کند. دادههای تاریخی نشان میدهد که در دو سال اول انقلاب اعضای نفوذی منافقین با اقدامات خود بارها جو کشور را متشنج کرده بودند. بهعنوانمثال هوچیگری سر مسئله نوار شهید آیت یکی از مسائلی بود که توسط بنیصدر و با کمک منافقین ایجاد شد.
بااینحال ورود منافقین به فاز مسلحانه سبب شد تا آنها درصدد برآیند تا نحوۀ استفاده از نفوذیها را تغییر دهند. در خرداد 1360گروهک منافقین با این استدلال که جمهوری اسلامی ایران فاقد پایگاه طبقاتی بوده و حامیان آن را طیفهایی مختلفی تشکیل میدهند، به این نتیجه رسید که میتوان با چند تکانه و ضربه حکومت را برانداخت. همین تحلیل اشتباه سبب شد تا منافقین به افراد نفوذی دید تاکتیکی داشته باشند و از آنها حتی به قیمت لو رفتنشان در عملیات تروریستی استفاده کنند. در همین راستا آنها از یک نفوذی برای انتقال خودروی حامل بمب و خرابکاری در یکی از مراکز مخابراتی در سال 60 در تهران استفاده کردند. بااینحال نمود بیشتر استفاده از نفوذیها را میتوان در قضیه کشمیری دید. در ماجرای کشمیری، منافقین تصور میکردند تا اقدام تروریستی صورت گرفته ضربه کاری به جمهوری اسلامی میزند، ازاینرو این مسئله ارزش لو رفتن یکی از مهمترین نفوذیهای آنها را دارد. سازمان در این مقطع میگفت، بعد از تکانهای که به حکومت وارد میکنم تا چند ماه دیگر قدرت را در دست میگیرم. ازاینرو باید از نفوذیها بهصورت تاکتیکی استفاده کرد. بااینحال گذر حوادث و غلبه نظام اسلامی بر بحران سبب شد تا منافقین در دستیابی به اهداف خود ناکام مانده و از این به بعد سعی کنند تا نفوذیهای خود را در درون حکومت محفوظ نگه دارند. مسئلهای که سبب شد تا برخی از افراد آنها تا اواسط دهه 60 نیز در سازمانهای مهمی مانند صداوسیما بهصورت چراغ خاموش حضورداشته باشند.
گروهک منافقین بعد از این مسئله سعی کرد تا با تکیه به قدرتهای خارجی نقشه براندازی را پیگیری کند. همین مسئله سبب همپیمانی آنها با عراق گردید. در این زمان این گروهک سعی میکرد تا از نفوذیهای خود برای جاسوسی و در اختیار قرار دادن اطلاعات مهم به عراق استفاده کند. بااینحال بعد از شکست در عملیات مرصاد و سقوط صدام حسین و اقدامات اصلاحی صورت گرفته در ایران در حوزههای اقتصادی، اجتماعی و سیاسی، سازمان به این نتیجه رسید که عمل براندازی از داخل دشوار و یا حداقل بیشتر از آنچه آنها تصور میکنند، طول خواهد کشید. بر این اساس گروهک تروریستی منافقین در این زمان بحث ایجاد تکانه از خارج علیه جمهوری اسلامی را در دستور کار قرار داد. این گروهک با این استدلال که با تشویش اذهان بینالمللی و ایجاد جو منفی باید اجماعی جهانی علیه ایران درست کنیم، سعی کرد تا با استفاده از نفوذیهای خود ذهنیت جامعه جهانی را نسبت به برنامههای هستهای و دفاعی ایران منفی کند. در همین راستا بود که در سال 2002 سازمان به فعالیتهای هستهای ایران در نطنز و اراک پرداخته و آن را یک فعالیت غیر صلحآمیز و دارای ابعاد نظامی ترسیم نمود. در سال 2010 در اوج اختلافات هستهای، منافقین طی کنفرانسی اعلام کردند که یک سایت هستهای را در غرب تهران شناسایی کردهاند. در سال 2013 و پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران، منافقین ادعا کردند که اطلاعاتی درباره یک سایت محرمانه هستهای زیرزمینی در ده کیلومتری شرق دماوند کسب کردهاند که سایت مذکور در تونلهایی داخل کوه حفرشدهاند. بنا بر ادعای منافقین، این پروژه، ساخت 30 تونل و 30 انبار را شامل میشود.
منافقین در این زمان استراتژی خود را ایجاد تکانه بینالمللی علیه ایران قرار داده و با دید تاکتیکی به نفوذیها سعی میکردند تا این هدف را محقق کنند. منافقین تصور میکردند، میتوانند با پیگیری مستمر تز تکانه بینالمللی علیه ایران دیر یا زود حکومت را سرنگون کنند. بااینحال لو رفتن نفوذیها که نقش مهمی در ایجاد ذهنیت منفی علیه ایران داشتند و محاکمه آنها، سبب شد تا سازمان به این نتیجه برسد که باید در خصوص حفظ نفوذیهایش احتیاط بیشتری به خرج دهد.
بر همین اساس از این زمان به بعد آنها برای نفوذیهای خود اهمیت استراتژیک هم قائل شده و دیگر فقط دید تاکتیکی به آنها نداشتند. در پیش گرفتن این سیاست و ارتباط تنگاتنگ با نهادهای امنیتی دولتهای اروپایی و آمریکا موجب شد تا آنها از این به بعد در افشای اخبار و اطلاعاتی که از نفوذیها به دست میآورند، دقت بیشتری کرده و با سرویسهای جاسوسی بینالمللی تقسیمکار کنند. در این راستا منافقین اطلاعات محرمانه را از کشور خارج و به سرویسهای جاسوسی میدهند، آنها نیز بعد از کار کردن روی آنها و با درآویختن دروغ و شایعات هدفمند به برخی از اطلاعات لو رفته، سعی میکنند تا خط ایجاد تشویش علیه ایران را در فضای رسانهای پیگیری کنند. تقسیمکار با سازمانهای جاسوسی سایر کشورها در عمل سبب میشود تا نفوذیهای منافقین در حاشیه امنتری قرار بگیرند. از همین رو است که آنها دیگر کمتر مانند دهه 80 کنفرانس خبری گذاشته و سعی میکنند اسناد محرمانه را بهصورت عریان منتشر کنند. در نهایت اینکه مروری بر حوادث چند ماه اخیر بهخوبی نشان میدهد که منافقین دیگر دید تاکتیکی به اعضای نفوذی خود ندارند و حالا اینها ارزش استراتژیک نیز برای این گروهک دارند.