هواپیماربایی گروهک تروریستی منافقین در سال 1349 برای فراری دادن اعضایش که در امارات دستگیر شده بودند و انتقال هواپیما به عراق و در نهایت تلاش برخی از روحانیون برای وساطت امام خمینی(ره) برای آزادی آن‌ها یکی از روایت‌های مطرح در تاریخ معاصر است. روایتی که به نقل از افراد زیادی طرح و در همه آن‌ها تاکید شده که امام(ره) در عمل از منافقین حمایت نکرد. علاوه بر این خاطرات زیاد دیگری نیز در خصوص دیدگاه امام(ره) در نجف نسبت به منافقین در سال‌های اخیر مطرح شده از جمله اصرارهای برخی از روحانیون داخلی و روحانیونی که در نجف در بیت ایشان حضور داشتند برای تایید منافقین که هر بار با جواب منفی امام(ره) روبرو شده‌اند.
این روایت‌ها در کنار این جمله معروف امام خمینی(ره) که فرمودند: «من در نجف بودم یک نفر از همین افراد (منافقین) آمد پیش من. شاید بیست روزی پیش من می‌آمد. هر روز می‌آمد روزی دو ساعت از نهج‌البلاغه، از قرآن صحبت می‌کرد. من یک‌قدری به نظرم آمد که این وسیله است، نهج‌البلاغه و قرآن وسیله برای مطلب دیگری است. من هم یک طلبه هستم. من این‌قدر نهج‌البلاغه خوان و قرآن‌خوان نبودم که ایشان بوده.» به خوبی نشان دهنده مواضع حساسیت ایشان به التقاطی بودن گروهک منافقین است. با این حال بررسی سیر مبارزات امام خمینی (ره) در پیش از انقلاب اسلامی نشان می‌دهد که حساسیت ایشان نسبت به فعالیت‌های منافقین ناشی از کلیت دیدگاه مبارزاتی ایشان بوده و همین حساسیت درباره سایر گروه‌ها وجود داشته است. به عنوان مثال در سال 1349 زمانی که چریک‌های فدایی خلق در سیاهکل وارد مبارزه مسلحانه با رژیم پهلوی شدند، هر چند به ظاهر این حرکت در بین مخالفان شاه و حتی برخی از مذهبی‌ها واکنش‌های مثبتی به دنبال داشت، اما امام خمینی(ره) با آگاهی از مواضع کمونیستی این سازمان حاضر به تایید آن نشدند.
در دهه 40، حساسیت امام(ره) نسبت به فعالیت‌های گروه‌های التقاطی و چپ‌گرا فقط مختص به گروهک منافقین و چریک‌های فدایی خلق نبود. در آن زمان و بعد از حادثه 15 خرداد 1342، امام(ره) به دلیل مواضع مبارزاتی که داشتند به شدت در بین دانشجویان محبوب بودند به طوری که بارها دانشجویان قبل از تبعید به دیدار ایشان رفته بودند. این ارتباط با امام(ره) مختص به دانشجویان داخلی نبود و در زمان تبعید ایشان در نجف، بارها اعضای انجمن‌های اسلامی دانشجویان خارج از کشور و کنفدراسیون دانشجویان و محصلان ایرانی سعی کردند تا با ایشان ارتباط برقرار کنند. از نکات مطرح در این زمان حساسیت امام(ره) نسبت به راهیابی اندیشه‌های التقاطی در بین دانشجویان ایرانی بود. بر همین اساس است که امام خمینی(ره) در اوایل دهه 40 و دقیقا زمانی که اندیشه‌های مائویسم درحال نفوذ و گسترش در بین اعضای کنفدراسیون بود، بر ضرورت توجه بیشتر اعضای کنفدراسیون به مذهب تاکید کردند. تاکید امام بر توجه بیشتر به مذهب و حساسیت ایشان نسبت به التقاط سبب شد تا در مقطع هشیاری مذهبی‌ها نسبت به این نوع دیدگاه‌ها بیشتر شود.
صادق طباطبایی دراین‌باره می‌گوید که رشد سازمان انقلابی حزب توده ایران سبب شد تا نفوذ آنان که تحت تأثیر اندیشه مارکسیسم بودند بر کنفدراسیون افزایش بیابد. از سوی دیگر نیروهای چپ جبهه ملی با گرایش به سوسیالیسم عملاً به این دیدگاه‌ها پیوستند. کار به آنجا رسید که مقالات مذهبی‌ها درباره 15 خرداد در روزنامه ایران آزاد در خارج از کشور سانسور شد. همه این مسائل سبب شد تا دانشجویان مذهبی به این نتیجه برسند که فعالیت در کنفدراسیون ثمری ندارد.
آگاهی امام(ره) نسبت به خطرات گروه‌های التقاطی و چپ سبب شد تا ایشان در همان ماه‌های اول پیروزی انقلاب، تلاش‌های این گروه‌ها برای مصادره انقلاب اسلامی از دید ایشان پنهان نمانده و آگاه‌سازی و برخورد با گسترش چنین دیدگاه‌هایی مورد توجه امام قرار بگیرد. به عنوان مثال ایشان در همان اسفندماه1357 نسبت به فراخوان چریک‌های فدایی خلق برای برگزاری راهپیمایی واکنش منفی نشان دادند. یا در همان زمان که گروه‌های چپ و منافقین به بهانه استقرار انقلاب به دنبال انحلال ارتش بودند تا تحت عنوان تشکیل ارتش خلقی بتوانند امور نظامی را در کنترل خود بگیرند، این هدف آن‌ها از دید امام پنهان نمانده و با حمایت ایشان از ارتش نقشه این گروه‌ها نقش بر آب شد.
در نهایت اینکه همین دیدگاه‌ها و حساسیت امام خمینی نسبت به گروه‌های التقاطی سبب شد تا ایشان بارها بعد از انقلاب و حتی قبل از شروع فاز مسلحانه منافقین در سی خرداد1360 از مواضع چنین گروه‌هایی انتقاد کرده و آن‌ها را دعوت به اسلام راستین کنند. اوج این مسئله را می‌توان در تیرماه 1359 مشاهده کرد. در آن زمان گروهک منافقین با ایجاد جنگ روانی گسترده و برچسب زدن‌های مختلف درصدد تضعیف نیروهای حزب‌اللهی بود، با این حال افشاگریی‌های امام در آن زمان سبب شد تا در عمل موضع تهاجمی منافقین به تدافعی تغییر کرده و ماهیت آن ها بر مردم برملا شود.
