طراح ترور آیت‌الله سید محمد علی قاضی، مسئول شاخه نظامی محمد متحدی بود و ضارب نیز مسعود تقی‌زاده نام داشت. او در بازجویی‌ها گفت: یک دفعه برای شناسایی رفتیم، علاوه بر اینکه در آن محل به من مشکوک شدند، آیت الله قاضی هم نیامد و فردایش من دیگر در خیابان ایستادم و قرار بود که مهدی قبل از او بیاید و با زدن راهنمای سمت راست به من اطلاع دهد که ماشینش می‌آید. (آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، پرونده مسعود تقی‌زاده، کد ۵۱۶۸)
مسعود تقی‌زاده درباره نحوه ترور آیت‌الله قاضی‌طباطبایی می‌گوید: من نزدیک شدم و با شلیک سه گلوله، به آن طرف خیابان که مهدی با موتور منتظرم بود، رفتم. بعد از سوارشدن من از سوی محافظ وی چند تیر شلیک شد که به دلیل تاریکی و دوری فاصله هیچ کدام اصابت نکرد. (همان)
اکبر گودرزی، رهبر فرقان نیز طبق معمول اقدام به نوشتن اعلامیه کرد. (همان پرونده اکبر گودرزی، شماره بازیابی ۷۴۴) در جریان ترور، تقی‌زاده با شلیک سه گلوله آیت‌الله قاضی را به شهادت رساند، دو گلوله یکی به سر و دیگری به شانه آیت‌الله قاضی خورد، ایشان را با همان ماشین به بیمارستان شیر و خورشید انتقال دادند. (آیت‌الله قاضی پس از اقامه نماز مغرب و عشا از مسجد شعبان تبریز راهی منزل بود که به بهانه طرح سؤال شرعی راه او را بستند. [روزنامه اطلاعات، ۱۲ آبان ماه ۱۳۵۸، ص ۹] )
تلاش پزشکان بی‌نتیجه ماند و ایشان به شهادت رسیدند. جریان شهادت ایشان در آن شب که احتمال بروز خطرات امنیتی می‌رفت، باید مسکوت می‌ماند و با اقدامات مسئولین آن شب بحرانی در تبریز سپری شد. (جهت اطلاع بیشتر رجوع شود به: رحیم نیکبخت و صمد اسماعیل‌زاده، زندگی و مبارزات آیت الله قاضی طباطبایی، تهران مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۱۳۸۰، ص ۳۷۴ – ۳۷۳.)
روز جمعه ۱۱ آبان، با حضور جمعیتی نزدیک به دومیلیون نفر پیکر آیت‌الله قاضی تشییع و در مسجد مقبره در کنار اجدادش به خاک سپرده شد. (بر پیکر مطهر آیت‌الله قاضی، آیت‌الله دینوری از علمای تبریز اقامه نماز کردند.) امام خمینی که شاهد از دست‌رفتن عزیز‌ترین یارانش توسط گروهک وابسته و بی‌منطق فرقان بودند، طی پیامی این ضایعه را به مردم دلاور آذربایجان تسلیت گفتند. در بخشی از پیام آمده است:
ملت عزیز و برومند ایران و آذربایجان غیرتمند عزیز، باید در این مصیبت‌های بزرگ که نشانه شکست حتمی دشمنان اسلام و کشور و ناتوانی و خودباختگی آنان است، هر چه بیشتر مصمم باشند و در راه هدف اعلای اسلام و قرآن مجید، بر مجاهدت خود افزوده و از پای ننشیند تا از جباران زمان، حق مستضعفین را احقاق بنمایند.
مراجع تقلید نیز با ارسال پیام‌هایی شهادت آیت‌الله قاضی را تسلیت گفتند و از سوی دولت نیز روز شنبه، دوازدهم آبان، عزای ملی اعلام شد.
فرقان در ارائه دلایل ترور شهید قاضی طباطبایی می‌گوید:
۱. همکاری فعالانه با رژیم طاغوتی قبلی و رژیم ضد توحیدی و ضد مردمی فعلی.
۲. سرسپردگی به دیکتاتوری آخوندیسم و طراحی و اجرای سیاست‌های استعمای‌اش در حوزه مأمورت خود.
۳. کمیته بازی برای تحکیم پایه‌های رژیم پلیسی و فاشیستی و تداوم بخشیدن به جنایت‌های ساواک.
۴. مفسد فی الارض.
۵. همدستی با فرماندهان خائن محلی ارتش مزدور و تلاش برای بازسازی آن.
۶. ساخت و ساز با سرمایه داران و فئودال‌های منطقه و کوشش در موجه جلوه دادن آن‌ها از طریق تکفیر روشنفکران متعهد و انقلابگران توحیدی. (فوق العاده فرقان، مورخ ۱۳آبان۵۸ با عنوان اعدام انقلابی محمد علی قاضی طباطبایی.)
تمام تلاش آیت‌الله قاضی، خدمت‌گزاری به نظام اسلامی و مردمی جمهوری‌اسلامی بود که فقط چندین ماه از رأی 98/2 درصد آزادانه و آگاهانه مردم به آن می‌گذشت.
