بر اساس اعترافات اکبر گودرزی(رهبر گروه فرقان): طرح ترور حاج مهدی عراقی از سوی من و محمد متحدی مسئول نظامی مطرح شد. پیشنهاد مزبور مثل برنامه‌های قبل ابتدا بین من و مسئول عملیات نظامی طرح شد و تصمیم بر انجام آن گرفته شد.
در این طرح ، ترور حاج‌حسین مهدیان نیز گنجانده شده بود. در رابطه با حسین مهدیان که مسئله سرمایه‌داری و ارتباط با محافل از این قبیل و همکاری فعال با رژیم فعلی و... جزء انگیزه‌ها و دلایل ترور بود. در رابطه با مهدی عراقی هم مسئله همکاری با رژیم فعلی ونزدیکی ایشان به امام خمینی(ره) و... از انگیزه‌های ترور ایشان بود.
شرح ماجرای ترور شهید حاج مهدی عراقی
گروه فرقان در 4شهریور1358 در تروری ناجوانمردانه، حاج مهدی عراقی و پسرش حسام عراقی را به شهادت رساند. این اقدام در ساعت 7صبح، در خیابان زمرد که خانه حاج حسین مهدیان در آنجا قرار دارد و در زمانی که آن‌ها عازم محل کار خود در مؤسسه کیهان بودند، صورت گرفت.
حاج مهدی عراقی مدیر مالی مؤسسه و حاج حسین مهدیان مدیر کل آن بود. تروریستهای فرقان سوار یک موتور هوندا بودند، به محض مشاهده خودروی حامل آن‌ها از کمین‌گاه خود بیرون آمدند و سرنشینان بی‌دفاع خودرو را به رگبار بستند.
گلوله‌ای که به گردن حاج‌مهدی عراقی اصابت کرد، موجب شهادت وی شد؛ ولی مردم دو مجروح دیگر را به بیمارستان ایرانمهر انتقال دادند. حسام عراقی در بین راه به فیض شهادت نایل آمد. حسین مهدیان نیز تحت عمل جراحی قرار گرفت و زنده ماند.
به گفته برخی از اهالی محل، موتور سواران مشکوکی از چند روز قبل در محل رفت و آمد می‌کردند، ضمناً در روز حادثه تروریست هایی که در یک پژوی سفید رنگ بودند، خیابان‌های منتهی به محل ترور را بسته بودند.
پیکر حاج مهدی عراقی و پسرش حسام در میان حزن و اندوه فراوان مردم به حسینیه ارشاد منتقل شد.
در همان روز به دستور امام خمینی پیکر این دو شهید به قم منتقل شد و در جوار حرم حضرت معصومه(سلام‌الله‌علیها) به خاک سپرده شد. امام خمینی نیز از میدان سعدی تا نزدیک صحن مطهر حضرت معصومه (سلام‌الله‌علیها) در مراسم تشییع پیکر شهیدان عراقی شرکت کردند.
