پس از حضور منافقين خلق در عراق، صدام‌حسين به اين گروه تروريستي حفاظت، پول، سلاح، مهمات، خودرو، تانك، تعليمات نظامي و حق استفاده از زمين (ولي نه مالكيت) اعطا كرد.
منافقين در برابر حمايت‌هاي صدام، خدماتي چون دادن اطلاعات درخصوص جمهوري اسلامي، خدمات بازجويي، ترجمه و كمك‌هاي مستقيم نظامي عرضه مي‌كرد، اين گروه تروريستي چندين حمله در طول مرز به داخل ايران انجام داد و با نيروهاي نظامي و سپاه پاسداران انقلاب اسلامي ايران درگير شد. از جمله اسنادي که همکاري نزديک سازمان مجاهدين خلق با سازمان اطلاعاتي رژيم صدام را فاش مي‌سازند، گزارش سال 2004(1383) آژانس اطلاعات مرکزي ايالات متحده (سيا) و هم‌چنين گزارش فدراسيون دانشمندان آمريکايي مي‌باشد که در ادامه به آنچه که در اين گزارشات در مورد مجاهدين خلق افشا شده، اشاره مي‌گردد.
بنابر اين گزارشات، سازمان اطلاعاتي رژيم صدام متشکل از چندين بخش بوده است. يکي از بزرگ‌ترين و مهم‌ترين اين بخش‌ها که تحت نام دايره 14 (عمليات ويژه) فعاليت مي‌نموده مسئوليت انجام سري‌ترين و مهم‌ترين عمليات‌هاي خارج از کشور عراق را بر عهده داشته است. هم‌چنين تلاش براي ترور بوش پدر نيز به اين دايره منتسب شده است. سازمان مجاهدين خلق با اين دايره همکاري داشته و عمليات‌هاي مشترکي با آن انجام داده است. از ديگر وظايف دايره 14 آموزش نيروهايي عملياتي با مليت‌هاي مختلف از جمله سوداني، فلسطيني، سوري، يمني، مصري و... بوده است. اين بخش که متشکل از يک قسمت داخلي و يک قسمت خارجي بوده، ترورهاي مد نظر دولت صدام را در داخل و خارج از کشور عراق انجام داده است. گروهي با عنوان «گروه ببر» نيز مسئوليت انجام عمليات انتحاري را بر عهده داشته است. يکي از دپارتمان‌هاي دايره 14، دپارتمان ضدايران نام داشته که نيروهاي آن براي جمع‌آوري اطلاعات و انجام عمليات به داخل خاک ايران فرستاده مي‌شده‌اند.
دايره 18، با نام دايره ايران مسئول تعامل با سازمان مجاهدين خلق بوده است. اين دايره دستورات لازم جهت به اجرا در آمدن عمليات‌هاي سازمان مجاهدين خلق در ايران، عراق و ساير کشورها را صادر مي‌نموده است.
از جمله قسمت‌هاي ديگر سازمان اطلاعاتي رژيم صدام که با سازمان مجاهدين خلق در ارتباط بوده، اداره خدمات حفاظتي نام دارد. به گزارش سيا، ساختار اين بخش شبيه به يک گردان پياده نظام بوده که وظيفه حفاظت از ساختمان‌هاي کادر رهبري حزب بعث را بر عهده داشته است. اين واحد وظيفه تأمين امنيت خارجي فضاهاي متعلق به سرويس اطلاعاتي صدام را نيز برعهده داشته است. اين واحد متشکل از سه گروه جداگانه بوده که هر کدام از آن‌ها ماموريت‌هاي فيزيکي مختلفي را براي مقر فرماندهي بغداد به انجام رسانيده‌اند. يکي از اين سه گروه، سازمان مجاهدين خلق مي‌باشد. اعضاي اين واحد وظيفه مراقبت از تمامي خانه‌هاي تيمي سرويس اطلاعاتي صدام را بر عهده داشته است. هم‌چنين اين واحد احتمالاً در جا‌به‌جا نمودن تسليحات کشتار جمعي رژيم صدام نقش داشته است.
