در آخرین ساعات روز سه شنبه، ۱۱اردیبهشت۱۳۵۸، فرقان به ترور متفکر بزرگ اسلامی و رئیس شورای انقلاب اقدام کرد. (استاد مرتضی مطهری نسبت به انحرافات فکری گروه‌های به ظاهر اسلامی حساسیت ویژه‌ای داشت و انحرافات آن‌ها را آشکار می‌کرد که همین موضوع موجب مخالفت شدید این گروه‌ها با ایشان شد. [ر. ک: خاطرات و مبارزات شهید محلاتی، ص۱۳۷]) ساعت ۱۰:۴۰ شب گروه تروریستی فرقان، آیت‌الله مطهری را در حال خروج از خانه دکتر سحابی در یکی از کوچه‌های خیابان فخرآباد تهران بود، هدف قرار داد. به ادعای یکی از همسایه‌ها که بعد از شنیدن صدای تیر از پنجره منزل خویش کوچه را دیده بود، تروریست‌ها با یک پیکان استیشن سفید رنگ، محل فاجعه را ترک کردند.
جوانی که با اتومبیل خود از خیابان فخرآباد عبور می‌کرد، پیکر خون‌آلود استاد مطهری را به بیمارستان طرفه رسانید؛ ولی به علت وخامت حال ایشان شوک الکتریکی مؤثر واقع نشد و استاد به درجه شهادت نائل آمد. هم‌زمان با انتقال ایشان به بیمارستان، تنی چند از وزرای کابینه دولت بازرگان خود را به بیمارستان رساندند که موفق به عیادت ایشان نشدند. (همان، ص ۲)
در کنار پیکر ایشان در محل ترور تعدادی اعلامیه گروه فرقان پیدا شد که نشان می‌داد این ترور نیز کار گروه فرقان است. البته یک ساعت بعد از نیمه شب، فرد نا‌شناسی به روزنامه اطلاعات زنگ زد و ادعا کرد که از سوی گروه فرقان زنگ می‌زند او گفت گروه فرقان مسئولیت ترور مطهری را می‌پذیرد.
این شخص که از استاد مطهری به عنوان رئیس شورای انقلاب نام برد، گفت: «ما مطهری، رئیس شورای انقلاب را کشتیم و گروه فرقان در نظر دارد در آینده نیز چند تن از شخصیت‌های سیاسی و مذهبی را ترور کند.» (همان)
امام خمینی، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی که عمیقاً از این فاجعه متأثر بودند با ارسال پیامی جایگاه علمی و اجتماعی استاد مطهری را تشریح کردند. این پیام نقش بسیار بزرگی در شناساندن ایشان به نسل انقلاب و نسل‌های بعدی داشت. همچنین به مناسبت این رویداد، دولت روز پنجشنبه را هماهنگ با عزای عمومی اعلام شده از سوی امام، تعطیل اعلام کرد:
«ضمن تأثر شدید از شهادت استاد آیت‌الله مطهری که در ساعت 10:40 شب سه‌شنبه، یازده اردیبهشت ماه جاری در تهران رخ داده است و با محکوم ساختن ترور و توطئه خائنانه ضدانقلاب، بدین وسیله برای رحمت و احترام مقام خدمات آن شهید روز پنجشنبه 13اردیبهشت تعطیل عمومی اعلام می‌شود.
دولت موقت جمهوری اسلامی» (همان، ص ۱)
مراسم تشییع و خاکسپاری
مراسم تشییع پیکر استاد مطهری، صبح روز پنجشنبه از محل دانشگاه تهران و با حضور میلیونی مردم برگزار شد. حضور با شکوه مردم در داخل دانشگاه از ساعت ۶ صبح آغاز و به تدریج بر انبوه جمعیت عزادار افزوده شد.
حجت‌الاسلام علی‌اکبر حمیدزاده در این مراسم سخنانی در تکریم شخصیت استاد مطهری بیان کرد، سپس جنازه با حضور مهندس بازرگان، نخست‌وزیر دولت موقت، تنی چند از وزرا و خانواده استاد شهید مشایعت شد. تشییع جنازه شهید مطهری تا خیابان ولی‌عصر ادامه داشت و از آنجا برای خاکسپاری به شهر مقدس قم منتقل شد.
ساعت 2:30 بعدازظهر پیکر استاد مطهری وارد قم شد. به دلیل ازدحام غیر قابل تصور جمعیت که از شهرهای اطراف خود را به قم رسانده بودند، حمل جنازه از میدان امام خمینی تا حرم مطهر 3ساعت به طول انجامید. مرحوم آیت‌الله العظمی سید محمدرضا گلپایگانی و هزاران مشتاق عزادار، بر پیکر مطهر او نماز خواندند و سپس در میان حزن و اندوه، پیکر استاد شهید در شبستان بالای سر حرم‌مطهر حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.
