از جمله رويدادهاي شاخص مربوط به مبارزات انقلاب در دهه 50، فتواي نجاست مجاهدين ماركسيست شده است كه در زندان و از سوي آيات: طالقاني، مهدوي‌كني، هاشمي‌رفسنجاني، منتظري و... صادر شد. سيدمهدي طالقاني ماوقع را به شرح ذيل روايت كرده است:
«یکی از اتفاقاتی که در آن دوره می‌افتد، این است که آقایان علما در مجموع نسبت به جذب ـ و در واقع قاپیدن ـ بچه مسلمان‌ها توسط مارکسیست‌ها عکس‌العمل نشان می‌دهند. البته می‌دانید که پدرم با همه گروه‌ها رفیق بود و با همه آنها دوستانه بحث می‌کرد و می‌گفت: باید با محبت اینها را به راه بیاوریم. بنابراین تا وقتی که بحث‌ها حالت تئوریک داشتند، ایشان مشکلی نداشت، ولی به مرور متوجه شد بعضی از اینها از طریق دوست‌شدن با بچه مسلمان‌ها و احیاناً سوء استفاده از کم‌بضاعتی علمی آنها، اینها را از اعتقاداتشان جدا می‌کنند و به دار و دسته خودشان می‌برند! این حساسیت به مرور بیشتر شد تا اینکه این آقایان به اتفاق پدرم فتوایی را مبنی بر نجس بودن مجاهدین مارکسیست‌شده و لزوم احتراز بچه مسلمان‌ها از روابط نزدیک با اینها صادر کردند.البته بعدها وقتی مرحوم پدر متوجه شد ساواک روی موج این تضاد سوار شده است و دارد بهره‌گیری می‌کند، یک مقدار خودش را کنار کشید.این فتوا تاحدی، یک نوع دوقطبی را در زندان ایجاد کرد و به آن دامن زد.
مرحوم پدر به دلیل وضعیت جسمانی نسبتاً بدی که در زندان آخر داشتند، فکر می‌کردند شاید از این زندان زنده بیرون نروند و نهایتاً هم ایشان را به بهداری زندان بردند و چند ماه آخر زندان را در بهداری زندان به سر بردند، لذا در زندان چند مورد را به عنوان وصیت به آقای مهدویکنی گفتند و ایشان را به عنوان وصی خودشان تعیین کردند. آن‌طور که بعدها از خود آقای مهدوی شنیدم، موضوع مربوط به وجوه شرعیه و یا وجوهی بود که مردم برای مبارزه داده بودند و نزد خانواده بود و ایشان تأکید کرده بودند: این مالِ شخصی نیست و ورثه حق تصرف در آن را ندارند که خوشبختانه حیات ایشان تداوم یافت و از زندان آزاد شدند.
