مواضع شهید کچویی درباره سازمان مجاهدین خلق(منافقین)
منبع: مرکز اسناد انقلاب اسلامیپیش از انقلاب، تعدادی از روحانیان در زندان به نجاست مارکسیست‌ها فتوا داده بودند و به زندانیان مسلمان امر کرده‌بودند که از مارکسیست‌ها فاصله بگیرند. محمد کچوئی هم بر اساس این فتوا اعضای احزاب مارکسیستی را نجس می‌دانست و با نزدیکی مجاهدین به آن‌ها مخالف بود. همین طرز فکر باعث شده بود که برخی زندانیان (از جمله برخی اعضای سازمان مجاهدین خلق) او را بایکوت کنند.
او در وصیت نامه خود نوشته بود: این مطلب را هم لازم می‌دانم در وصیت‌نامه خود بنویسم که با توجه به اینکه خیلی‌ها با مرام‌های مختلف ادعای حق بودن را دارند ولکن حق یک چیز بیشتر نیست و به نظر من اختلاف سر معیار‌ها می‌باشد و برای من که معیارم قرآن و پیغمبر و ائمه و ولایت فقیه و در حال حاضر امام خمینی می‌باشد و جز این حق نمی‌باشد و شدیداً معتقدم که مجاهدین خلق با توجه به معیارهای باطلی که دارند ناحق‌ترین و باطل‌ترین گروه‌ها هستند. اگر هدایت شدنی هستند خداوند آن‌ها را هدایت کند وگرنه نابود کند و معتقدم بد‌ترین دشمن در حال حاضر برای جمهوری اسلامی که حاصل خون بیش از ۷۰ هزار شهید می‌باشد همین مجاهدین هستند.
رویارویی با نفاق
وجه تمایز عمده گروهک فرقان با گروهک مجاهدین خلق موضوع نفاق بود. به تعبیر برخی از همرزمان این شهید از نگاه او نفاق در میان گروهک فرقان ریشه ندوانیده بود و از این رو در مواجهه با حقیقت آن را می‌پذیرفتند اما منافقین که ریشه نفاقشان به سالهای قبل از انقلاب بازمی گشت و اقامه نماز بدون اعتقاد آن‌ها برای حفظ منافع مادیشان در خاطر کچویی باقی بود، شرایط جدیدی را پدید آورد.
او در ۲۶آبان ۱۳۵۹، در وصیت نامه خود نوشته است: «شدیداً معتقدم که مجاهدین خلق با توجه به معیارهای باطلی که دارند، ناحق‌ترین و باطل‌ترین گروه‌ها هستند. اگر هدایت شدنی هستند خداوند آن‌ها را هدایت کند؛ وگرنه نابود کند و معتقدم بد‌ترین دشمن در حال حاضر برای جمهوری اسلامی که حاصل خون بیش از ۷۰ هزار شهید می‌باشد همین مجاهدین هستند».
این دیدگاه او که ناشی از پختگی و تجارب حاصل از مواجهه قبلی با آن‌ها بود، به زودی رخ نمود و سازمان به رغم تمام تلاشهای قانونی برای خلع سلاح اعضایش به این امر تن نداد و در ادامه درگیری‌ها بعد از دستگیری سعادتی و اختلافات بعدی همچون درگیری‌های ناشی از حمایت از بنی صدر با مردم، در ۳۰ خردادماه ۱۳۶۰ اعلام جنگ مسلحانه نمود و گمان می‌کرد که با استقبال عمومی روبرو خواهد گردید، اما با حضور امت حزب الله به شکست انجامید.
با این شکست سازمان رویکرد جدیدی برگزید که با ترور آیت الله خامنه‌ای امام جمعه تهران که به افشای چهره حقیقی آن‌ها پرداخته بود آغاز و انفجار ۷ تیر تکمیل شد که در آن، آیت الله دکتر بهشتی و ۷۲ تن از یاران نظام و انقلاب به خاک و خون کشیده شدند.
این اقدام پیش‌تر توسط رابطین سازمان همچون کاظم افجه‌ای به اطلاع اعضای زندانی آن رسیده بود، و برنامه ریزی شورش در داخل زندان به مدیریت محمد رضا سعادتی نفر دوم سازمان ابلاغ شده بود. سعادتی با نام مستعار سیکو در روزهای نخست انقلاب در حال تحویل اسناد محرمانه به دیپلماتهای شوروی دستگیر و به حبس محکوم شده بود و در زندان اوین بسر می‌برد.
