ساعات پایانی روز سهشنبه ۱۱ اردیبهشت ۱۳۵۸ یکی از اعضای گروهک تروریستی فرقان، استاد آیتالله مرتضی مطهری را پس از پایان جلسه و خارج شدن از منزل یدالله سحابی در تاریکی شب در کوچه پارک امینالدوله از کوچههای فرعی خیابان فخرآباد تهران با شلیک مستقیم گلوله به سر به شهادت رساند. جوانی که با اتومبیل از این منطقه عبور میکرد، پیکر غرقِ خونِ ایشان را دید و به بیمارستان طُرفه رساند اما کار از کار گذشته بود و گلوله کار خودش را کرده بود.
جمعی ۶۰ - ۵۰ نفره به رهبری جوانی ۲۰ ساله به نام اکبر گودرزی گروهک انحرافی فرقان را تشکیل دادند. گودرزی این گروه را در مدت سه چهار سال از بین بچههای جوان و کم سن و سالِ شرکت کننده در جلسات قرائت و تفسیر قرآن در تهران انتخاب میکرد. وی دروس مقدمات و قسمتی از دروس سطح را در حوزههای علمیه خوانسار، قم و تهران خوانده بود و در محلههای نازیآباد، سلسبیل و جوادیه و مسجدهای خمسه در قلهک و فاطمیه در خزانه برای نوجوانان و جوانان جلسات تفسیر قرآن برگزار میکرد و جوانان مستعد را جذب گروه میکرد.
بر اساس ادعاهای گردانندگان فرقان، «قربانی شدن ارزشهای راستین تشییع سرخ علوی» و «آزاد ساختن علی از اسارت آخوندیسم» از مهمترین عواملی بود که موجب دست به اسلحه شدن اعضای جوان، ناپخته و تندروی این گروه تروریستی شد. برای شروع هم، سپهبد قرنی و استاد مطهری را در لیست اولین ترورهایشان قرار دادند. بر اساس اسناد و قرائن موجود گروهک تروریستی فرقان، انقلاب اسلامی را مشابه نهضت تنباکو، مشروطیت و ملی شدن صنعت نفت میدانست و در اعتقادی منحرفانه معتقد بود روحانیت به علت نداشتن تجربه کافی در امور اجرایی و نداشتن تخصص در امور فنی، مدیریتی و کشورداری بدون خواست مردم و به شکل کودتا به قدرت رسید به همین دلیل کینهای عمیق از روحانیت در دل داشت.
هسته مرکزی گروهک فرقان با تشکیل جلسات کوتاهی درباره افرادی که باید ترور میشدند، تصمیمگیری میکرد. گودرزی رهبر این گروهک در یکی از جلسات بازجوییاش، اعتراف کرد: «مسئول عملیات نظامی «محمد متحدی» بود. ایشان با من درباره افرادی که تصمیم میگرفتیم ترور شوند، صحبت میکرد و بعد با افرادی که خودش با آنها در تماس بود به این تصمیم، لباس عمل میپوشاند و در پایان کار، اینجانب اعلامیه آن را مینوشتم و به مسئول تبلیغات و انتشارات میدادم.»
در کنار پیکر غرق در خونِ آیتالله مرتضی مطهری در محل ترور، تعدادی اعلامیه پیدا شد که نشان میداد این ترور کار گروه فرقان است با این حال یک ساعت بعد از نیمه شب، فردی ناشناس به روزنامه اطلاعات زنگ زد و مسئولیت ترور شهید مطهری را به نمایندگی از گروهک فرقان پذیرفت و اعلام کرد «این گروه در نظر دارد در آینده نیز چند تن از شخصیتهای سیاسی و مذهبی را ترور کند.»
شهید مطهری در کنار فعالیتهای سیاسی و آموزشی در حوزه و دانشگاه، ارائه ایدئولوژی اسلامی از طریق تدریس، سخنرانی و تألیف کتابهای متعدد به خصوص طی سالهای ۱۳۵۱ تا ۱۳۵۷ را در دستور کار خود داشت به ویژه آن که سالهای منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی شاهد افزایش و به اوج رسیدن تبلیغات گروههای چپ و شکلگیری گروههای مسلمان چپگرا و التقاطی بود. به همین دلیل به توصیه بنیانگذار جمهوری اسلامی هفتهای دو روز برای تدریس به قم سفر میکرد و روزهایی نیز در منزل خود در تهران به تدریس مشغول بود.
پس از اطلاع امام خمینی (ره) از ترور شهید مطهری، ایشان پیامی به این شرح صادر کردند: «اینجانب به اسلام و اولیای عظیمالشأن آن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ایران ضایعۀ أسفانگیز شهید بزرگوار و متفکر و فیلسوف و فقیه عالیمقام مرحوم آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ قدس سره ـ را تسلیت و تبریک عرض میکنم. تسلیت در شهادت شخصیتی که عمر شریف و ارزندۀ خود را در راه اهداف مقدس اسلام صرف کرد و با کجرویها و انحرافات مبارزۀ سرسختانه کرد، تسلیت در شهادت مردی که در اسلام شناسی و فنون مختلفۀ اسلام و قرآن کریم کم نظیر بود.»
امام امت ادامه دادند: «من فرزند بسیار عزیزی را از دست دادم و در سوگ او نشستم که از شخصیتهایی بود که حاصل عمرم محسوب میشد. در اسلام عزیز با شهادت این فرزند برومند و عالِم جاودان ثلمهای وارد شد که هیچ چیز جایگزین آن نیست و تبریک در داشتن این شخصیتهای فداکار که در زندگی و پس از آن با جلوۀ خود نورافشانی کرده و می کنند. من در تربیت چنین فرزندانی که با شعاع فروزان خود مردگان را حیات میبخشند و به ظلمتها نور میافشانند، به اسلام بزرگ، مربی انسانها و به امت اسلامی تبریک میگویم. من گرچه فرزند عزیزی را که پارۀ تنم بود از دست دادم لکن مفتخرم که چنین فرزندان فداکاری در اسلام وجود داشت و دارد. مطهری که در طهارت روح و قوّت ایمان و قدرت بیان کمنظیر بود، رفت و به ملأ اعلی پیوست، لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفیاش نمی رود.»
رهبر فقید انقلاب اسلامی یادآور شدند: «تروریستها نمیتوانند شخصیت انسانی مردان اسلام را ترور کنند. آنان بدانند که به خواست خدای توانا ملت ما با رفتن اشخاص بزرگ در مبارزه علیه فساد و استبداد و استعمار مصممتر میشوند. ملت ما راه خود را یافته و در قطع ریشههای گندیدۀ رژیم سابق و طرفداران منحوس آن از پای نمینشیند. اسلام عزیز با فداکاری و فدایی دادن عزیزان رشد نمود. برنامۀ اسلام از عصر وحی تاکنون بر شهادت توأم با شهامت بوده. قتال در راه خدا و راه مستضعفین در رأس برنامههای اسلام است. مَا لَکُم لاتُقاتِلونَ فِی سَبیلِ الله ِ وَالمُستَضعَفینَ مِنَ الرّجالِ وَالنّساءِ وَالولدانِ»
ایشان تاکید کردند: «اینان که شکست و مرگ خود را لمس نموده و با این رفتار غیرانسانی میخواهند انتقام بگیرند یا به خیال خام خود مجاهدین در اسلام را بترسانند، بد گمان کردهاند. از هر موی شهیدی از ما و از هر قطرۀ خونی که به زمین میریزد، انسانهای مصمم و مبارزی به وجود میآید. شما مگر تمام افراد ملت شجاع را ترور کنید والاّ ترور فرد هر چه بزرگ باشد، برای اعادۀ چپاولگری سودی ندارد. ملتی که با اعتماد به خدای بزرگ و برای احیای اسلام بپا خاسته با این تلاشهای مذبوحانه عقبگرد نمیکند. ما برای فداکاری حاضر و برای شهادت در راه خدا مهیا هستیم.»
امام (ره) اعلام کردند: «اینجانب روز پنجشنبه سیزده اردیبهشت ۵۸ را برای بزرگداشت شخصیتی فداکار و مجاهد در راه اسلام و ملت، عزای عمومی اعلام می کنم و خودم در مدرسۀ فیضیه روز پنجشنبه و جمعه به سوگ می نشینم. از خداوند متعال برای آن فرزند عزیز اسلام رحمت و غفران و برای اسلام عزیز عظمت و عزت مسئلت مینمایم. سلام بر شهدای راه حق و آزادی.»