با اعلام جنگ مسلحانه گروهک‌های تروریستی علیه انقلاب اسلامی و مردم در سال‌های آغازین پس از پیروزی آن، دستگاه‌های امنیتی نوپای جمهوری اسلامی، با وجود کمبود نیرو و تجربه کافی در این زمینه، توانستند با همراهی و همکاری مردم، خیلی زود غائله ترورها را جمع کرده و علی‌رغم اینکه هزاران شهروند ایرانی در سال‌های ابتدایی دهه60 قربانی زیاده‌خواهی‌های تروریست‌ها شدند، تشکیلات ترور منافقین و دیگر گروه‌های تروریستی در ایران مضمحل شد و جز اندک اقدامات تروریستی که توسط تیم‌های اعزامی از خارج کشور انجام می‌شد، فضای امنیتی کشور به‌سمت آرامش پیش می‌رفت.
عناصر تروریست به‌مرور شناسایی و دستگیر شدند، آنان که دست‌شان به خون مردم آلوده بود به انتقام توده‌های خلق گرفتار شدند و آنان که مستقیم در ترورها نقش نداشتند در زندان‌ها محبوس شدند تا دوران محکومیت قانونی خود را بگذرانند.
تشکیلات فرقه‌ای گروهک منافقین که برای ادامه حیات نیاز به سازمان و سازماندهی منسجم در داخل کشور داشت به فکر بازتولید خود افتاد و درنهایت سراغ عناصر زندانی این گروه در زندان‌های ایران رفت؛ عناصری که به‌ظاهر دوران تأدیب را می‌گذراندند، اما دل در گرو این گروهک داشتند و منتظر فرصتی بودند که برای مرکزیت خارج‌نشین منافقین خوش‌خدمتی کنند.
از همان سال 60 که دستگیری عناصر منافقین کلید خورد، عناصر محوری این گروهک با ایجاد کمون‌هایی در بندهای زندان تلاش کردند انسجام تشکیلاتی خود را حفظ کنند و این کار تا جایی پیش رفت که «تشکیلات زندان» به‌عنوان واحدی شناخته‌شده در درون ساختار این گروهک تروریستی مطرح می‌شد. روش کار به این‌صورت بود که دستورات از خارج کشور و از طریق سرپل‌ها به خانواده معدومان و هواداران منافقین در داخل کشور منتقل شده و توسط آنان و در دیدارهای صوری با زندانیان نفاق به داخل زندان می‌رسید. تشکیلات زندان‌نشین، خط‌مشی‌ها را تحلیل کرده و راهکارهای اجرایی را به بیرون از زندان منتقل می‌کرد و دوباره از طریق سرپل‌ها به خارج کشور انتقال می‌داد. تیم‌های ترور مجهز و آموزش‌دیده با توجه به اطلاعاتی که از طریق زندان‌ها دریافت کرده بودند وارد کشور شده و با هدفی مشخص و با همکاری برخی عوامل نفوذی و مزدوران داخلی خود به یکی از نقاط کشور رفته، یک یا چند عملیات تروریستی را اجرا کرده و متواری می‌شدند. در این میان برخی تیم‌ها نیز زیر ضربه امنیتی قرار گرفته و دستگیر یا کشته می‌شدند یا خودکشی می‌کردند.
نمونه این اقدامات فراوان است و عملا می‌توان این‌گونه گفت که طراحی تمام عملیات‌های تروریستی منافقین در داخل کشور در فاصله سال‌های 1361 تا 1367 توسط تشکیلات زندان صورت می‌گرفت و اجرای آن توسط تیم‌های وارداتی که عموما از طریق عراق یا پاکستان وارد کشور می‌شدند، اجرا می‌شد.
ترور شهید حسین قانع‌گلیان در سال 1365 که دادیار زندان مشهد و از مهم‌ترین افرادی بود که نقش محوری در توبه عوامل گروهک‌ها و بازگشت آنان به آغوش مردم و نظام اسلامی داشت، نمونه‌ای از این عملیات مشترک بود. دی‌ماه سال 1365 تیم مسلح منافقین از غرب کشور وارد ایران شده و خود را به مشهد رساندند و با اطلاعاتی که از طریق تشکیلات زندان دریافت کرده بودند، ترور شهید قانع را به اجرا رسانده و متاسفانه متواری شدند؛ هرچند بررسی اسناد تاریخی نشان می‌دهد یک ماه پس از این ترور، همان تیم که عملیات جنایتکارانه موفقی را به اجرا درآورده بودند دوباره وارد کشور شده و در راهپیمایی 22 بهمن 1365 مشهد دست به اقدام تروریستی دیگری زدند که سه شهید و ده‌ها مجروح نتیجه آن عملیات تروریستی بود اما چند روز پس از آن با رصد دقیق اطلاعاتی و امداد‌های غیبی الهی مورد شناسایی نیروهای امنیتی قرار گرفته و دو نفر از آنان در درگیری مسلحانه به هلاکت رسیدند و بسیاری از مسیرهای پشتیبانی و افراد مرتبط با آنان شناسایی و دستگیر شدند.
این تشکیلات مخفی از فضای ایجادشده در سال‌های میانی دهه 60 به‌واسطه نقش‌آفرینی عوامل نفوذی یا عناصر ساده‌لوح در بدنه نظام؛ که معتقد بودند افراد زندانی گروهک‌های تروریستی دچار تحول و متنبه شده یا توبه کرده‌اند و زمینه آزادی بسیاری از آنان در این سال‌ها فراهم شده بود، نهایت سوءاستفاده را کرده و به تقویت و گسترش خود پرداخت تا جایی که در طرح حمله منافقین در مرداد سال 1367 نقشی محوری و اصلی به این عناصر در داخل زندان‌ها سپرده شده بود؛ آنها موظف شده بودند پس از حمله منافقین به مرزها و رسیدن خبر آن به تشکیلات زندان، در داخل زندان‌ها شورش مسلحانه‌ای ایجاد کرده و زندان را پس از تصرف خشونت‌آمیز به پایگاه فرماندهی نظامی در هر شهر تبدیل کرده و نقاط تصرف خود در شهرها را گسترش دهند و آن‌گونه که تحلیل کرده بودند پس از گذشت چند روز از حمله، شهرها یکی‌یکی و با کمک زندانیان گروهک‌ها سقوط خواهند کرد. نکته جالب‌توجه در این میان آن است که بسیاری از افراد شرکت‌کننده در حمله منافقین به مرزها، کسانی بودند که طی سال‌های قبل از آن با سوءاستفاده از رأفت نظام و نکاتی که توضیح داده شد، از زندان‌ها آزاد شده و با فرار از کشور، از طریق سرپل‌ها مجدد به سازمان پیوسته بودند.حمله منافقین به مرزهای ایران چند پیامد مهم داشت. این حمله نظامی و طرح شورش داخلی با محوریت زندان‌ها شکست خورد و منافقین متحمل تلفات فراوانی شدند. از سوی دیگر، این تشکیلات مخفی که جز در موارد اندکی غیرمکشوف مانده بود، آشکار شد و برخورد قانونی لازم و قاطع نیز با آن صورت گرفت. همچنین زمینه نفوذ و تسلط تفکرات ساده‌لوحانه و خوش‌بینانه درباره عناصر تربیت‌یافته فرقه‌ای گروهک‌های تروریستی از بین رفت و نگاه واقع‌بینانه‌ای در فضای سیاسی و امنیتی کشور حاکم شد که نتیجه آن موهبت امنیت پایدار پس از سال‌های پرالتهاب دهه60 در ایران بود.
