منافقین پس از شروع مبارزه مسلحانه و فرار مرکزیت سازمان منافقین از ایران، به شکل تدریجی و گامبهگام، از مواضع ضد‌امپریالیستی خود عدول کردند و حتی مبارزه با آمریکا در زمان شاه را نیز تکذیب کردند.
روزنامه کیهان در بخش پاورقی خود نوشت: عزت‌الله شاهی در مورد برخی همکاری‌های رجوی با ساواک در آن دوران، در مصاحبه‌ای می‌گوید:
«اواخری که مسعود رجوی در اوین بود [سال ۱۳۵۴] هفته‌ای یکی دو روز، او را می‌بردند در اتاق بازجویی و جزوات بیرون و تغییر مواضع سازمان را به او می‌دادند و او هم متقابلاً به آن‌ها [ساواک] تحلیل می‌داد.»
یعنی جناب مسعود رجوی در طی چند سال اقامت در زندان، همواره به عنوان مشاور ساواک، به آن‌ها در مورد برخورد فکری و سیاسی با مبارزین، راهکار ارائه می‌داده است.
مواضع اولیه مجاهدین خلق نسبت به آمریکا:
عزت‌الله‌شاهی در خصوص مواضع اولیه مجاهدین خلق نسبت به آمریکا می‌گوید:
«موضع گیری مجاهدین در برابر امپریالیسم آمریکا به قدری تند بود که چپی‌ها می‌گفتند شما از ما کمونیست‌تر هستید. آن‌ها امپریالیسم را مساوی آمریکا قرار دادند و گفتند: هر کسی با امپریالیسم مخالفت کند، با ما وحدت دارد. هر کسی بخواهد با دشمن امپریالیسم مخالفت کند، ما در برابرش می‌ایستیم. چون مارکسیست‌ها مخالف امپریالیسم آمریکا هستند، با ما وحدت استراتژیک دارند و هر کس مخالف آن‌ها باشد، با ما دشمن است. آن‌ها مخالفین خود را مرتجع می‌خواندند و از همین رو کتاب‌های آقایان مطهری و علامه طباطبایی و سید قطب و... را بایکوت می‌کردند.»
اما پس از پیروزی انقلاب اسلامی، سازمان منافقین به تدریج به مقابله با نظام جمهوری اسلامی پرداخت. پس از شروع مبارزه مسلحانه و فرار مرکزیت سازمان منافقین از ایران، به شکل تدریجی و گامبهگام، از مواضع ضد‌امپریالیستی خود عدول کردند و حتی مبارزه با آمریکا در زمان شاه را نیز تکذیب کردند و ترور مستشاران آمریکایی را به باند تقی شهرام نسبت دادند.
شروع ارتباط با سازمان سیا:
برخی از تحلیل‌گران، سررشته رویکردهای منافقین پس از پیروزی انقلاب اسلامی را، در دستان کاظم رجوی (برادر مسعود رجوی و یکی از منابع اطلاعاتی ساواک) می‌دانند. او از سال‌ها قبل، در خارج از کشور ضمن تداوم ارتباط با ساواک، با سرویس‌های امنیتی غرب نیز همکاری می‌کرد. گفته می‌شود که تلاش کاظم رجوی در زمان شاه، موجب رهایی مسعود رجوی از اعدام و همکاریش با ساواک شده بود.
حیدر رحیم‌پور ازغدی، طی مصاحبه‌ای خبر ارائه شده توسط سفیر شوروی در آلمان که در سال ۱۳۵۷ به اطرافیان امام داده شده بود را چنین نقل می‌کند که:
«خواص می‌دانستند که سردمداران مجاهدین خلق، دست‌ساز سیاست ضد‌اسلامی و مارکسیست‌نمای «سیا» بوده و از سال ۱۳۵۴، راز و رمزهای آنان با ساواک، بر خواص (در زندان و خارج از آن) آشکار گردیده و از سال۱۳۵۶ ارتباطشان به وسیله ساواک با سیا و موساد، قطعی‌تر شد تا آنجا که این خبر را هنگامی که امام در سال ۵۷ ۱۳ در پاریس بودند، سفیر شوروی در آلمان، به رهبران انقلاب و اطرافیان امام گزارش داده بود که: سازمان سیا، مارکسیست‌های اسلامی یعنی مجاهدین خلق و شاخه چپ خود را، در متن انقلاب اسلامی نفوذ می‌دهد.»
این خبر را شاید بتوان اولین خبر از ارتباط برخی سران مجاهدین خلق با سازمان سیا دانست. خبری که طبق شواهد و قرائن متعددی در طی سال‌های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی، مورد تأیید قرار گرفت.
همکاری مجاهدین خلق با کودتاگران وابسته به سیا:
شاپور بختیار و همکاران سلطنت‌طلبش که قرار بود در تیرماه ۱۳۵۹ کودتای خونینی را با حمایت و پشتیبانی سازمان سیا اجرا کنند، با برخی گروه‌های دیگر مانند مجاهدین خلق نیز ارتباط برقرار ساخته و موافقت آن‌ها را جلب کرده بودند. کودتاگران با موسی خیابانی (معاون مسعود رجوی ) ارتباط گرفته و موافقت شده بود سازمان مجاهدین خلق در مقابل پستی که پس از کودتا به مسعود رجوی واگذار می‌شود، از موضع‌گیری در مقابل کودتا اجتناب کنند. حجت‌الاسلام ری شهری در تاریخ ۱۵مرداد۱۳۵۹ طی مصاحبه‌ای با اشاره به ارتباط برخی گروه‌های سیاسی با عوامل کودتا می‌گوید:
«سرتیپ محققی اعتراف کرد که در جلسه‌ای با حضور گردانندگان کودتا مطرح شد که با سازمان مجاهدین وارد مذاکره شده بودیم و از آن‌ها قول گرفته بودیم نه به نفع ما کاری کنند و نه علیه ما وارد عمل شوند؛ آن وقت بعد از پیروزی، یک امتیازاتی در اختیار آن‌ها بگذاریم.»
مارک گازیوروسکی محقق آمریکایی، در مقاله خود درباره کودتای نوژه که بر اساس صد‌ها ساعت مصاحبه با افراد مختلف ایرانی و خارجی مرتبط با کودتا در نقاط مختلف جهان، در سال ۲۰۰۲ تهیه کرده بود، تصریح می‌کند که کودتاچیان با مسعود رجوی تماس گرفته و همکاری وی را با کودتا جلب کرده بودند.
اما پس از لو‌رفتن و کشف کودتا، مجاهدین خلق مدعی شدند که اطلاعات مربوط به کودتا را در اختیار رئیس جمهور وقت یعنی بنی صدر (که خود او نیز با سازمان سیا مرتبط بود) قرار داده بودند!
خروج پنهانی مسعود رجوی از کشور در سال ۱۳۵۹:
کادر مرکزی سازمان، از سال ۱۳۵۹ فراهم ساختن نظر مساعد دولت‌های خارجی جهت قیام علیه جمهوری اسلامی را به عهده گرفته بود. طبق اظهارات یکی از مسئولان حفاظت مرکزیت سازمان، مسعود رجوی در اواخر سال ۱۳۵۹ برای جلب موافقت دول اروپایی و کسب نظر مثبت آمریکا، از طریق رابط‌های بعضی از دولت‌های غربی، به فرانسه رفت. عراق، در اوج تهاجم خویش بود. ارتش، سپاه و بسیج، اغلب نیروهای خود را از شهر‌ها خارج کرده و در جبهه‌ها مستقر نموده بودند. سازمان منافقین، در تحلیل خود توازن نظامی ـ پلیسی حاکمیت را در اوج ضعف و ضربه پذیری تلقی می‌کرد.
نفوذی‌های آموزش دیده و پرورش یافته، آخرین اطلاعات خویش را از درون نهادهای جمهوری اسلامی، به سازمان ارائه می‌دادند. همه‌چیز دقیق و حساب‌شده می‌نمود. نیروهای جوان دانشجو و دانش‌آموز هوادار سازمان مجاهدین خلق نیز از قبل در تشکلی تحت عنوان «میلیشیا» سازماندهی شده بودند. میلیشیا که فلسفه وجودیش تشکیل ارتش خصوصی و در واقع، نیروی مسلح سازمان برای روز موعود بود، در این هنگام مسلح و آماده شده بود.
رجوی پس از هماهنگی با دولت‌های غربی و بازگشت از فرانسه، در ابتدای سال ۱۳۶۰ در جلسه‌ای با اعضای مرکزیت سازمان، ورود به فاز نظامی را اعلام کرد. رجوی برای سفر مخفیانه خود به فرانسه، از طریق مرزهای شرقی کشور به پاکستان رفت و در آنجا با هماهنگی سفارت فرانسه، عازم پاریس شد. با توجه به برخی قرائن، ابوالحسن بنی‌صدر رئیس جمهور و عبدالرحمان قاسملو رهبر حزب دمکرات کردستان ایران، در زمینه چینی این سفر نقش واسطه را ایفا کرده بودند.
پس از این سفر، رجوی اولین بار در اواسط اردیبهشت۱۳۶۰ در داخل کشور دیده شد. اولین نشست سران سازمان و مسئولان بخش‌ها با رجوی، در نیمه اردیبهشت۱۳۶۰ برگزار شد که ضمن آن خط «مبارزه تا سرنگونی نظام» به وسیله رجوی ابلاغ گردید.
در طی سفر مذکور به فرانسه، دولت فرانسه یک دستگاه خودروی پژوی ضد‌گلوله را به منظور حفاظت از جان رجوی، به او هدیه داده بود.
