یکی از مهمترین نقاط ننگ کارنامه سیاه گروهک منافقین را باید در دوران جنگ تحمیلی جستجو کرد؛ جائی که آنها در نقش ستون پنجم کشور عراق ایفای نقش کردند و با حضور در خاک این کشور دست به تخلیه اطلاعاتی و ارائه این اطلاعات به رژیم بعث کردند؛ در حقیقت منافقین در دوران جنگ تحمیلی مهمترین بعد نرم‌افزاری دولت بعث را تشکیل می‌دادند.
دامنه ارتباطات سازمان مجاهدین خلق(منافقین) در دوران جنگ تحمیلی صرفا به خود عراقی‌ها محدود نشد بلکه آنان ارتباطاتی شبکه‌ای با سایر کشورها در راستای منافع عراق و مقابله با جمهوری اسلامی ایران ایجاد کرده بودند.
از جمله مهمترین این کشورها، فرانسه بود؛ مسعود رجوی؛ سرکرده منافقین در نخستین سال‌های جنگ تحمیلی به صورت دائمی به پاریس رفت و آمد می‌کرد و فرانسوی‌ها از این موضوع بی‌اطلاع نبودند که انفجار در حزب جمهوری اسلامی توسط منافقین صورت گرفته و از این اقدام حمایت نرم‌افزاری نیز صورت دادند.
در سال‌های پایانی جنگ تحمیلی نیز با وجود آن که ژاک شیراک در فرانسه روی کار آمده بود و تلویحا از ایرانی‌ها بابت فعالیت‌های منافقین در قلب فرانسه عذرخواهی کرده بود اما در عمل اتفاق چندانی رخ نداد و منافقین در زمینه جاسوسی همچنان همکاری اطلاعاتی با فرانسه را در دستور کار خود داشتند. برای مثال در بحران موسوم به «جنگ سفارتخانه‌ها» در تیر ماه 66 منافقین به بهای جاسوسی برای دولت فرانسه در این کشور باقی ماندند. در مجموع فرانسه چه در دوران پیش از جنگ تحمیلی و چه در سراسر دوران دفاع مقدس، کانون اصلی توطئه‌های منافقین باقی ماند.
مسئله فیسنکو و ارتباط با شوروی
گروهک منافقین از نخستین روزهای پیروزی انقلاب اسلامی و همچنین در دوران جنگ تحمیلی با شوروی ارتباط داشت.
برای مثال بلافاصله پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، به دستور مستقیم کمیته مرکزی حزب کمونیست اتحاد جماهیر شوروی، کا.گ.ب(سرویس اطلاعاتی شوروی) با مرکز رهبری دو سازمان مجاهدین خلق و فداییان خلق تماس می‌گیرد و مسئولیت این ارتباط نیز به عهده ولادیمیر فیسنکو است که به زبان فارسی تسلط کامل دارد. منافقین که زمانی خود را سرسپرده ایدئولوژی مارکسیسم وابسته به شوروی معرفی می‌کردند در دوران جنگ تحمیلی نیز این سرسپردگی خود را عیان کردند و رسما تبدیل به ستون پنجم شوروی شده بودند و اسناد مورد نیاز کا.گ. ب را از طریق واسطی به نام سعادتی در اختیار شوروی قرار می‌دادند.
حضور در شرق عراق
اما پای کشورهای دیگری همچون پاکستان و عراق نیز در قضیه منافقین به ویژه در دوران جنگ تحمیلی باز شد؛ در سال ۱۳۶۴ رجوی تصمیم گرفت که با حمایت کشورهای غربی و همکاری با استخبارات عراق، مرکزیت سازمان را از فرانسه به عراق منتقل کند. غربی‌ها نیز از این تصمیم حمایت می‌کردند زیرا کم کم شاهد زوال عراق و حزب بعث و از سوی مقابل قدرت‌گیری بیشتری جمهوری اسلامی ایران و دست برتر آن در جنگ تحمیلی بودند.
آنها البته عافیت‌طلبی نیز کردند و تصور می‌کردند با این پیشینه می‌توانند ارتباطات خود با جمهوری اسلامی را در دوران پسادفاع مقدس بهبود ببخشند و با این رویکرد از خروج رجوی از پاریس حمایت کردند.
این گونه بود که منافقین در سال ۱۳۶۴ با اعلام جنگ کلاسیک با جمهوری اسلامی در مرزهای شرقی عراق و در پاکستان مستقر شد و پادگان‌هایی را از ارتش عراق و پاکستان دریافت کرد تا دوشادوش بعثی‌ها علیه ملت ایران بجنگد و این گونه بود که دامن پاکستان در نوار مرز شرقی نیز در جنگ تحمیلی علیه ملت ایران آلوده شد.
در واقع از همان برهه پایگاه‌های نظامی منافقین در پاکستان مستقر شد تا بتوانند اقدامات تروریستی بعدی خود را سازماندهی کنند.
در مجموع باید عنوان کرد که منافقین چه در دوران پیش از جنگ تحمیلی و چه در سراسر دوران هشت ساله دفاع مقدس دامنه ارتباطات بین‌المللی خود را با هدف ضربه زدن هرچه بیشتر به منافع جمهوری اسلامی ایران افزایش دادند و در این میان کشورهای غربی همچون فرانسه را به عنوان حامی درجه یک خود برگزیدند و از کشورهایی همچون عربستان به عنوان تامین کننده منابع مالی هنگفت و یا پاکستان به عنوان محلی برای استقرار پایگاه‌های نظامی بهره گرفتند و ارتباط خود با شوروی و سرویس اطلاعاتی این کشور را گسترش داده و در زمینه تخلیه اطلاعاتی از تجارب آنها بهره گرفتند.
