منافقین ابتدا عراق را بهعنوان آغازگر جنگ معرفی کردند. در مرحله بعد، این جنگ را بهنفع استکبار و هر دو کشور را مسبب اصلی جنگ عنوان کرد و سرانجام به صورت علنی ایران را مسئول غیرمستقیم و سپس مستقیم جنگ خواند: «بیشک خلق ستمدیده و قهرمان ما همچون گذشته با ایثار جان و مال و فرزندانش، رنج دفاع از مرز و بوم و میراث خونین این میهن انقلابی را بر دوش میکشد، اما همین خلق هرگز زمینهسازان و مسببین مستقیم و غیرمستقیم این فجایع را نخواهد بخشید. (نشریه مجاهد، شماره 114)
پس از ناکامی منافقین برای رسمیتبخشیدن به حضور تشکیلاتی نظامی خود در مناطق جنگی، حتی با توسل به رئیسجمهور بنیصدر که در نیمه دوم سال 59 آرام آرام به متحد استراتژیک منافقین بدل شده بود، تبلیغات سازمان در مورد جنگ به اعلام هرازچندگاه شهادت نیروهای نظامی محدود شد که به خود منتسب میساخت.
البته پس از چند ماه مسعود رجوی در پیام نوروزی خود تحمیل جنگ به کشور را نتیجه بیکفایتی مسئولین و دخالت در امور دیگران دانست. (جنگ تحمیلی در تحلیل گروهکها، تهران، اداره تحقیقات و بررسیهای سیاسی وزرات ارشاد اسلامی، شهریور 1362، ص27) منافقین با تحلیلهای متعدد و بیپایه در مورد هجوم نظامی بیگانه به کشورمان، وانمود کرد که عناصر کوتهبین و بیدرایت نظام، با بیتوجهی به قانونمندیهای حاکم بر روابط خارجی، آتش جنگ را بر افروختند و با طرح این موضوع که «آنان در سر، خیال جهان گشایی را میپروراندند و با تبلیغات خام و ناشیانه خود، جرقه آتش جنگ خانمانسوز را شعلهور کردهاند»، این جنگ را مستمسکی قرار داد تا موضع گیری های قاطع رهبری را محکوم کرده و از این طریق در بین صفوف مردم و نیروهای داوطلب تشتّت ایجاد و نارضایتی عمومی را تشدید کرده، و بدینوسیله موقعیت خود را در جامعه بیشتر تثبیت کند. (باقرزاده طاهره، قدرت و دیگر هیچ (بیست سال با سازمان مجاهدین خلق)، ج4، تهران: انتشارات اطلاعات، 1385، ص80)
ضمناً مواضع سیاسی منافقین علیه رژیم بعث نیز به مرور کمرنگتر شد و غلظت مقصر نشاندادن نظام جمهوری اسلامی در زمینهسازی جنگ، در تحلیلهای این تشکیلات افزایش پیدا کرد تاآنجاکه در خرداد1360، سه روز قبل از شورش مسلحانه 30خرداد، در موضعگیری نسبت به بمباران مشکوک و پیچیده تأسیسات هسته ای عراق توسط اسرائیل، تلویحاً نظام جمهوری اسلامی هم سو با آمریکا و رژیم صهیونیستی برشمرده شد. (نشریه مجاهد، شماره 125، 27/3/60، ص 5 )
همچنین پس از گذشت تنها یک سال از آغاز جنگ تحمیلی، مسعود رجوی در مصاحبهای با مجله «وطن العربی» بیان داشت: «مشکل شطالعرب ظاهر قضیه است. مشکل اصلی تهدیدات خمینی به صدور انقلاب به خارج است که باعث بروز جنگ شده است. به نظر ما شطالعرب متعلق به عراق است.» (روزنامه صبح آزادگان، 15آذر1360)
منافقین درباره ماهیت و انگیزههای عراق برای شروع تجاوز، بهگونهای سخن میگفتند که گویی شروع تجاوز و طولانیشدن جنگ و جنایات بعثیها و خرابیها برخاسته از تهاجم آنان، همه به گردن گردانندگان جمهوری اسلامی است: «در سالی که گذشت ندانمکاری های مفرط سیاسی، بیکفایتی در برخورد با مسائل بینالمللی، دخالت در امور دیگران به بهانه صدور مکانیکی انقلاب (که گویی انقلاب هم یک کالاست)، مضافاً بر همه، شقهسازیهای نفاقافکنانه در صفوف داخلی خلق، کار را به آنجا رساند تا حکام مستبد عراق به فکر ارضای هوسهای جاهطلبانه خود در خاک میهن ما بیفتد، ... به این ترتیب جشن امپریالیستهای خونآشام که هیچ چیز را بهتر از پرپرشدن استعدادهای مختلف انسانی و طبیعی خلقها خوش نمیدارد، تکمیل شد و امروز ما، بیش از یک میلیون آواره، چند میلیون بیکار و اقتصادی درهمشکستهتر از روز انقلاب و صفوفی شقهشقه و قلبهایی جریحهدار و پیکری خونین، چه در خوزستان یا در کردستان، لرستان، کرمانشاهان و سایر مناطق، هنوز چشم به راهیم تا امپریالیستها بر سر لطف آیند.» (ابوالحسن شیرازی حبیب الله و طارمی کامران، نقش گروههای معارض در روابط ایران و عراق، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، 1384، ص 116)
سازمان مجاهدین همیشه مترصد بود با بزرگنمایی بیش از حد مشکلات، گناه همه نابسامانیها، بحرانها و کمبودها را به گردن مقامات جمهوری اسلامی بیندازد. اولین مشکل که بر دوش دولت و ملت سنگینی میکرد، آوارگی بیش از یک میلیون نفر از مردم مناطق جنگزده بود. تشکیلات نفاق برای نفوذ در میان آوارگان و ایجاد جو کاذب و درخواستهای غیرمنطقی بهمنظور تضعیف دولت و مسئولان، نهایت تلاش خود را مصروف میداشت و از هیچ کوششی فرو گذار نمیکرد: «به اعتقاد ما مردم ستمدیده میهن ما و بقیه هموطنان رنجکشیده جنوب و غرب کشور، این آقایان را که خانه و کاشانه مردم را فدای امیال و منفعتطلبیهای گروهی خود می کنند، نخواهند بخشید. اما مقامات مملکت ما نهتنها از بیان واقعیت رویدادها و ضایعات نیروهای ما در جبهه به مردم خودداری کرده و میکنند، بلکه حتی از قبول واقعیتهایی نظیر کمبود کالا و نظایر آن که مردم در همه جای کشور آن را لمس میکنند، نیز خودداری میورزند.» (نقش گروههای معارض در روابط ایران و عراق، پیشین، ص118)
منافقین سعی کرد که با طرح مسائل حاشیهای و غیرضروری در جهت تضعیف بیشتر رهبری حرکت کند. در همان بحبوحه جنگ و هجوم مشکلات مرزی، با طرح مسائل آوارگان و ضعف نیروهای اجرایی در مورد اسکان و تأمین آنها، به جذب این مردم دردکشیده پرداخت و از مشکلات و بعضاً اختلافات بین آنها و مسئولین اجرایی نظام، بهرهوری کافی نمود. (قدرت و دیگر هیچ، پیشین، ص 80)
منافقین همچنین در راستای ایجاد فضای شایعه و خلل در مسیر مقابله با تهاجم دشمن بعثی، هرازگاهی با پیشکشیدن طرح بهاصطلاح صلح، سعی داشتند با معرفی ایران بهعنوان کشوری جنگطلب در راستای تضعیف جبهه نیروهای ایرانی بکوشند. در آستانه عملیات فتحالمبین که سرسلسله پیروزی های ایران بود، منافقین با صدور اطلاعیهای وحشت خود را از شروع این عملیات آشکار ساخت. تکیه کلام جدید آنان، برای معقول جلوهدادن تحلیلهایشان این بود که جنگ بهانهای است برای رژیم ایران بهمنظور گریز از واقعیات و سرپوشنهادن بر بحرانهای داخلی. آنها در تأیید صلح تحمیلی اعلام داشتند: «در آستانه عید نوروز [امام] خمینی، ماجراجویی خونین دیگری را در جبهههای جنگ ایران و عراق تدارک دیده است تا در آغاز سال نو، عید مردم را به عزا تبدیل نموده، آنها را تحت فشارهای اقتصادی و اجتماعی بگذارد. به این ترتیب، بار دیگر هزاران سرباز ایرانی در یک جنگ پوچ و بینتیجه که استمرار آن فقط خواسته [امام] خمینی است به قتل خواهند رسید ... پاسخ اخیر [امام] خمینی به هیئت صلح اسلامی و اینکه او آشکارا صلح را خیانت به اسلام خواند، بار دیگر مبین این حقیقت است که رژیم [امام] خمینی بدون جنگ یا ماجراهایی از قبیل گروگانگیری، قادر به ادامه حیات نیست.(تارنمای بنیاد هابیلیان، بررسی مستند نقش منافقین در جنگ تحمیلی، 3آبان1389)
مسعود رجوی همچنین به منظور پیشبرد این سیاست خود در مصاحبه با رادیو «صوت الشعب» بیان میدارد: « ... رژیم [امام] خمینی بر طبق سیاست توسعهطلبانه و دشمنانه خود در منطقه بهاصطلاح «مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق» را علم کرده است. این خود دخالت آشکار در امور کشور دیگر میباشد! همچنین رژیم [امام] خمینی کلیه تصمیمات مجمع عمومی سازمان ملل و شورای امنیت را که خواستار توقف سریع جنگ ایران و عراق بودهاند، نادیده گرفته است. حال آنکه عراق آمادگی خود را جهت احترامگذاردن به مرزهای بینالمللی در چهارچوب قرارداد 1975 الجزایر اعلام داشته است.» (نقش گروههای معارض در روابط ایران و عراق، پیشین، ص 3-122)
این در حالی بود که همزمان تشکیلات منافقین در عراق توسط صدام به انواع تسلیحات نظامی تجهیز میشد و نیروهای آن در خطوط مقدم جنگ و همچنین پشت جبهه برای رژیم بعث عراق به جاسوسی و تضعیف جبهه خودی میپرداختند. این تغییر موضع منافقین در قبال ادامه جنگ، آغازگر همکاریهای گسترده نظامی و امنیتی آنان با رژیم عراق شد. ارتباطاتی که در ابتدا غیر علنی بود اما با فراهمشدن شرایط مزدوری برای مسعود رجوی و اعضای تیم تروریستی وی، بهسرعت آشکار شد. این روند اثبات نمود که موضع سازمان از ابتدا در مورد جنگ، ناصادقانه و فرصتطلبانه بوده است و درحالیکه یکی از متهمان و شرکای اصلی در جنایات صدام علیه مردم ایران و عراق، مسعود رجوی و سازمان تروریستی وی بود، منافقین بهمنظور بهرهبرداری از شرایط موجود و تضعیف جبهه نیروهای ایرانی حداکثر تلاش خود را در قالب مزدوران صدام بهانجام میرساندند.