شب ۲۶ رجب ۱۴۰۳ هجري قمري برابر با ۱۰مه سال۱۹۸۳ و ۱۳۶۲ شمسي در حالي كه اهالي نجف به بزرگداشت روز بعثت رسول اكرم (۲۷رجب) در حرم مطهر اميرالمؤمنين (ع) گرد آمده بودند، بعثيون به منازل فرزندان آيت الله العظمي سيد محسن حكيم حمله كرده و افرادي بين ۱۶ الي ۷۴سال را دستگير و با خود به سازمان امنيت نجف بردند.
زندانيان در همان شب دستگيري به بغداد منتقل شده و هر كدام به اتاقي برده شدند. اوضاع تا هفتم شعبان اينگونه سپري شد، در اين روز نگهبانان جمعي از زندانيان را با خود بردند. پس از چند لحظه، شخصي آمد و با اشاره به سيد محمد حسين حكيم (سرپرست خانواده) دستور داد او را به اتاق ديگري ببرند. او را به اتاقي تاريك در طبقه پايين ساختمان بردند. در آنجا دو نفر مسلح ايستاده بودند. به او گفتند تا چند لحظه ديگر چند تن از اعضاي خانواده را اعدام خواهند كرد و پس از آن در گوش او پنبه گذاشتند. اندكي پس از آن، سيد كمال (فرزند يوسف حكيم) را آورده و در مقابل جوخه مرگ قرار دادند و لحظه اي بعد به سويش آتش گشودند و پس از آن به ترتيب سيد علاء (فرزند سيد محسن حكيم) و سيد احمد (فرزند سيد محمدرضا حكيم) را اعدام كردند. در حالي كه اين سه در خون غلتيده بودند سيد محمد حسين حكيم به حال اغما رفت و طاقت خود را از دست داد. او احساس مي كرد كه گفته مي شود اين سيدعبدالصاحب و اين سيد عبدالوهاب و اين يكي سيدمحمد حسين است.
ده روز پس از اين جنايت سرپرست خانواده را از زندان بيرون آورده و او را نزد، يك مقام بلندپايه حزبي بردند. در آنجا به سيد محمدحسين حكيم گفته شد كه اعدام اين گروه از خانواده واكنشي نسبت به فعاليتهاي سيد محمد باقر حكيم است و اگر وي دست از فعاليت عليه رژيم بعث بر ندارد ما بقيه را نيز اعدام خواهيم كرد. بعد سيد محمد حسين را سوار بر هواپيمايي به مقصد تركيه كردند تا از آنجا به ايران رفته و پيغام بعثيون را به محمد باقر برساند.
سيد محمد باقر حكيم سه سال پيش از اين واقعه (۱۳۵۹شمسي) از عراق مهاجرت كرد. وي پس از دو سال اقامت در ايران (۱۳۶۱شمسي) «مجلس اعلاي انقلاب اسلامي عراق» را بنا نهاد. هر چند در آن سال سيد محمد باقر به رياست مجلس اعلاي انقلاب عراق برگزيده نشد. اما چند سال بعد به رياست اين تشكيلات انتخاب شد و نيروي مسلحي تحت عنوان «سپاه بدر» به راه انداخت.
شهادت سه برادر (سيد علاءالدين ۴۹ ساله، سيد عبدالصاحب ۴۱ ساله و سيد محمدحسين ۳۷ ساله) و سه برادرزاده (سيد كمال ۴۲ ساله، سيد عبدالوهاب ۳۷ ساله و سيد احمد ۳۸ ساله) با اينكه ضربه بزرگي بر سيد محمد باقرحكيم بود ولي چيزي نبود كه او را از ادامه راه خود باز دارد. او در طي سالهاي اقامت در عراق شاهد مبارزات پدر خود (آيت الله العظمي سيد محسن حكيم، يكي از مراجع بزرگ وقت عراق) و فشارهاي فزاينده رژيم بر اين مرجع نامدار بود.
آيت الله سيد محسن حكيم يكي از علماي بزرگ نجف بود كه با تشكيل «جماعة العلماء» در عراق به سال ۱۳۷۷ قمري برابر با ۱۳۳۵ شمسي حركت جديدي را در مبارزه با انگليس و رژيم وقت عراق و دفاع از حقوق مردم فلسطين آغاز كرد. وي نزديك به دو دهه و تا زمان فوت در سال۱۹۷۰ ميلادي منشأ تأثير بسياري در حوزه علميه نجف بود. اما برخورد با خانواده حكيم به پس از روي كار آمدن بعثي ها و بخصوص پس از شدت يافتن فعاليت سياسي محمد باقر حكيم بر مي گردد.
محمد باقر، پس از واقعه اي كه منجر به اعدام شش عضو خاندان حكيم شد، از فعاليت هاي مبارزاتي خود دست برنداشت. بعثيون در مقابل دهها نفر از خاندان حكيم را به محاق مرگ فرستادند، پليس عراق در سال 1983، 125 تن از اعضاي خانواده آيت الله حکيم را بازداشت و سپس 29 تن از آنان را به قتل رساند.
اما مهمترين موارد به برخورد با دو برادر محمد باقر حكيم برمي گردد. در يك مورد آيت الله محمد مهدي حكيم از سوي رژيم بعث به اعدام محكوم شد و پس از مدتي در سودان ترور شد. نام محمد مهدي حكيم در ميان مؤسسين «حزب الدعوة اسلامي» در كنار آيت الله سيدمحمد باقر صدر به چشم مي خورد. مورد ديگر به فشارهاي فزاينده به سيد محمد يوسف (فرزند ارشد آيت الله محسن حكيم و برادر ناتني محمد باقر) مربوط مي شود كه نهايتاً اين مرجع وقت و عالم بزرگ را از پا درآورد. سيد محمد يوسف جانشين پدر به شمار مي رفت و در دوران بيماري سيد محسن حكيم به جاي او نماز جماعت برگزار مي كرد.
