از ابتدای انقلاب اسلامی تاکنون گروهک تروریستی منافقین همواره مدعی بوده که فعالیت این سازمان سبب تسریع و به ثمر رسیدن انقلاب شده است و حتی پا را فراتر از این گذاشته و می‌گویند اگر فعالیت‌های آن‌ها نبود،چه‌بسا انقلابی در ایران رخ نمی‌داد. بااین‌حال مروری بر تاریخ تحولات این گروهک در سال‌های منتهی به انقلاب اسلامی نشان می‌دهد که این ادعای آن‌ها بی‌اساس است.
هرچند گروهک منافقین بعد از ضربه شهریور 1350 سعی کرد خود را دوباره بازسازی و با ترور مسئولان و بمب‌گذاری در برخی مراکز حساس به فعالیت خود ادامه دهد، بااین‌حال تغییر رسمی ایدئولوژی منافقین در سال 1354 و پذیرش هویت مارکسیستی و ضربات ساواک در سال 1355 در عمل سبب شد تا منافقین زمین‌گیر شوند. درواقع سازمان منافقین که از ابتدای فعالیت به دلیل تظاهر به مذهب توانسته بود، نظر برخی از مبارزان مذهبی را جلب کند، در سال 1354 و با اعلام مارکسیستی شدن از سوی مذهبی‌ها طرد گردید. جالب اینجاست که در همین زمان خلاف تصور افرادی مانند تقی شهرام، این تغییر ایدئولوژی نه‌تنها با استقبال سازمان‌های مارکسیستی مواجه نشد، بلکه با واکنش منفی آن‌ها روبرو شد.چریک‌های فدایی خلق، این اقدام منافقین را حرکتی در راستای تضعیف مبارزه و به نفع رژیم پهلوی ارزیابی می‌کردند. تغییر ایدئولوژی سبب شد تا در عمل چنددستگی بین آن‌ها ایجادشده و هر بخش خودش را وارث راستین رهبران اولیه بداند. به‌عنوان‌مثال در سال 1355، در بیرون از زندان، تقی شهرام مدعی رهبری سازمان بود. در زندان مسعود رجوی دور خودش افرادی را جمع کرده و ادعای رهبری داشت. در همان زمان لطف‌الله میثمی هم سعی می‌کرد تا خط و خطوط دیگری در پیش‌گرفته و افرادی که حاضر به همکاری با مارکسیست‌ها و رجوی نبودند را به دور خود جمع کند. افراد زندانی این گروهک در مشهد و شیراز نیز هرکدام ساز خود را می‌زدند و به‌شدت درگیر اختلاف با جناح مذهبی سازمان بودند.
محمد محمدی(گرگانی) نیز در روایت‌های خود از زندان، اشاره به اختلافات برخی اعضای سازمان با رجوی کرده و می‌گوید که او سعی می‌کرده تا با استراتژی‌هایی مانند انزوای مخالفان و بایکوت آن‌ها صدای مخالفان خود را در سازمان خفه کند. محمدی با اشاره به تغییر ایدئولوژی سازمان نشان می‌گوید که همین مسئله سبب افت شدید جایگاه منافقین در بین مذهبی‌ها شده بود.
در میان این اختلافات، ساواک توانست در سال 1355 ضربات سهمگینی به منافقین بزند، به‌طوری‌که این گروهک در این سال برای بقای خود، تز انحلال موقت تشکیلات را ارائه داد. بر اساس این تز برای روشن شدن علل و منشأ ضربات وارده به سازمان و لو رفتن خانه‌های تشکیلاتی، باید اعضا و افراد عادی سازمان را حفظ کرد. ازاین‌رو باید به‌جز برخی از فعالیت‌های ضروری، بقیه تشکیلات که عمدتاً شامل جمع‌های درجه‌دو و افراد مبتدی می‌شدند را موقتاً منحل و افراد را پراکنده کرد. در سال 1356 سازمان پا را از این فراتر گذاشت و تز رکود تقی شهرام در خارج از زندان پذیرفته شد. بر اساس این تز همان‌طور که در روسیه در دوران 1907تا 1917 شرایط انقلابی از بین رفته بود، در ایران آن زمان نیز شرایط انقلاب وجود نداشت و باید سازمان خود را با شرایطی که کشور موقعیت انقلابی ندارد، هماهنگ کند.
هرچند گروهک منافقین سعی داشت که با این اقدامات موجودیت خود را حفظ کند، اما در عمل این مسئله محقق نشد و از زمستان 1356 تا پاییز 1357 و درست در زمانی که جامعه ایران درگیر قیام شده بود، بخش زیادی از انرژی سازمان صرف درگیری‌های داخلی گردید. به‌عنوان‌مثال در مهرماه 1357 گروهک منافقین با صدور اطلاعیه‌ای سعی کرد تا وضعیت خود و رهبری سازمان و موضع‌گیری‌هایش را در راستای حل مشکلات هویتی خود شفاف کند. این مسئله نشان می‌دهد که منافقین در فاصله چند ماه مانده به انقلاب اسلامی به‌قدری درگیر بحران هویت بوده که در عمل امکان تأثیرگذاری بر روند انقلاب را نداشته است.
درنهایت حوادث تاریخی نشان می‌دهد که اعضای منافقین در دی‌ماه 1357 و زمانی که در عمل روند انقلاب شتاب گرفته بود، از زندان آزاد شدند. این افراد بعد از آزادی از زندان شاهد ایجاد جنبشی بزرگ و مردمی به رهبری امام خمینی(ره) بودند. در چنین شرایطی آن‌ها برای عقب نماندن از قافله انقلاب چاره کار را همراهی ظاهری با مردم و تظاهر به پذیرش رهبریت دینی انقلاب دیدند. بااین‌حال در همین مدت نیز با وجود تمام سعی‌هایی که برای پنهان کردن اهداف نفاق گونه خود می‌کردند در برخی از موضع‌گیری‌ها، ماهیت خود را برملا می‌کردند. به‌عنوان‌مثال به فاصله چند روز بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، رجوی در مصاحبه‌ای مدعی می‌شود که انقلاب ما ناقص است. بسیاری از تحلیل‌گران براین باورند که مقصود او این بوده که تا زمانی که گروهک منافقین تمام قدرت را قبضه نکند، انقلاب کامل نمی‌شود.
