اگر کارنامه گروهک منافقین را از ابتدای انقلاب تاکنون بررسی کنیم، متوجه می‌شویم همواره خیانت و وطن‌فروشی بخش جدایی‌ناپذیر این سازمان محسوب می‌شده است. منافقین چه آن زمان که «سعادتی» از اعضای مرکزی این سازمان به جرم جاسوسی برای شوروی بازداشت شد و چه اکنون‌که در خدمت آمریکا و رژیم صهیونیستی است، همیشه حفظ حیات خود را وابسته به خیانت به کشور کرده است. براین‌اساس سازمان در دوران دفاع مقدس درحالی‌که کشور درگیر دفع تجاوز رژیم بعث بود امکانات و نیروهای خود را برای ضربه‌زدن به جمهوری اسلامی در خدمت صدام قرار داد.
استقرار نیروها در کردستان و همکاری با گروه‌های تجزیه‌طلب در سال‌های ابتدایی دهه 60 اولین خیانتی بود که سازمان نسبت به کشور انجام داد. درحالی‌که صدام و تجزیه‌طلب‌ها حفظ تمامیت ارضی ایران اسلامی را هدف قرار داده بودند، گروهک منافقین بعد از ورود به فاز نظامی با سازمان‌های تجزیه‌طلب متحد می‌شود. بااین‌حال در سال63 که در عمل گروه‌های تجزیه‌طلب تا حد زیادی مهار می‌شوند، گروهک نزدیکی بیشتر به رژیم بعث را در دستور کار قرار داده و به نیروهای خود اعلام می‌کند به درون مرزهای عراق عقب‌نشینی کنند. در این زمان منافقین از طریق گزارش‌دادن مراکز مهم شهرهای مختلف ایران کمک می‌کرد تا بمباران‌هایی که عراق علیه این مناطق انجام می‌دهد خسارات و شهدای بیشتری داشته باشد. همچنین سازمان بعد از هر بمباران صدام گزارش میزان کشته‌ها و خسارات را به آن‌ها برای بررسی و بهبود عملکرد حمله‌های بعدی اعلام می‌کرد.
سازمان در همین زمان ترور افراد مؤثر در جنگ و یا رزمندگان را در دستور کار قرارمی‌دهد ازاین‌رو در سال 64 گروه‌های آموزش‌دیده توسط عراق را به‌منظور این کار به ایران می‌فرستد. هرچند بسیاری از این گروه‌ها شناسایی و افراد آن دستگیر شدند اما همین مسئله نشان می‌دهد در زمان جنگ سازمان تلاش داشته با به شهادت رساندن فرماندهان ایران خطوط دفاعی کشور را تضعیف کند. از دیگر خیانت‌های سازمان در دوران دفاع مقدس جاسوسی و انتقال اخبار عملیات به عراق بود، همین مسئله باعث شد تا تعداد زیادی از رزمندگان در عملیات کربلای 4 به شهادت برسند. این در حالی است که اگر منافقین چنین خیانتی نمی‌کردند انجام موفقیت‌آمیز عملیات کربلای 4 می‌توانست تأثیر زیادی بر تقویت مواضع ایران در جنگ داشته باشد.
از دیگر خیانت‌های سازمان منافقین تشکیل ارتش به اصلاح آزادی‌بخش ملی در سال 66 است. سازمان منافقین که تا پیش‌ازاین استراتژی جنگ شهری علیه جمهوری اسلامی را در پیش‌گرفته بود، زمانی که در عمل دید این استراتژی شکست‌خورده است در سال 65 رجوی رهبر این گروه به عراق رفته و در پادگانی که صدام در اختیار او قرار داده مستقر می‌شود. در این زمان سازمان نیروهای خود را به عراق منتقل کرده و با ایجاد ارتش آزادی‌بخش سعی می‌کند تا به‌صورت جنگ کلاسیک با جمهوری اسلامی مبارزه کند. سازمان بعد از اخذ کمک‌های مالی و نظامی از رژیم بعث سعی می‌کند تحرکات نظامی علیه ایران در مناطق جنگی انجام دهد برای همین در اوایل سال 67 به بعضی مواضع رزمندگان اسلام حمله می‌کند که البته در همه مواقع این حملات دفع می‌شود. بااین‌حال سرآمد این تحرکات و خوش‌خدمتی سازمان را می‌توان عملیات مرصاد دانست که در آن سعی کرد تا با حمله به ایران زمینه‌های اخذ امتیاز توسط صدام از ایران درزمانی پذیرش قطعنامه را فراهم کند. هرچند این عملیات شکست سختی خورد اما بعدازاین سازمان ارتش آزادی‌بخش خود را در خدمت صدام برای سرکوب داخلی قرارداد.
درنهایت اینکه مرور حوادث دوران دفاع مقدس بدون بررسی خیانت‌های منافقین امکان‌پذیر نیست. بررسی خیانت‌های منافقین در دوران دفاع مقدس به‌خوبی کمک می‌کند خوش‌خدمتی‌های این روزهای سازمان به رژیم‌های دیکتاتور منطقه مانند عربستان و همچنین آمریکا و رژیم صهیونیستی بهتر درک شود.
