«امکان جذب منافقین در درون انقلاب اسلامی وجود داشت؟» «اگر به آن‌ها مسئولیت داده می‌شد، احتمالاً وارد فاز مسلحانه نمی‌شدند؟» این‌ها بخشی از گزینه‌هایی است که نه‌تنها از سوی منتقدان جمهوری اسلامی که بعضاً از سوی فعالان سیاسی داخل نیز مطرح می‌شود. بر اساس نظریه این افراد درصورتی‌که سیاست جذب حداکثری در دستور کار قرار می‌گرفت، منافقین وارد فاز مسلحانه نمی‌شدند. متأسفانه این گزاره‌ها بدون توجه به زمینه‌های تاریخی مطرح شده و همین مسئله سبب می‌شود تا عملکرد سازمان از پیروزی انقلاب اسلامی تا خرداد 1360 به‌خوبی تحلیل نشود. برخلاف اظهارنظر چنین افرادی برخوردهایی که نظام نوپای جمهوری اسلامی از ابتدای استقرار تا ورود منافقین به فاز مسلحانه داشت، نشان می‌دهد که جذب حداکثری و بخشیدن خطاها در صورت جبران همواره توسط رهبران انقلاب در خصوص سازمان منافقین دنبال می‌شده است. همین مسئله سبب شد تا با وجود مواضع تعرفه افکن و تنش‌زا سازمان منافقین و اعضای آن و من‌جمله مسعود رجوی اجازه ورود به عرضه انتخابات داده شود. از همین رو اعضای سازمان در انتخابات مجلس و خبرگان قانون اساسی شرکت کرده و فهرست‌هایی نیز ارائه کردند. بااین‌حال بعد از اعلام نتایج انتخابات و رأی نیاوردن اعضای سازمان مشخص شد که منافقین جایگاه بسیار ناچیزی در جامعه داشته و نباید هیاهوها و اردوکشی‌های خیابانی آن‌ها را به‌حساب پایگاه رأی آن‌ها محسوب کرد. درواقع منافقین در سال‌های ابتدایی انقلاب به‌جای اینکه از طریق سازوکارهای انتخاباتی و قانونی سعی کنند مسائل خود را حل کنند، همواره تلاش می‌کردند تا مسائل سیاسی را به کف خیابان‌ها آورده و با به‌کارگیری هواداران خود و ایجاد فضای رعب و وحشت خواسته‌های خود را به‌نظام تحمیل کنند. مسئله‌ای که البته با موضع‌گیری‌های به‌موقع امام خنثی شد.
به‌غیراز این بررسی، عملکرد و مبانی فکری سازمان تروریستی منافقین نشان می‌دهد که روندی که آن‌ها طی می‌کردند دیر یا زود به برخورد مسلحانه با انقلاب اسلامی منجر می‌شد. سازمان از قبل از انقلاب اسلامی استفاده از سلاح به‌منظور دستیابی به اهداف را ازجمله حقوق بدیهی خود می‌دانست. بااین‌حال سازمان بعد از پیروزی انقلاب و اعلام ضرورت تحویل سلاح‌ها توسط همه گروه‌ها از این مسئله نه‌تنها خودداری کرده بلکه سعی کرد تا با مخفی سازی سلاح‌هایی که در دوران پیروزی انقلاب به دست آورده بود، آن‌ها را برای زمان ضروری نگه‌داری کند. حال سؤال اینجاست سازمانی که قرار است وارد فاز سیاسی شده و فعالیت‌های خود را از طریق مشروع پیگیری کند، چگونه ممکن است که به افزایش ذخایر تسلیحاتی اقدام کند؟ آیا این مسئله غیرازاین است که سازمان دورنمایی از ورود به فاز مسلحانه و براندازی را در دستور کار قرار داده است. به غیر از این عملکرد سازمان در برخورد با منتقدان خود بعد از انقلاب و ترور شخصیتی آن‌ها نشان می‌دهد که منافقین اعتقاد داشتند که هدف وسیله را توجیه می‌کند، از این‌رو آن‌ها به‌هیچ‌عنوان حاضر به رعایت قواعد دموکراسی نبوده‌اند.
درنهایت اینکه بررسی مبنای فکری سازمان نشان می‌دهد که منافقین در تقسیم‌بندی‌هایی که از فعالان و گروه‌های سیاسی داشته‌اند به‌غیر از خودشان هیچ گروه و فردی را به‌عنوان سازمان مشروع نمی‌پذیرفتند. سازمان تصور می‌کرد که تنها گروهی که حق اداره جامعه را دارد، فقط خودش است. از این رو سایر گروه‌ها زمانی مشروعیت دارند که مواضع آن‌ها تائید کننده مواضع سازمان منافقین باشد. همچنین سازمان حق دارد، هر گروه و فردی را که منتقدش است را از صحنه سیاسی حذف کند. بدیهی است که از چنین تفکری نه‌تنها دموکراسی بیرون نمی‌آید، بلکه تلاش برای ایجاد حکومت رعب و وحشت به سبک خمرهای سرخ متصور می‌شود.
