بنیصدر و رجوی پس از فرار از ایران در پاریس به همراه حزب دموکرات کردستان، جبهه دموکراتیک ملی ایران، شورای متحد چپ، سازمان استادان متعهد دانشگاههای ایران، کانون توحیدی اصناف، سازمان اتحاد برای آزادی کار و سازمان اقامه، شورای ملی مقاومت را بنیاد نهادند. بعدها، حزب کار ایران، جنبش زحمتکشان گیلان و مازندران، اتحادیه کمونیستهای ایران (سربداران) و سازمان چریکهای فدایی خلق نیز به آنها پیوستند. بسیاری از این سازمانها، تعداد اعضایشان از انگشتان یک دست تجاوز نمیکرد و پس از سازمان مجاهدین، حزب دموکرات کردستان از همه شاخصتر بود. از همین رو، مجاهدین نقش پدرخوانده را برای شورا داشتند. سازمان به جای اصلاح اشکالات و رفع کمبودهای خود که مورد انتقاد سایر اعضای شورا بود، به ایجاد سازمانها و گروههای تابع خود در شورا اقدام کرد، با این خیال که در عرصه افکار بینالمللی، ترکیب گستردهای از نمایندگی تمام اقشار و طبقات جامعه را که در شورا عضو هستند، به نمایش بگذارد. طبق میثاقی که اعضای شورا امضا کردند، بنیصدر به عنوان رئیس جمهور نظام جمهوری دموکراتیک اسلامی و رجوی به عنوان نخست وزیر انتخاب شدند. نکته جالب این که آنان در حالی لفظ اسلامی را برای حکومت آینده خود برگزیده بودند که بیشتر گروههای عضو شورا، غیرمذهبی و لائیک بودند و حتی هنگامی که این امر موجب اعتراض اعضای شورا قرار گرفت، مجاهدین اعتراف کردند که با کنار گذاشتن لفظ اسلامی در مقابل نیروهای اسلامی کشور خلع سلاح میشوند. آنان در مقابل اعتراضات مؤتلفینشان وعده سرنگونی سریع جمهوری اسلامی را طی دو سه ماه میدادند و از متحدان خود میخواستند که اعتراضاتشان را برای مجلس مؤسسان قانون اساسی بگذارند.
گذشت زمان باور متحدان رجوی را نسبت به سخنانش سستتر کرد تا آنجاکه به گفته مهدی خانبابا تهرانی، رجوی در سال دوم عمر شورا در مقابل تعیین دوره سرنگونی جمهوری اسلامی پاسخ داد: تا پایان سال آینده، نمیتوانم به این سؤال جواب بدهم؛ چون، مشغول ارزیابی نیروهای خود هستیم و در میان نیروهایمان حلقه مفقودهای داریم که مشغول یافتن و وصل آن به سازمان هستیم. به مرور، برای همگان ثابت شد که این حلقه مفقوده در کجا پنهان است. آن حلقه مفقوده نه در میان نیروهای سازمان و نه در میان نیروهای متحد آن، که در رژیم بعثی عراق بود و رجوی قصد داشت سازمان خود را با آن پیوند دهد. رهبر سازمان از همان نخستین سال سکونت در فرانسه کوشید تا از طریق پیامها و مصاحبه هایش به دولتمردان عراق بفهماند که او به عنوان یک نیروی اپوزیسیون میتواند با زیاده خواهیهای عراق همراهی کند، به طوری که وی در مصاحبه خود در آذرماه سال 1360 با مجله الوطن العربی میگوید: مشکل شط العرب ظاهر قضیه است. مشکل اصلی، تهدیدهای [امام] خمینی برای صدور انقلاب به خارج است که باعث بروز جنگ شده است. به نظر ما، شط العرب متعلق به عراق است. مسئله مطرح کردن صدور انقلاب به منزله دلیل اصلی جنگ اتهامی بود که سازمان در تحلیلهای سری خود در همان نخستین ماههای جنگ مطرح میکرد، اما نکته مهم در این مصاحبه، آن است که رجوی تا جایی پیش میرود که از تمامیت ارضی ایران چشم میپوشد و به طور شگفت انگیزی، اروند رود را با نام شط العرب متعلق به عراق میداند. او که امیدوار بود با حمایت بیگانگان از رهبری اش در جنگ داخلی پیروز شود، در مصاحبهای با مجله ساوت انگلستان، خود را در نقش نیروی آلترناتیو جمهوری اسلامی تصور میکند و میگوید: ما برای استقرار صلح برمبنای عدم مداخله در عراق آماده ایم. رجوی افزون بر ارسال پیامهای محبت آمیز برای رژیم عراق، کوشید متحدان خود را آماده پذیرش ارتباط و همکاری با عراق کند. مجاهدین به صورت بحثهای جداگانه این مسئله را در جلسات شورا مطرح میکردند و میزان موافقت و مخالفت اعضای شورا را میسنجیدند، اما تا زمان مقرر، اجازه ندادند که گروههای دیگر عضو شورا از ارتباط آنها با عراق آگاه شوند. پس از زمینهسازیهای لازم، مسعود رجوی و طارق عزیز در پاریس با یکدیگر ملاقات کردند.
بدین ترتیب، سازمان مجاهدین خلق به رهبری مسعود رجوی، که همه مراحل اعم از تحریم انتخابات، مخالفت قانونی، ایجاد تشنج، ضرب و شتم مخالفان و آخر الامر عملیات مسلحانه و ترورهای کور را آزموده بود، برای دستیابی به قدرت به آخرین مرحله، یعنی مزدوری بیگانگان وارد شد؛ مرحلهای که برگشت ناپذیرترین راه در پیشگاه خلقی بود که آنان داعیه نمایندگی شان را داشتند.
طی ملاقات مزبور، طارق عزیز ابراز کرد: امیدوارم در آینده نزدیک، دوست عزیزم مسعود رجوی را در پست ریاست جمهوری یا نخست وزیری ایران ملاقات کنم. اعلام این نکته بسیار آگاهانه و دیپلماتیک انجام گرفته بود. طارق عزیز درست زمانی که بنیصدر خود را رئیس جمهور منتخب مردم میدانست و به عنوان رئیس جمهور در اتاق نزدیک اتاق مذاکره نشسته بود، این حرف را میزد. معنی چنین سخنانی این بود که دولت عراق رجوی را منهای بنیصدر نیز قبول دارد و این سنگ بنای دیپلماسی جدیدی بود که از این طریق، در شورا گذاشته شد.
به گزارش خبرگزاری فرانسه، در اعلامیه مشترک طارق عزیز و مسعود رجوی آمده بود که عزیز تمایل صمیمانه عراق را به امضای قرارداد صلح با در نظر گرفتن تمامیت ارضی دو کشور، احترام به آزادی عقیده ملتهای ایران و عراق و عدم مداخله در امور داخلی یکدیگر را به مسعود رجوی ابراز کرده است. رجوی با این ملاقات خود را تنها آلترناتیو جمهوری اسلامی تصور کرد و از این زمان به بعد، مسئولیت برقراری صلح را به عهده گرفت. وی که ادعا میکرد ملت ایران پس از شنیدن خبر ملاقات وی با طارق عزیز فریاد خوشحالی سرداده اند، در فراخوان هایش کوشید تا از طریق اقداماتی، همچون اعتصاب کارگران صنعت نفت و کارکنان رادیو و تلویزیون، جمهوری اسلامی را به سازش با عراق مجبور کند.
پس از ملاقات وی و طارق عزیز، عراق به عمده ترین مرکز فعالیت سازمان منافقین تبدیل شد. مسئولان سازمان از همکاری با حکومت عراق اهداف زیر را دنبال میکردند: نخست این که از نظر جغرافیایی، عراق با مرزهای زمینی طولانیای که با ایران داشت، بهترین و آسان ترین مسیر برای نفوذ گروههای عضو سازمان به داخل ایران بود. دوم آن که، سازمان با بهره گیری از کمکهای مالی و تسلیحاتی سخاوتمندانه دولت عراق میتوانست توان مبارزاتی خود را در برابر نظام اسلامی ایران به میزان درخور توجهی افزایش دهد. از سوی دیگر، دولت عراق علاقه مند بود با جلب حمایت این سازمان، از شبکه فعالان و حامیان این سازمان در داخل ایران برای اجرای عملیاتهای خرابکارانه، انجام ترور شخصیت ها، کسب اطلاعات و اخبار از اوضاع نظامی و اقتصادی کشور و تضعیف اراده مردم برای مشارکت در جبهههای جنگ بهره برداری کند. به دنبال این سیاست، پایگاههای منافقین که تعداد آنها را هفده پایگاه برشمرده اند، در داخل خاک عراق و در نزدیکی مناطق مرزی این کشور با ایران تأسیس شد. اصلی ترین پایگاه آنها به نام اشرف در صد کیلومتری شمال غربی بغداد واقع شده بود. بدین ترتیب، با حمایت مالی و نظامی رژیم عراق، واحدهای نظامی سازمان به سرعت سازماندهی و تجهیز شدند. براساس برآوردهای انجام شده، سازمان تعداد پانزده تا بیست هزار نیرو را در قالب ارتش به اصطلاح آزادی بخش ملی سازماندهی کرد. این سازمان هم چنین، از نظر تسلیحات مکانیزه نیز توانست امکانات درخور توجهی را جمع آوری کند، اما با وجود این امکانات، بغیر از مرحله پایانی جنگ، موفق نشد عملیات نظامی مستقلی را علیه نیروهای ایرانی انجام دهد. در اوایل سال 1367، نیروهای سازمان با پشتیبانی ارتش عراق عملیاتی را با نام آفتاب در منطقه شوش انجام دادند که با دادن تلفات فراوانی به عقب نشینی مجبور شدند.
عمده فعالیت این سازمان در خلال جنگ هشت ساله را میتوان اعزام گروه هایی برای انجام عملیاتهای ترور و خرابکاری، به ویژه ترور رزمندگان و فرماندهان نظامی در داخل ایران، جاسوسی از تحرکات نظامی ایران، انجام تبلیغات مسموم از طریق رادیوی اختصاصی این گروه در عراق و نیز شایعه سازی برای تحت الشعاع قرار دادن حمایتهای مردمی از جبههها دانست. نیروهای وابسته به سازمان منافقین حضور گستردهای در کنار نیروهای عراقی داشتند و شنود مکالمات بی سیمی و تلفنی نیروهای ایرانی بیشتر از سوی نیروهای این سازمان صورت میگرفت. هم چنین، آنها به عنوان نیرویی وابسته به ارتش عراق، در سرکوب قیامهای مردمی این کشور نیز نقش مستقیمی را عهده دار بودند، به طوری که در سرکوب شورش کردهای شمال و شیعیان جنوب عراق سهم عمدهای را ایفا کردند و در این راستا، جنایتهای بیشماری را مرتکب شدند. آنها با اطلاعات نظامی با ارزشی، که از تحرکات نظامی نیروهای نظامی ایران و مختصات دقیق پایگاههای نظامی و مراکز صنعتی در اختیار ارتش عراق قرار دادند، توانستند کمکهای ارزشمندی را برای دستیابی به اهداف نظامی رژیم بغداد به آن ارائه کنند.