دهه اول پس از پیروزی انقلاب اسلامی دهۀ تحولات مهم و حساسی بود. این دوران با تهاجم نظامی دشمنان خارجی و دسیسه‌های دشمنان داخلی شروع شد و تا اواخر دهۀ 60 با شدت و با هدف تضعیف جمهوری اسلامی ادامه یافت. رژیم بعث عراق از خارج و گروه‌های تروریستی و تجزیه‌طلب تلاش کردند از داخل کشور تهدیداتی را علیه این انقلاب نوپا ایجاد کنند.
درست در زمانی که ارتش بعث صدام به مرزهای ایران تجاوز کرده و شهرهای مرزی کشور را زیر آتش خود گرفته بود، گروه‌های تروریستی با سوءاستفاده از فضای ملتهب داخلی دست به تحرکات و اقدامات تروریستی زدند. گروهک منافقین (مجاهدین خلق) که در صدر این گروهک‌ها قرار داشت ابتدا در 30خرداد60 با لشکرکشی خیابانی قصد داشت با ایجاد جنگ داخلی، نظام را سرنگون کند که ظرف چند ساعت به طور مطلق شکست خورد و به اقدامات مخفیانه و ترورهای مسئولان و مردم روی آورد. شهادت رئیس دیوان عالی کشور، تعدادی از وزرا، نمایندگان مجلس، ائمه جمعه، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر و افراد تأثیرگذار در بدنۀ نظام و سرانجام ترور مردم و شهروندان عادی و حتی هر فردی که ولو به‌ظاهر طرفدار نظام و انقلاب بود ازجمله جنایات منافقین در سال‌های ابتدایی دهه 60 بود.
ترورهای کور و گسترده منافقین، این سازمان را به آنچه در سر می‌پروراند نرساند و رجوی به این جمع‌بندی رسید که ترورها عملاً نتوانسته خللی در مسیر انقلاب مردمی ایران ایجاد کند و سازمان برای بقای خود باید دست به تغییر اساسی در استراتژی بزند. از همین رو، منافقین رسماً محل استقرار نیروهای خود را؛ که پس از شکست در ایران به فرانسه و دیگر مناطق اروپایی متواری شده بودند، به عراق تغییر داد و به دشمن بعثی پیوست.
همکاری علنی با صدام، فصلی جدید برای این سازمان رقم زد. منافقین که با ترورها و ناآرامی‌های گسترده در شهرهای ایران تبدیل به منفورترین گروه در ایران شده بودند با قرارگرفتن در کنار صدام، خیانت‌هایی را علیه ملت ایران رقم زدند که کمتر گروهی در دنیا حاضر می‌شود علیه هم‌وطنان خود انجام دهد.
جنایت‌ها و خیانت‌های منافقین از زمان پیوستن به صدام تا پایان جنگ تحمیلی را می‌توان به دو دستۀ کلی عملیات‌های جاسوسی و چریکی تقسیم کرد. از آنجایی که منافقین، سابقا ایرانی بودند و زبان فارسی را به‌خوبی صحبت می‌کردند، در حوزه جاسوسی خدمات بیشماری به ارتش بعثی ارائه دادند که از مهم‌ترین آنها می‌توان به ایفای نقش ستون‌پنجمی آنها اشاره کرد. منافقین به جمع‌آوری و انتقال اطلاعات به ارتش بعثی می‌پرداختند و همچنین اطلاعات مهمی از تاسیسات نظامی و اقتصادی کشور را به آنها ارائه می‌کردند. شنود بیسیم جبهه‌ها و تخلیه تلفنی از دیگر خیانت‌های منافقین بود که می‌توان از آن به‌عنوان اصلی‌ترین منبع اطلاعاتی ارتش بعثی یاد کرد.
یکی دیگر از اقدامات سازمان در دوران جنگ تحمیلی، تحرکات گستردۀ آنها در بین اسرای ایرانی بود. منافقین از طریق رزمندگان ایرانی که به اسارت ارتش بعثی در آمده بودند نیز به کسب اطلاعات برای ارتش بعثی اقدام می‌کردند. اعضای این گروه تروریستی با تسلط به زبان فارسی در تخلیه اطلاعاتی اسرا بهتر از نیروهای عراقی عمل می‌كردند. در موارد بسیاری از خاطرات اسرا آمده که حتی منافقین به‌طور مستقیم در شکنجۀ اسرا نقش داشتند تا از این طریق اخبار و اطلاعاتشان را تخلیه و به سرویس اطلاعاتی ارتش عراق ارائه کنند.
گستاخانه‌ترین اقدام سازمان منافقین در دوران جنگ تحمیلی حملات نظامی به مرزهای ایران بود که در 3مرداد1367 به اوج خود رسید. پس از قبول قطعنامه 598 از سوی ایران، منافقین بار دیگر در تحلیلی غلط، ایران را در شرایط بحرانی و «رو به اضمحلال» تحلیل کردند و دست به عملیاتی زدند که از دید بسیاری از کارشناسان نظامی بیشتر شبیه به یک خودکشی بود تا یک عملیات منسجم نظامی. منافقین در این مقطع با استعداد 4 تا 5 هزار نفر و تجهیزاتی که از ارتش صدام دریافت کرده بودند از مرزهای غربی وارد کشور شدند. طرح عملیاتی منافقین به این شکل بود که پس از عبور از مرز قصرشیرین و با سرعت از مرز قصر شیرین وارد کشور شده و در نهایت پایتخت را تسخیر کنند.
پیشروی هم‌زمان ارتش بعثی به سمت خرمشهر و اهواز، توجه رزمندگان را به سمت جبهه‌های جنوب معطوف کرده بود. غافلگیری رزمندگان ایران و مشغول شدن در مرزهای جنوب غربی باعث پیشروی منافقین از قصرشیرین تا کرندغرب و اسلام‌آباد غرب شد. تعدادی از نیروهای منافقین در شهر مستقر شده و جنایات فراوانی را رقم زدند که معروف‌ترین آن آتش‌زدن بیمارستان امام خمینی در این شهر و زنده سوزاندن مجروحین و نوزادان در این بیمارستان بود. سایر یگان های منافقین بدون وقفه به سوی کرمانشاه حرکت کردند؛ ولی با انسجام نیروهای ایرانی در تنگۀ چهارزبر پیش از رسیدن به کرمانشاه زمین‌گیر شدند. رزمنده‌های ایرانی روز پنجم مرداد عملیات مرصاد را با رمز یا علی بن ابیطالب (ع) آغاز کردند و با استقرار در ارتفاعات چهارزبر جلوی پیشروی ستون منافقین را گرفته و تلفات سنگینی بر آنها وارد و آنها را مجبور به عقب‌نشینی کردند.
فروغ جاویدان منافقین نتیجه‌ای جز شکست در برابر مردم ایران نداشت. دنیا هم آموخت که منافقین صرفاً یک سازمان تروریستی نیست بلکه مزدوری خیانت‌کار است که در جنایت و خیانت حد و مرزی نمی‌شناسد.
