اولین عملیات تروریستی گروه فرقان در روز سوم اردیبهشت ماه سال 58 و با ترور سرلشکر قرنی اولین رئیس ستاد ارتش جمهوری اسلامی ایران انجام گرفت.
چند روز بعد، آیت‌الله مطهری عضو برجسته شورای انقلاب اسلامی و از رهبران مذهبی انقلاب توسط این گروه ترور شد و به شهادت رسید.
آخرین اقدام تروریستی که با نام این گروهِ التقاطی صورت گرفت، سوءقصد به جان آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای امام جمعه تهران در روز ششم تیرماه سال 1360 بود. این حمله تروریستی یک روز پیش از انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی و شهادت آیت‌الله بهشتی رئیس دیوان عالی قضایی کشور انجام گرفت.
عامل و طراح سوءقصد به جان آیت‌الله خامنه‌ای، جواد قدیری عضو سازمان مجاهدین خلق بود و این عملیات تروریستی در حالی انجام گرفت که اعضای گروه فرقان و رهبر آن یعنی اکبر گودرزی توسط نیروهای اطلاعاتی و امنیتی دستگیر شده بودند و علیرغم استفاده از روش تیراندازی در ترورهای گذشته این بار از بمب‌گذاری استفاده شده بود.
این اتفاق ذهن‌ها را متوجه ارتباط گروه فرقان با گروهک منافقین کرد. برخی ارتباط بین این دو گروه را رد می‌کنند. از جمله اینکه بازجویان اعضای گروه فرقان می‌گویند که در بازجویی از آنان به اسنادی مبنی بر ارتباط فرقان با منافقین دست پیدا نکردند. برخی هم در مقابل معتقدند فرقان شاخه نظامی منافقین پیش از ورود به فاز نظامی بود و در واقع اکبر گودرزی عامل اجرای دستورات نظامی آنها بود.
اما دلایل و شواهد معتقدان به وجود ارتباط بین فرقان و منافقین چیست؟
شباهت‌های دو گروه تروریستی
شباهت‌های فرقان و منافقین دلیلی است که این افراد به آن اشاره می‌کنند. این شباهت‌ها دارای وجوه مختلف است که یکی از آنان شباهت ایدئولوژیک است. آیت‌الله موسوی‌اردبیلی گفته است: «همان برداشت‌های مادی که از زبان اعضای سازمان شنیده بودیم را در فرقان می‌بینیم و استراتژی گروه فرقان همان مسیری را طی می‌کند که سازمان مجاهدین خلق ترسیم کرده بود.»
محمدمهدی جعفری نیز در خصوص شباهت‌های ایدئولوژیک این دو گروه التقاطی گفته است: «ما تازه بعد از ترور مطهری فهمیدیم که منظور هشدارهای او گروه فرقان بوده و قبل از این فکر می‌کردیم جملات وی متوجه مجاهدین است.» همچنین مرحوم سیدهادی خسروشاهی در خاطراتی عنوان کرده است که در راهپیمایی عاشورای 57 گودرزی رهبر فرقان را دیده است که پلاکارد منافقین را حمل می‌کرده است. او همچنین گفته است که خانه گودرزی مملو از کتاب‌ها، نشریات و جزوات گروهک منافقین بود. اسدالله بادامچیان نیز گفته است وقتی از زندان شاه آزاد شده دیده همان گفته‌ها و جزوه‌های مجاهدین زندانی را گودرزی و چند مجاهد دیگر به اسم فرقان توزیع می‌کنند.
شباهت دیگر رفتارهای مشترک نظامی و تروریستی است. احمد قدیریان معاون وقت دادستان در این خصوص گفته است: «وقتی انبار اسلحه گروه فرقان در یکی از باغ‌های کرج کشف شد، ما دیدیم به همان شیوه منافقین، اسلحه‌ها را انبار کرده‌اند. یعنی اسلحه‌ها را گریس زده، داخل مشمع گذاشته و دفن کرده بودند، همان شیوه‌ای که بعدها در خانه‌های تیمی منافقین یا باغ‌هایی که به این‌ها تعلق داشت، مشاهده کردیم.»
شباهت اعلامیه‌های فرقان و منافقین نیز مورد دیگری است که به آن اشاره شده است و آنان معتقدند که اگر تاریخ و کدهای کلیدی از اعلامیه دو گروه حذف شود، بعید است به خصوص پس از سال 60 کسی بتواند، تشخیص بدهد که اعلامیه مربوط به کدام گروه است.
شباهت سوژه‌های ترور نیز دلیل دیگری بر اشتراکات دو گروه است. در لیست ترور گروه فرقان افرادی مانند آیت‌الله بهشتی، حجت‌الاسلام والمسلمین محمدجواد باهنر و حسن آیت بودند که این افراد بعدها توسط اعضای منافقین ترور شدند و به شهادت رسیدند. آیت‌الله موسوی اردبیلی نیز در سخنانی به اشتراکات لیست‌های ترور فرقان و منافقین اشاره کرده است.
ضمن اینکه فرقان دلایل ترور سرلشکر قرنی و آیت‌الله مطهری را مواردی ذکر کرده است که اعضای منافقین نیز در بیانیه‌ها و مواضع خود به آن اشاره داشته‌اند. فرقان یکی از دلایل ترور سرلشکر قرنی را بازسازی ارتش و جلوگیری از انحلال ارتش بیان کرده است. این در حالی است که منافقین و چریک‌های فدایی خلق، مهمترین گروه‌هایی بودند که تلاش داشتند ارتش منحل شود.
عزت مطهری از مبارزان پیش از انقلاب اسلامی گفته است: «به اعتقاد من این‌ها (فرقان) شاخه‌ای از مجاهدین خلق بودند و کارهایی که آنها می‌خواستند را انجام می‌دادند. فرقان در استراتژی چماق و هویج مجاهدین خلق، نقش چماق را بازی می‌کرد و سران مجاهدین در آن‌زمان وقتی که می‌خواستند با مسئولین مذاکره کنند می‌گفتند: اگر با ما کنار نیایید، این‌ها همه شما را از بین خواهند برد.»
احمد قدیریان هم با بیان اینکه «کسانی که پیگیر مسائل مبارزاتی در سال‌های منتهی به پیروزی انقلاب بودند، می‌دانند که سازمان مجاهدین خلق برای پوشش دادن به ترور‌هایش، ده الی پانزده گروه یا خرده گروه ایجاد کرده بود»، گروه فرقان را یکی از آن گروه‌ها می‌داند.
پیوستن فرقانی‌ها به منافقین
دلیل دیگری که به آن اشاره می‌شود، پیوستن باقی‌مانده‌های گروه فرقان به منافقین است. ضمن اینکه گروه آرمان مستضعفین به رهبری آشوری انشعابی از گروه فرقان بود. این گروه پس از متلاشی شدن گروه فرقان، اقدام به بیانیه دادن کرد و خود را جانشین گروه فرقان معرفی کرد. اعضای این گروه سپس به منافقین پیوستند.
عباس سلیمی‌نمین می‌گوید زمانی با آشوری از نزدیک در ارتباط بوده و آشوری که نظریه‌پرداز فرقان و در واقع منافقین بود در مشهد هفته‌ای یک بار با عطایی از اعضای رده بالای سازمان دیدار می‌کرده و سایر اعضای فرقان نیز چنین دیدارهایی داشتند.
محمدحسن روزی‌طلب نیز در کتاب «ترکیب التقاط و ترور» عنوان کرده است که محمد متحدی رهبر نظامی گروه فرقان بعد از اعدام گودرزی با منافقین در تماس بوده و به سفارش آنها اقدام به ترور می‌کرده است.
البته برخی از اعضای گروه فرقان نیز سازمانی بودند که از سازمان به فرقان آمدند. به طور مثال محمد حسینی یکی از اعضای هسته دوم فرقان، عضو منافقین بود. گفته می‌شود مهدی آیتی دیگر عضو فرقان هم قبل از اتصال به فرقان با منافقین خلق ارتباط داشته است.
