در روز ۱۲ خرداد ۱۳۷۷، حوالی ساعت ۹:۳۰ صبح، در حالی که سالنها و راهروهای دادگاه انقلاب اسلامی تهران مملو از مراجعان، کارکنان قضایی و مأموران حفاظت بود، ناگهان انفجاری مهیب در راهروی طبقه همکف دادگاه رخ داد.
بمب، داخل یک کیف دستی مشکیرنگ جاسازی شده بود و در نزدیکی یکی از ستونها در بخش انتظار مراجعان رها شده بود. نوع بمب از نوع دستساز با مکانیزم انفجار تأخیری (احتمالاً ساعتی یا حساس به حرکت) تشخیص داده شد. قدرت انفجار به حدی بود که شیشههای اطراف فرو ریخت و موج انفجار تا طبقه بالا نیز احساس شد.
در اثر این انفجار، آقای ویلهلم آتون، شهروند ارمنی و از مراجعان دادگاه، که در نزدیکی محل انفجار ایستاده بود، به شدت مجروح شد و پیش از رسیدن به بیمارستان، به شهادت رسید. چندین تن دیگر نیز دچار جراحات شدید و سطحی شدند، از جمله دو کارمند اداری و یکی از مأموران انتظامی.
