علی‌رغم برنامه‌ریزی مسئولان برای برگزاری همه‌پرسی جمهوری اسلامی در 10 الی 12 فرودین 1358، به‌علت کارشکنی و توطئه‌های ضدانقلاب در برخی نقاط کشور رفراندوم با دشواری صورت گرفت یا به سرانجام نرسید. در زاهدان یک گروه افراطی به بهانه‌ی پشتیبانی از گروهک‌های جدایی‌طلب کردستان در سطح شهر دست به راهپیمایی زده و با شعار «آری یا نه؛ یک حقه‌ی جدید است» با جمهوری اسلامی مخالفت کردند. این اقدام با واکنش رهبران مذهبی اهل تشیع و تسنن مواجه شد که خواستار شرکت مردم در رفراندوم به‌منظور اثبات رشد فکری و اجرای فرمان حضرت امام(ره) شدند و این اقدام فرصت‌طلبانه و تفرقه‌اندازانه را محکوم کرده و تظاهر‌کنندگان را از سرسپردگان رژیم منحطّ پهلوی توصیف کردند. در مهاباد هم به‌دنبال تظاهرات گروه‌های مخالف و موافق جمهوری اسلامی، برای جلوگیری از وقوع درگیری‌های احتمالی حوزه‌های رأی‌گیری تعطیل شده و رفراندوم برگزار نشد.
در جهرم عده‌ای از عناصر ضدانقلاب که با کارت کمیته‌ی انقلاب اسلامی درصدد اخلال در همه‌پرسی بودند، دستگیر شدند. در برخی مناطق ترکمن‌صحرا و گنبد تنش‌آفرینی ضدانقلاب، درگیری‌های مسلحانه و تیراندازی به مردم باعث شد رفراندوم برگزار نشود. به گفته‌ی احمد صدر حاج‌سیدجوادی وزیر وقت کشور، در سقز عناصر ضدانقلاب و افراطی با حمله به یک صندوق رأی در یک دبیرستان آن‌را که حاوی هزار برگ رأی مردم بود به آتش کشیدند. در کردستان هم همین نوع افراد بین کشاورزان تبلیغ می‌کردند که اگر برگ سبزی که روی آن «آری» نوشته شده‌است به صندوق بیندازید، یعنی اینکه اراضی شما را پس گرفته و به مالکین اصلی می‌دهند.
رأی‌گیری در تهران در مجموع با آرامش برگزار شد و توطئه‌ی یکی از عمال ساواک برای سرقت صندوق رأی در شعبه‌ی خیابان امیر اتابک و تیراندازی به پاسداران انقلاب در نارمک و تهران‌پارس نیز ناکام ماند.
در کنار این حوادث، روزنامه‌ها از شناسایی و دستگیری اعضای یک شبکه‌ی تروریستی بین‌المللی که قصد داشتند هم‌زمان با برگزاری رفراندوم در تهران و شهرستان‌ها دست به ترور و تخریب وسیع بزنند، نیز خبر دادند. از اعضای دستگیرشده‌ی این شبکه مقادیر زیادی لوازم جاسوسی و اسناد به‌دست آمد که به اعتراف آنها از طریق سازمان سیا ارسال شده بود. همچنین پاسداران کمیته‌های انقلاب موفق به توقیف یک کامیون 12 تنی شدند که در آن مقادیر زیادی اسلحه‌ی کمری، اسلحه‌ی ژ 3، یوزی، مواد منفجره، نارنجک، بمب پلاستیکی و فشنگ جاسازی و از زنجان به تهران فرستاده شده بود.
تلاش برای مختل‌کردن برگزاری رفراندوم حتی بعد از پایان رأی‌گیری و به بهانه‌های مختلف ادامه یافت. به نوشته‌ی صادق طباطبائی «گزارش‌هایی می‌رسید که گروه‌های ضدانقلاب، چریک‌های فدایی خلق و مجاهدین خلق(منافقین) اقداماتی کرده بودند و برگه‌ها را از بین برده بودند. حتی به اتومبیل هیئت حسن نیت و نمایندگان آقای طالقانی (در کردستان) حمله کرده بودند که خوشبختانه به آنها آسیبی نرسید. در سنندج اکیپی شامل شش پزشک و سه پرستار که برای مداوای مجروحین رفته بودند مورد حمله قرارگرفته و کشته شدند. یادم است درحالی‌که نتایج آراء را از نقاط مختلف دریافت می‌کردیم، اطلاع دادند که چریک‌های فدایی یا عده‌ای مسلح قصد دارند به ستاد انتخابات (وزارت کشور) حمله کنند. عده‌ای از کارکنان ترسیده بودند. من گفتم به‌نظر می‌رسد جنگ روانی باشد، ولی بالاخره حرکت مذبوحانه و بی‌ثمری انجام دادند. علی‌رغم آن شمارش آراء ادامه یافت.»
منبع: تاریخ تحولات سیاسی جمهوری اسلامی ایران، جلد اول، مرکز اسناد انقلاب اسلامی
