آیت الله سید محمد خامنهای پسر مرحوم آیت الله سید جواد خامنهای و برادر بزرگتر حضرت آیت الله سید علی خامنهای رهبر جمهوری اسلامی ایران. ایشان طی سالهای 1329 تا 1324 شمسی در مشهد تحصیلات پایه حوزه علمیه را گذراند. سپس مابقی عمر را تا زمان اخذ درجه اجتهاد در قم سپری نموده و پس از آن نیز در زمینه فلسفه و عرفان به ادامه تحصیل پرداخته و در سال 1342 موفق به طی درجات عالیه تحصیلی (معادل دکتری) گردید.
آیت الله محمد خامنهای از اعضای شورای تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به فرمان امام خمینی (ره) در سال 1357 بود و در نگارش پیشنویس قانون اساسی نقش داشت. پیش از انقلاب، یعنی حدود سال 1354 موسسه تحقیقاتی حقوق اسلام را با سی نفر از طلاب و سرمایهگذارهای بازار راهاندازی کرد و قرار شد در آن، قوانین آینده برای کشور آماده شود. پس از آن وکیل دادگستری شد و در دادسرای انقلاب و مجلس خبرگان فعالیت داشت. ایشان پیشنویس طرح آزادسازی گروگان های آمریکایی در قرارداد الجزایر بین ایران و آمریکا را نیز نوشت. در حال حاضر نیز ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد.
سال ۱۳۶۰ از جمله سالهایی است که شخصیتهای زیادی در آن ترور شدند. در یکی از این ترورها، آیت الله سید محمد خامنهای در تاریخ 20 دی ماه 1360 که نمایندگی مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی را به عهده داشت طی عزیمت به مجلس مورد حمله تروریستی گروهک منافقین قرار گرفت. در این حادثه، وی بر اثر تیراندازی مهاجمان از ناحیه دست جراحاتی برداشت اما دو محافظ ایشان به شهادت رسیده و تروریست های مسلح با اتومبیل متواری شدند.
خبرنگار خبرگزاری جهمهوری اسلامی که بلافاصله در محل حادثه حاضر شده بود از وقوع حادثه این چنین گزارش کرده است:
تروریست های آمریکایی با یک اتومبیل بیوک راه را بر اتومبیل حامل آیت الله خامنهای بسته و از چند طرف به سوی نماینده مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی تیراندازی کردند که بر اثر آن دو پاسدار محافظ ایشان به شهادت رسیدند.
بر پایه همین گزارش آیت الله سید محمد خامنهای سپس در یک عکس العمل سریع به سوی مهاجمین تیراندازی نمود که بر اثر تیراندازی متقابل تروریست ها ار ناحیه دست جراحات مختصری برداشت.
گزارش خبرگزاری جمهوری اسلامی حاکیست بر اثر صدای تیراندازی، امت حزب الله تهران بلافاصله در صحنه حاضر شدند و منافقین با مشاهده مردم با بر جای گذاشتن اتومبیل بیوک که دزدی بوده است از محل حادثه گریختند. در این حادثه بر اثر تیراندازی منافقین به چند اتومبیل و تعدادی از منازل مسکونی خساراتی وارد آمده است. همچنین یک بمب که در محل حادثه کار گذاشته شده بود توسط ماموران خنثی شد.
همچنین برادر مقام معظم رهبری در گفتگویی که در بیمارستان با خبرگزاری جمهوری اسلامی داشته اند، در مورد وضعیت جسمانی خود گفت که بحمدالله ناراحتی ندارم و پزشکان معالج نیز معتقدند جای هیچ گونه نگرانی نیست.
ایشان همچنین در مورد انجام اینگونه تلاش های مذبوحانه عوامل آمریکا گفته اند: این اعمال از سوی کسانی صورت می گیرد که مخالف جمهوری اسلامی و پیشرفت آن هستند و هدف آنان از بین بردن افرادی است که در این راه انجام وظیفه می کنند.
