27 آذر سال 58 بار دیگر گروه فرقان اقدام به ترور یکی از چهره‌های موثر انقلاب اسلامی کرد؛ این گروه آیت‌الله محمد مفتح که از اساتید حوزه و دانشگاه و از مبارزان انقلابی بود، را به شهادت رساند.
ترور آیت‌الله مفتح از آخرین اقدامات تروریستی گروه فرقان بود، آن زمان نیروهای اطلاعات سپاه برخی از اعضای گروه فرقان را زیر نظر داشتند و عملیات تعقیب و شنود را انجام می‌دادند. سپاه در این راستا تیمی تشکیل داده بود که فرقانی‌ها را رصد می‌کردند؛ اما شیوه عملیاتی فرقانی‌ها اینگونه بود که شب تصمیم می‌گرفتند و صبح اجرا می‌کردند و اینگونه نبود که از مدت‌ها پیش کار شناسایی و طراحی انجام بدهند.
به اعتقاد مسئولان امنیتی کشور در ابتدای انقلاب دلیل سرعت عمل گروه فرقان این نبود که آنان در انجام عملیات‌های تروریستی افراد بامهارتی بودند، بلکه در ماه‌های ابتدایی انقلاب سیستم امنیتی و دفاعی کشور به هم ریخته بود و مسئولان و عناصر کلیدی انقلاب محافظ نداشتند. فضای انقلابی و روحیه شهادت‌طلبی مسئولان نیز اجازه نمی‌داد که به فکر محافظ باشند. از این رو به راحتی می‌توانستند مسئولان و شخصیت‌ها را ترور کنند.
ترور آیت‌الله مفتح موجب شد که نیروهای امنیتی، اطلاعات جدیدی از اعضای گروه فرقان به دست آورند و ضربه به این گروه تروریستی را سرعت بدهند. تا پیش از آن برخی از خانه‌های تیمی گروه فرقان شناسایی شده بود و مشخص نشده بود که افراد اصلی گروه در کدام یک از خانه‌ها هستند. این اطلاعات نیز از تعقیب و مراقبت شناسایی خانه‌های تیمی به دست آمده بود.
اطلاعات سپاه حتی یک فرد نفوذی هم در بین فرقانی‌ها داشت، اما نتوانسته بود در رده مدیریت بالای فرقان و شورای تصمیم‌گیری نفوذ کند. این عامل نفوذی از خرداد سال 58 وارد گروه شده بود و به لحاظ امنیتی از خرداد تا آذر ماه همان سال، مدت زمانی کمی برای کاشت و ثمر دادن یک عامل نفوذی است.
محسن رضایی مسئول وقت واحد اطلاعات سپاه در خصوص دلیل تاخیر در ضربه زدن به گروه فرقان می‌گوید: «ما برمبنای سابقه کار چریکی در دوره قبل از انقلاب می‌دانستیم اگر در آن‌ها هوشیاری به وجود بیاید، همه سرنخ‌ها نابود می‌شود و از این به بعد، شناسایی و یافتن بقیه افراد آن کار سختی است. در مورد فرقان نیز چون مطمئن نبودیم می‌توانیم گودرزی رهبر گروه را دستگیر کنیم، لذا زمان را طول دادیم تا حتماً بتوانیم به سران و کادر فرماندهی فرقان دست پیدا کنیم. همین نکته سبب تردید در حمله به خانه‌های تیمی فرقان شد.»
پس از شهادت آیت‌الله مفتح نیروهای اطلاعات سپاه به این نتیجه رسیدند که به خانه‌های تیمی گروه فرقان ضربه بزنند. بدین منظور به 11 خانه تیمی حمله شد و نزدیک به 50 نفر از اعضای گروه فرقان دستگیر شدند. اکبر گودرزی رهبر گروه فرقان نیز در یکی از حمله‌ها دستگیر شد. در حمله نیروهای اطلاعاتی به یکی از خانه‌های تیمی، اکبر گودرزی دستگیر شده بود. وقتی گودرزی دستگیر شد، نیروهای اطلاعاتی نفس راحتی کشیدند و عملاً راس تشکیلات از هم پاشیده شد.
در حمله‌ای که به 11 خانه تیمی انجام گرفت علاوه بر گودرزی، عباس نصیری قاتل شهید مطهری هم دستگیر شد. رسول گیاهی از اعضای اصلی گروه نیز در تعقیب و مراقبت کشته شد.
در عملیاتی که به عملیات حمله به 11 خانه فرقان معروف شد و اسم رمزش یا زهرا (س) بود، نیروهای سپاه تلفاتی نداشتند. در حالی که در تمامی خانه‌ها اسلحه، نارنجک، مواد منفجره و تجهیزات دیگر وجود داشت.
اکبر گودرزی در 48 ساعت اول دستگیری اعتراف کرد و اطلاعات زیادی را در اختیار نیروهای اطلاعات سپاه قرار داد. دیگر افراد گروه نیز اطلاعات بسیاری را لو دادند. محسن رضایی می‌گوید: «وقتی یکی از دوستان گودرزی نمی‌برید و حرف نمی‌زد، او را با آقای گودرزی روبرو می‌کردیم... گودرزی بهشان می‌گفت که من خودم همه اطلاعات را داده‌ام؛ شما چرا مقاومت می‌کنید؟ شما هم اطلاعات خود را بدهید. بالاخره با یک زبانی با آن‌ها گفتگو می‌کرد و آن‌ها هم اطلاعات را می‌دادند.»
در 48 ساعت اول ضربه به فرقان، تمامی نیروهای اطلاعات سپاه شبانه‌روز آنان را بازجویی کردند که تا سایر اعضای گروه را دستگیر و مانع از انجام اقدام تروریستی دیگری از سوی این گروه شوند.
سازمان که برنامه ترور شخصیت‌های دیگری را در دست داشت در زمستان سال 58 مورد ضربه اطلاعاتی و عملیاتی سپاه قرار گرفت. هرچند پس از آن برخی دیگر از شخصیت‌ها در بیرون از تهران و در تهران آیت‌الله خامنه‌ای ترور شد، اما بسیاری معتقدند که برخی از ترورها از جمله ترور آیت‌الله خامنه‌ای توسط منافقین انجام گرفته است و تنها از اسم فرقان استفاده شده است.
