با شدت گرفتن فعالیتهای سازمان منافقین در راستای جمع آوری اسلحه و مهمات و همچنین آموزش نظامی به نیروهای خود، حضرت امام خمینی(ره) که به فراصت احتمال انجام توطئه ای را از جانب سران منافقین محتمل می دانستند، در روز دهم ارديبهشت 1360، طي سخناني به گروه هاي مسلح و از جمله سازمان هشدار داد تا اسلحه را كنار گذاشته و به آغوش ملت باز گردند:
«اينها اشتباه مي كنند، اگر اينها به ملت برگردند كه براي خودشان صلاح است و اگر به اين امر (تشنج آفريني) ادامه بدهند يك روز در پيش است كه پشيماني ديگر سودي ندارد و آن روزي است كه به ملت تكليف شود، تكليف شرعي الهي به مقابله با اينها و تكليف آخري نسبت به اينها تعيين شود... شما چيزي نيستيد كه بتوانيد در مقابل اين موج خروشان انسان هاي بپا خاسته مقاومت كنيد. پس صلاح شما و صلاح ملت و صلاح همه اين است كه اسلحه ها را زمين بگذاريد و از اين شيطنت ها دست برداريد و به آغوش ملت برگرديد .»
البته سران سازمان در واکنش به این بیانات حضرت امام خمینی(ره)، نامه ای منتشر کرده و در آن بدون پذيرش موضوع خلع سلاح، از موضع مظلوم و حق به جانب و در عين حال مدعي قدرت، خطاب به امام اينگونه به تهديد برخاسته بود:
«... بي گمان شما در هر موقعيتي كه مقتضي بدانيد تكليف نهايي مورد اشاره در سخنان ده ارديبهشت را مقرر خواهيد فرمود، ليكن ما باز هم به عنوان انقلابيون يكتا پرست به عرض مي رسانيم... تا وقتي راههاي مسالمت آميز ابراز عقيده و فعاليت انقلابي مطلقاً مسدود نشده و به اصطلاح حجت تمان نگرديده است، تلاش خواهيم نمود از عكس العمل هاي خشونت بار و قهر آميز بپرهيزيم... در برابر تكليفي كه گوشزد فرموديد چه چاره اي جز نوشتن و تقديم وصيت نامه ها باقي مي ماند؟»
بنابراین حضرت امام خميني(ره) در سخنراني مورخ 21 ارديبهشت 60 در پاسخ به نامه سازمان كه در واقع آخرين اتمام حجت ها با سازمان محسوب مي شد، یک بار دیگر خواستار کنار گذاشتن اسلحه از جانب آنها و بازگشت به آغوش ملت شدند:
«آنهايي كه اين طور با قلم هايشان علاوه بر تفنگ هايشان با ما معارضه دارند، به آنها كراراً گفته ايم و حالا هم مي گوييم كه مادامي كه شما تفنگ ها را در مقابل ملت كشيده ايد، يعني در مقابل اسلام با اسلحه قيام كرده ايد، نمي توانيم صحبت كنيم و مجلسي با هم داشته باشيم.
شما اسلحه ها را زمين بگذاريد و به دامن اسلام برگرديد، اسلام شما را مي پذيرد... در آن نوشته اي كه نوشتيد، در عين حالي كه اظهار مظلوميت هاي زياد كرده ايد، ليكن باز ناشي گري كرديد و تهديد به قيام مسلحانه كرديد. ما چه طور با كساني كه مي خواهند بر ضد اسلام قيام مسلحانه بكنند مي توانيم تفاهم كنيم؟
... اسلام دين رحمت است، دين عدل است، ديانت قانون است. شما به قوانين اسلام سر بگذاريد، گردن فرو بياوريد، كشور اسلامي همه شما را مي پذيرد... و من هم كه يك طلبه هستم با شما حاضرم كه در يك جلسه، نه در يك جلسه در دهها جلسه با شما بنشينم و صحبت كنم... و من اگر يك در هزار احتمال مي دادم كه شما دست برداريد از آن كارهايي كه مي خواهيد انجام بدهيد، حاضر بودم كه با شما تفاهم كنم و من پيش شما بيايم، لازم هم نبود شما پيش من بياييد.
و حالا هم به موجب احكام اسلام به شما نصيحت مي كنم، شما در مقابل اين سيل خروشان ملت نمي توانيد كاري انجام بدهيد... برگرديد به دامن اسلام... دست برداريد از قيام مسلحانه... مادامي كه اسلحه در دست شماست... تهديد به قيام مي كنيد، ما نمي توانيم از شما اين طور مسائل را قبول كنيم.»
اما همانگونه که تاریخ روایت می کند این منافقین کوردل نخواستند یا نتوانستند به ندای حضرت امام لبیک گفته و خود را از منجلاب تباهی و نفاق رهایی بخشند. آنان با شورش مسلحانه خود در 30 خرداد سال 60، در واقع تمام راههای مسالمت آمیزی را که حضرت امام پیش پای آنها گذارده بود کنار زدند و سرانجام شکست و مذلت را برای خود خریدند. البته حضرت امام خميني(ره) به مثابه پدر بزرگوار برای انقلاب و ملت، باز هم علیرغم تندی¬ها و بی خردی ها و حرکات منافقانه این گروهک باز هم در ديدار با اقشار مختلف مردم در اول تيرماه 1360 ضمن اشاره به وقايع 30 خرداد و تجليل از حضور ملت در صحنه دفاع از انقلاب، هواداران سازمان را به تفكر و توبه و جدايي از آشوبگران دعوت می نماید:
«... به اين جوان هاي گول خورده اي كه از چند نفر گرگ گول خورده اند، نصيحت مي كنم... توجه داشته باشيد اين امري كه دو روز پيش (30 خرداد) اتفاق افتاد اين را مطالعه كنيد، ببينيد چه بود؟... شما كه بازي خورديد و سران جنايتكار منافقين شما را بازي دادند و خودشان در پناهگاهها نشستند و شما را به خيابان آوردند و آن غائله اسفناك را به دست شما به بار آوردند. اعلام قيام مسلحانه در مقابل كيست؟
اعلام قيام مسلحانه در مقابل ملتي است كه قريب بيست سال و اخيراً دو سال، خون خودش را داده و دست آمريكا و بلوك او را و شوروي و بلوك او را از اين كشور كوتاه كرده است... كراراً من به بني صدر گفتم كه بيا و از اين گروهك هاي فاسد، از اين منافقين، تبري كن، حيثيت خودت را از دست نده، برو در ملأ عام و اينها را از خود بران. اينها تو را به تباهي مي كشند...
من خير اين گروهها را مي خواهم، اگر اين گروهك ها دست بردارند و در مقابل اسلام و كشور اسلامي قيام نكنند و آنهايي كه قيام كرده اند توجه كنند و برگردند به دامن اسلام... جوان ها و دخترها و پسرهاي عزيز ما گول اينها را نخورند. از دامن اينها فرار كنند و به آغوش اسلام برگردند...
آن آقا (بني صدر) كه من كراراً به او گفتم كه حسابت را از اين منافقين جدا كن و اعلان كن به اين كه شماها (منافقين) از اسلام نيستيد و شماها به من ارتباط نداريد، نپذيرفت و ديد آنچه ديد و من اميدوارم كه توبه كند... براي همه كس هر كار بكند، باز جاي توبه هست، در توبه باز است، رحمت خدا واسع است.»
این سخنان رهبر الهی انقلاب اسلامی هر چند تعدادی از این افراد را از ادامه مسیر تباهی بازداشت، اما هنوز بودند منافقانی که به اتکای تحلیل های پوچ و توهم قدرت سازمان، چند صباحی دیگر در برابر نظام اسلامی و مردم جبهه گرفتند تا با انجام عملیاتهای تروریستی و منافقانه، بر پلیدی کارنامه خود بیافزایند. و همچون قوم غضب شده یهود، سالها دربه دری و مزدوری را به خاطر زندگی نکبت بار خود، تحمل کنند. و این همان وعده خداوند در عذاب منافقان است که هیچ گاه این مزدوران منافق از آن رهایی ندارند.
