سال 1360 با شیب نسبتاً تندی از حوادث و اتفاقات تلخ شروع شد و این وقایع تا ماه‌ها ادامه پیدا کرد. فروردین تا خرداد سال 60 در هر شهر و روستای کوچک و بزرگی هواداران گروهک‌های ضدانقلاب نظیر مجاهدین خلق (منافقین)، حزب توده، چریک‌های فدایی خلق و بسیاری گروهک‌های ریز و درشت دیگر در هواداری از ابوالحسن بنی‌صدر که به سمت تقابل مستقیم با امام و انقلاب پیش می‌رفت و دشمنی خود را هر روز علنی‌تر می‌کرد، با مردم و نیروهای انتظامی درگیر می‌شدند که ماحصل این درگیری‌ها که حتی برای یک روز متوقف نشد، خسارات فراوان به اموال عمومی، ده‌ها شهید و مجروح از مردم و نیروهای انتظامی و تعداد زیادی کشته و زخمی از هواداران گروهک‌ها بود که دست به سلاح سرد و گرم برده بودند.
پس از عزل بنی‌صدر توسط نمایندگان مردم در مجلس شورای اسلامی، منافقین به‌طور آشکار دست به سلاح برده و در عمل با مردم ایران وارد جنگ مسلحانه شدند. انفجار در دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی و انفجار در دفتر نخست‌وزیری تنها دو واقعۀ شناخته‌شده است که از این جنگ مسلحانه به‌خاطر داریم اما بی‌شمار وقایع کوچک و بزرگ دیگری در تمام کشور رخ داد که کمتر از آن‌ها یاد می‌شود. هدف این اقدامات تروریستی نه‌تنها وزرا، نمایندگان مجلس، استانداران و شهرداران و مسئولان کشوری و لشکری، که تمام اقشار مردم بودند و در این میان از خادم مسجد، سرایدار مدرسه و کارمند ساده دولت تا معلم و نانوا و دانش‌آموز و طلبه و جوشکار و بقال و زن و کودک و پیر و جوان آماج حملات تروریستی قرار گرفته و به شهادت رسیدند.
خانه‌های تیمی منافقین، کانون اصلی هدایت این جنایات بود و نیروهای امنیتی می‌بایست برای فرونشاندن غائله، افعی تروریسم را از سرِ آن مورد هدف قرار می دادند. به همین منظور، اقدامات نهادهای انتظامی، امنیتی و قضایی، نظام‌مند و سازمان‌یافته شد. فعالیت‌های اطلاعاتی علیه گروه‌های محارب انسجام پیدا کرد و برخورد با تروریسم به سرعت در دستور کار قرار گرفت و از این زمان به بعد، منافقین که تا آن مقطع زمانی توانسته بودند کشور را متحمل خسارات سنگین و جبران‌ناپذیری کنند با هماهنگ‌شدن اقدامات ارگان‌های انقلابی در مسیر افول قرار گرفتند و نیروهای واحد اطلاعات سپاه پاسداران، کمیته انقلاب اسلامی و گروه ضربت دادستانی انقلاب از اواسط سال 1360 در وضعیتی کاملاً هماهنگ، معادلات و محاسبات این گروهک و حامیان خارجی آن را بر هم زدند.
اولین ضربات اساسی به گروهک‌ها با کشف خانه‌های تیمی بزرگی در تهران، مشهد، اصفهان، شیراز و اهواز که مرکز اجتماعات مخفیانه، انبار مهمات و لجستیک و چاپخانه‌های مخفیانه آن‌ها بود وارد آمد. مهر و آبان سال 60، روزانه چندین خانۀ تیمی منافقین در سراسر کشور کشف می‌شد و تعدادی از عناصر تروریست در درگیری‌های مسلحانه کوچک و بزرگ کشته و تعدادی از عناصر شناخته شده گروهک‌ها که در ترورها و خرابکاری‌ها نقش محوری داشتند دستگیر می‌شدند. این ضربات ادامه پیدا کرد تا اینکه در 19 بهمن ماه 60 بزرگترین و اساسی‌ترین ضربه به تشکیلات ترور منافقین در داخل کشور وارد آمد و با کشف و انهدام یک خانه تیمی در منطقه زعفرانیه تهران که مخفیگاه موسی خیابانی؛ نفر اول منافقین در تشکیلات داخل کشور بود، روزبه‌روز از حجم حملات تروریستی کاسته شد. عملیات‌های تروریستی سال 61 به بعد از لحاظ شکل و تعداد شهدا وحشیانه‌تر بود و معمولا به صورت انفجارهای بزرگ در مراکز تجمع مردمی در تهران و چند شهر دیگر انجام می‌گرفت اما تعداد آن هر روز کاهش پیدا کرد و پس از مدتی التهاب، شرایط امنیتی کشور آرام شد.
