بعد عزل بني صدر عام 1981 فر إلى فرنسا مع مسعود رجوي و طيار الشاه السابق ، وشن المنافقون موجة اغتيالات وتفجيرات على أمل الإطاحة بنظام الجمهورية الإسلامية في عموم البلاد. في باريس شكل بني صدر ورجوي ، إلى جانب عدد من الجماعات المناهضة للثورة مایُسمى بمجلس المقاومة الوطنية. وعد رجوي قادة التنظیمات المتحالفة بالإطاحة بالجمهورية الإسلامية في غضون شهرين لكن مع مرور الوقت ، ضعف إيمان حلفاء رجوي بوعوده . ومن بين الأعمال غير القانونية لأعضاء هذه الجماعة تخزين الأسلحة في منازل الفريق ، والمشاركة في التجمعات العنيفة وتدمير الممتلكات العامة والتجسس لصالح دول أجنبية ، واحتلال الأماكن بشكل غير قانوني وما إلى ذلك. كان دخول مجاهدي خلق إلى مرحلة العملیات المسلحة ضد الجمهورية الإسلامية في 20 حزيران / يونيو 1981 بداية عهد جديد لهذه الجماعة الإرهابية.

في نفس الوقت الذي هاجم فيه جيش صدام البعثي ایران قام التنظيم بعملیات استهدفت الإخلال بالأمن ، بما في ذلك تفجيرات في الأماكن العامة واغتيالات مستهدفة وأعمى لمسؤولين حكوميين وأهالي أبریاء وعملوا لاحقًا كقوة عسكرية للجيش المعتدي للنظام البعثي . واعتبرت تلك الفترة نقطة أوج مواجهة مجاهدي خلق مع النظام الإسلامي والشعب وبعد تعاون الشعب ونبل وعزيمة القوى الأمنية تمت مواجهتهم . مع هجرة عناصر المنظمة الهاربين بقيادة رجوي من مناطق مختلفة إلى العراق الذي كان في حالة حرب مع إيران تغیرت جمیع المعادلات . قام مجاهدي خلق إلى جانب العدو البعثي بجمع المعلومات من مناطق حساسة في مختلف البلاد ، وتقديم معلومات عن شحنات المواد الغذائية والأدوية للمقاتلين العراقيين من أجل قصف الجیش الإیراني و تنفیذ الهجمات الحدودية المتفرقة ، وأخيراً القیام بهجمات عسكرية مباشر على حدود البلد الذي وصلوا إليه في السابق.

في عام 1988 ، وبتحريض من صدام حسين من أجل التأثير على مجريات الحرب دعا رجوي أنصاره الهاربين من دول مختلفة بالإضافة إلى انضمام عدد كبير من السجناء الهاربين الذين عفاعنهم النظام الإسلامي وأفرج عنهم خلال السنوات السابقة للمشارکة في عملیات مختلفة ضد ایران ومنها . أفتاب (28 أبريل 1967 ، الفكة) ، شيلشيراغ (28 يونيو 1988 ، مهران) وفروغ جاويدان (3 أغسطس ، 1988 ، كرمانشاه) وخلال هذه الهجمات استشهد عدد كبير من الأفراد والقوات العسكرية. عملیات آفتاب كان رجوي قد خطط لمهاجمة حدود إيران في اليوم الأول من فروردین (21/3 عام 1988 ) لكن اشتباك العديد من قوات الاستطلاع التابعة لهذه المنظمة في النقاط المعدة للعملية أخر الهجوم لبضعة أيام ، وأخيراً في صباح 28 اذار عام 1988م . عبرت القوات العراقية جوا وبرا حدود فكة(منطقة في خوزستان ) وهاجمت القوات المتمركزة في المنطقة. كانت هذه نقطة البداية في امتحان صدام بمدی التزام عناصر مجاهدي خلق بأوامره وولائهم له وأصدر مسعود رجوي رسالة في نهاية عملية افتاب شجع فیها أعضاءه علی مواصلة الصمود حسب تعبیره . عملیات شیلشیراغ بعد أن تمكن المنافقون من إظهار مقدرتهم علی خدمة صدام عبروا الحدود الإیرانیة في 18 حزيران / يونيو 1988 ، واحتلوا مدينة مهران التي أصبحت مهجورة بعد تبادل إطلاق النار بين القوات الإيرانية والعراقية ، وسیطروا علی المرتفعات المحيطة بها .

في هذه العملية استعان المنافقون بقوات محلیة من خراسان ، كقوة فاصلة كان الزي الرسمي لقواتهم الفاصلة هو زي جيش الجمهورية الإسلامية. لأن الحاجز الأول أمامهم كان جيش الفرقة 77 خراسان. لذلك اختاروا مثل هذا التكتيك لاستخدام مبدأ المفاجأة. وبعد ثلاثة أيام غادرت القوات العراقية المنطقة وتراجعت لتحل محلها القوات المنافقة في المنطقة. كان المنافقون قد انتشروا في مساحات واسعةفي تلك المنطقة مثل مدينة مهران والمرتفعات الهامة حولها مثل قلاويزان ، ثم إلى ضواحي مدن سومر وقصر شيرين وقرند غرب وحتى إسلام آباد غرب.. سیطرت منظمة خلق علی مهران التي لم تكن مأهولة بالسكان وبعد دخولهم المدينة أطلقوا برنامجًا دعائيًا كبيرًا بدعوة وكالات الأنباء الأجنبية ، وزعم زعيم هذه المنظمة الإرهابية أنه عندما نستطیع الإستیلاء على مدينة مهمة بشکل سهل لن يكون الوصول إلى طهران صعبًا. ومن ثم رددوا شعار "اليوم مهران وغدا طهران".

تم تطهير كل هذه المناطق في محافظتي كرمانشاه وإيلام خلال عملية مرصاد وطرد المنافقون من المنطقة. عملیات مرصاد من 19 يونيو 1988 حتى بداية عملية فروغ جاویدان ( مرصاد ) ، وخاصة في الأيام الأخيرة قبل عملية مرصاد شهدت البلاد اشتباكات متفرقة بين مجاهدي خلق مع الشعب أو مع القوات العسكرية. ونذکر أمثلة علی عملیات مجاهدي خلق في ذلك الوقت (استهداف المحطات الحدودية ونقاط التفتيش) ، وقصف الثكنات والمدن بقذائف الهاون ، وعمليات النهب (هجوم محدود داخل مواقع العدو ، لتنفيذ مهام خاصة دون نية الحفاظ على الأرض عملیات فروغ جاویدان وقامت مجاهدي خلق بهجوماً عسکریاً على كرمانشاه في 25/7/ 1988 ، مستغلین انشغال القوات العسكرية الإيرانية مع القوات العراقية على الحدود الجنوبية الغربية ، وتمكنوا من عبور مدن قصر شيرين وكرند غرب وإسلام آباد غرب في غضون يومين. واقتربوا من كرمانشاه. لكن اشتبکوا مع القوات الإیرانیة في مضيق شهارزبار الواقع بقرية حسن آباد إسلام آباد الغرب والذي یصل بمدینة کرمانشاه بالإضافة إلى مواجهة مقاومة الأهالي .

في البداية اصطدمت القوات المسلحة بحركة مرور الأشخاص والعائلات الفارين خوفًا من جرائم وفظائع المنافقين. واغتنمت القوات المسلحة للجمهورية الإسلامية هذه الفرصة فبعد خلو المنطقة من الناس العاديين هاجموا معسکر مجاهدي خلق في لحظة مناسبة وسحقوهم. وبقیة الطابور العسكري للمنظمة إما عادوا إلى الحدود ، أو فروا إلى الجبال المحيطة و أولئك الذين كانوا أقل تعليما وضلوا طريقهم فروا بشكل فردي إلى الشرق أو الجنوب أو الشمال. تم التعرف على بعض هؤلاء الأفراد واعتقالهم في غضون أسبوعين من العملية ، وبعضهم الأخر اشتبكوا مع الجيش والناس في حالة من الذعر وقتلوا. كما تمكن البعض من الفرار من أجزاء أخرى من الحدود., خلال الأيام الخمسة التي أعقبت انتهاء عملية مرصاد والهزيمة الحاسمة للمنافقين ، بالتعاون مع أبناء المنطقة ، تم تنفيذ أكثر من 100 عملية استطلاعية تم خلالها اعتقال أكثر من 200 منافق في الجبال والوديان والقرى والسهول المحيطة وحاول رجوي أيضًا خلال الأشهر اللاحقة تنفيذ عمليات إرهابية عمياء لخلق التوتر والقلق بین الناس لیمهد الطريق لضغوط عسكرية وأمنية على الجمهورية الإسلامية ، مما أدى إلى استشهاد عدد من الإيرانيين الآخرين.

لا بد من القول إن إحصائيات جرائم المنافقين عام 1988 تكاد تعادل ذروة خيانة رجوي وعصابته عام 1981 ، والمعلومات الحالية تؤكد ذلك. البحث عن كمية ونوعية شهداء الجماعة الإرهابية لمنظمة مجاهدي خلق عام 1988 هو نشاط دراسي آخر لمؤسسة هابیلیان (عوائل شهداء الإرهاب ) باعتبارها المركز المتخصص الوحيد في مجال دراسات الإرهاب في الدولة. بعض نتائج هذا البحث معروضة في التقرير التالي احصائية العمليات الارهابية للمنافقين عام 1988 حتى الآن قامت جماعة مجاهدي خلق الإرهابية بقتل أكثر من 12000 شخص في البلاد. عام 1988 استشهد 1503 إيرانيًا. أكبر عدد من الشهداء مرتبط بعملية مرصاد وأقل عدد مرتبط بالتفجير في طهران کما تشمل الهجمات المسلحة التفجیرات وقذائف المورتر والضربات العسكرية مدى جرائم المنافقين عام 1988 انتشرت جرائم مجاهدي خلق في اغتيال الشعب الإیراني عام 1988 في عموم إيران. وتعد محافظة طهران الأعلى بـ274 شهيدًا ، بينما تعد محافظة يزد ذات الشهداء الأقل عددًا . ویعد الشهيد "نوشين شريفي" أصغر شهید حیث یبلغ من العمر 3 سنوات من مدینة إسلام آباد الغربية ، والذي استشهد في عملية فروغ جاویدان في الثالث من آب برصاصة مباشرة أمام والدته. والشهيد "قاسم التركماني" من قم 89 سنة هو أکبر شهيد لجرائم المنافقین عام 1988م . وكان الشهيد تركماني قد شارك في عملية مرصاد تطوعاً للدفاع عن الوطن واستشهد بعد إصابته بشظايا في ظهره.